Il 5 dicembre 2002 gli viene conferito l'11º Premio internazionale "Ignazio Silone".
Nel 2003 ottiene il Premio Benedetto Croce per il libro Squadristi, nel 2006 il Premio Basilicata per L'amnistia Togliatti e nel 2009 il Premio città di Saluzzo "Walter Botto - Enrico Rossi" per "La sottile linea nera".
È stato coinvolto nel progetto di ricerca internazionale Occupation in Europe: The Impact of National Socialist and Fascist Rule 1938-1950, promosso dall'European Science Foundation di Amsterdam e dalla Technische Universität di Berlino.[1]
È componente del comitato scientifico della Fondazione Istituto per la Storia e Società Contemporanea di Sesto San Giovanni, e della Fondazione Micheletti di Brescia.
La 54ª Brigata Garibaldi e la Resistenza in Valsaviore, Bagnolo Mella, Litografica bagnolese, 1984.
Democrazia e socialismo in Valcamonica. La vita e l'opera di Guglielmo Ghislandi, Breno, Circolo Culturale G. Ghislandi, 1985.
Emigrazione, miniera, risaia... Storia sociale del lavoro in un paese camuno, s.l., A.N.M.I.L.-Comitato promotore per il monumento ai caduti sul lavoro di Novelle, 1986.
La Società operaia maschile di mutuo soccorso G. Garibaldi in Breno e la S. O. femminile di M. S., Breno, S. O. di M. S. G. Garibaldi, 1986.
Lotte operaie in un centro industriale lombardo. Il proletariato loverese dal «biennio rosso» ai primi anni Cinquanta, Milano, Franco Angeli, 1987, ISBN88-204-2688-9.
Padre Gemelli per la guerra, Ragusa, La Fiaccola, 1989.
Ateismo, laicismo, anticlericalismo. Guida bibliografica ragionata al libero pensiero ed alla concezione materialistica della storia, I, Chiesa, Stato e società in Italia, Ragusa, La Fiaccola, 1990.
Il riarmo dello spirito. I cappellani militari nella seconda guerra mondiale, Paese, Pagus, 1991.
Ateismo, laicismo, anticlericalismo, II, Da Cristo a Wojtyla: contributi per una storia eterodossa della Chiesa, Ragusa, La Fiaccola, 1992.
Le canzoni del diavolo, presentazione di, Venezia, Centro Internazionale della Grafica di Venezia, 1993.
I cappellani militari italiani nella Resistenza all'estero, Roma, Ministero della difesa, Gabinetto del ministro, Commissione Resistenza militari italiani all'estero-Rivista militare, 1993.
USA: la contestazione musicale, in Note di rivolta, Milano, Editrice A, 1993.
Ateismo, laicismo, anticlericalismo. Guida bibliografica ragionata al libero pensiero ed alla concezione materialistica della storia, III, L'intolleranza religiosa e le sue vittime, Ragusa, La Fiaccola, 1994.
Un dramma partigiano. Il caso Menici, Brescia, Fondazione Luigi Micheletti, 1995.
La "Baraonda". Socialismo, fascismo e resistenza in Valsaviore, 2 voll., Brescia, Grafo, 1995. ISBN 88-7385-274-2.
Stellette, croce e fascio littorio. L'assistenza religiosa a militari, balilla e camicie nere (1919-1939), Milano, Franco Angeli, 1995, ISBN88-204-8986-4.
I tentacoli dell'OVRA. Agenti, collaboratori e vittime della polizia politica fascista, Collana Nuova Cultura, Torino, Bollati Boringhieri, 1999, ISBN978-88-339-1164-9. - nuova ed., Collana Universale, Bollati Boringhieri, 2020, ISBN 978-88-339-3453-2.
Le stragi nascoste. L’armadio della vergogna: impunità e rimozione dei crimini di guerra nazifascisti, 1943-2001, Milano, Mondadori, 2002, ISBN88-04-50337-8.
Squadristi. Protagonisti e tecniche della violenza fascista, 1919-1922, Milano, Mondadori, 2003, ISBN88-04-51233-4.
Il duce proibito. Le fotografie di Mussolini che gli italiani non hanno mai visto, a cura di e con Emanuele Valerio Marino, Milano, Mondadori, 2003, ISBN 88-04-52218-6.
Il volto religioso della guerra. Santini e immaginette per i soldati, a cura di, Faenza, Edit Faenza, 2003. ISBN 88-8152-105-9.
Storia di un giudice italiano. Vita di Adolfo Beria di Argentine, con Pier Paolo Poggio, Milano, Rizzoli, 2004. ISBN 88-17-00306-9.
Rock music. Gli artisti e gli album che hanno fatto un'epoca, Milano, Oscar Mondadori, 2005. ISBN 88-04-54748-0.
L'Amnistia Togliatti. 22 giugno 1946. Colpo di spugna sui crimini fascisti, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2006, ISBN88-04-55334-0. - Collana UEF.Storia, Milano, Feltrinelli, 2016, ISBN 978-88-078-8831-1.
Rock music 2. Dal Progressive al Punk, Milano, Mondadori, 2007.
Mimmo Franzinelli - Anna Maria Ori, Fossoli. Memoria privata, rimozione pubblica, In Dialogo, 2007.
RSI. La Repubblica del Duce 1943-1945. Una storia illustrata, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2007, ISBN978-88-04-57321-0. - Collana La Clessidra di Clio n.85, Gorizia, LEG, 2022, ISBN 978-88-610-2879-1.
Il delitto Rosselli. 9 giugno 1937. Anatomia di un omicidio politico, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2007, ISBN978-88-04-56670-0. - Collana UEF.Storia, Milano, Feltrinelli, 2017, ISBN 978-88-078-8930-1.
La sottile linea nera. Neofascismo e servizi segreti da piazza Fontana a piazza della Loggia, Collana Saggi italiani, Milano, Rizzoli, 2008, ISBN978-88-17-02198-2.
M. Franzinelli - Paolo Cavassini, Fiume. L'ultima impresa di d'Annunzio, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2009, ISBN978-88-04-59474-1.
M. Franzinelli - Marco Magnani, Beneduce. Il finanziere di Mussolini, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2009, ISBN978-88-04-58593-0.
Rock & servizi segreti. Musicisti sotto tiro: Da Pete Seeger a Jimi Hendrix a Fabrizio De André, Collana Nuova cultura.Introduzione n.232, Milano, Bollati Boringhieri, 2010, ISBN978-88-339-2057-3. - nuova ed., Collana Saggi, Torino, Bollati Boringhieri, 2022, ISBN 978-88-339-3988-9.
Il Piano Solo. I servizi segreti, il centro-sinistra e il «golpe» del 1964, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2010, ISBN978-88-04-52662-9.
Autopsia di un falso. I «Diari» di Mussolini e la manipolazione della storia, Collana Nuova Cultura n.261, Torino, Bollati Boringhieri, 2011, ISBN978-88-339-2243-0.
M. Franzinelli - Nicola Baldieri, Il volto di Gomorra, Collana I luoghi e la storia, Milano, Mondadori-Electa, 2011, ISBN978-88-370-8459-2.
M. Franzinelli - Alessandro Giacone, La provincia e l'Impero. Il giudizio americano sull'Italia di Berlusconi, Collana Storie, Milano, Feltrinelli, 2011, ISBN978-88-07-11112-9.
Il prigioniero di Salò. Mussolini e la tragedia italiana del 1943-1945, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2012, ISBN978-88-04-62525-4.
Mimmo Franzinelli - Andrea Ventura, Una mattina mi son svegliato. 5 storie dell'8 settembre 1943, Torino, UTET, 2013, ISBN978-88-418-9689-1.
Il giro d'Italia. Dai pionieri agli anni d'oro, Collana Storie, Milano, Feltrinelli, 2013, ISBN978-88-07-11126-6.
Il duce e le donne. Avventure e passioni extraconiugali di Mussolini, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2013, ISBN978-88-04-63095-1.
Bombardate Roma! Guareschi contro De Gasperi: uno scandalo nella storia repubblicana, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2014, ISBN978-88-04-64102-5.
M. Franzinelli - Nicola Graziano, Un'odissea partigiana. Dalla Resistenza al manicomio, Collana Storie, Milano, Feltrinelli, 2015, ISBN978-88-07-11138-9.
L'arma segreta del Duce. La vera storia del carteggio Churchill-Mussolini, Collana Saggi italiani, Milano, Rizzoli, 2015, ISBN978-88-17-08058-3.
Disertori. Una storia mai raccontata della seconda guerra mondiale, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2016, ISBN978-88-04-65999-0.
Il tribunale del Duce. La giustizia fascista e le sue vittime (1927-1945), Collezione Le Scie.Nuova serie, Milano, Mondadori, 2017, ISBN978-88-04-67370-5.
Tortura. Storia dell'occupazione nazista e della guerra civile (1943-1945), Collezione Le Scie.Nuova serie, Milano, Mondadori, 2018, ISBN978-88-04-68589-0.
Fascismo Anno Zero. 1919: la nascita dei Fasci italiani di combattimento, Collezione Le Scie.Nuova serie, Milano, Mondadori, 2019, ISBN978-88-04-70831-5.
M. Franzinelli-Paolo Cavassini, Fiume 1919, Collana La Clessidra di Clio, Gorizia, LEG Edizioni, 2019, ISBN978-88-6102-653-7.
M. Franzinelli-Paolo Cavassini, Fiume. Un racconto per immagini dell'impresa di D'Annunzio, Collana La Clessidra di Clio, Gorizia, LEG, 2019, ISBN978-88-6102-653-7.
M. Franzinelli-Alessandro Giacone, 1960. L'Italia sull'orlo della guerra civile, Collezione Le Scie.Nuova serie, Milano, Mondadori, 2020, ISBN978-88-04-72245-8.
Storia della Repubblica Sociale Italiana 1943-1945, Collana Cultura storica, Bari-Roma, Laterza, 2020, ISBN978-88-581-4161-8.
Il filosofo in camicia nera. Giovanni Gentile e gli intellettuali di Mussolini, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2021, ISBN978-88-047-3826-8.
L'insurrezione fascista. Storia e mito della marcia su Roma, Collezione Le Scie. Nuova serie, Milano, Mondadori, 2022, ISBN978-88-047-5113-7.
Il fascismo è finito il 25 aprile 1945, Collana I Robinson. Fact Checking, Roma-Bari, Laterza, 2022, ISBN978-88-581-4755-9.
Schiavi di Hitler. I militari italiani nei lager nazisti, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2023, ISBN978-88-047-7138-8.
Matteotti e Mussolini. Vite parallele. Dal socialismo al delitto politico, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2024, ISBN978-88-047-7139-5.
Croce e il fascismo, Collana Cultura storica, Roma-Bari, Laterza, 2024, ISBN978-88-581-4639-2.
Marcello Flores-M. Franzinelli, Conflitto tra poteri. Magistratura, politica e processi nell’Italia repubblicana, Collana La Cultura, Milano, Il Saggiatore, 2024, ISBN978-88-428-3418-2.
Curatele
Ernesto Rossi, Una spia del regime. Carlo Del Re e la provocazione contro Giustizia e Libertà, Collana Gli archi, Torino, Bollati Boringhieri, 2000, ISBN978-88-339-1239-4.
Ernesto Rossi, Nove anni sono molti. Lettere dal carcere 1930-39, Collana Nuova cultura, Torino, Bollati Boringhieri, 2001, ISBN978-88-339-1333-9.
Ernesto Rossi, I padroni del vapore. La collaborazione Fascismo-Confindustria durante il Ventennio, Kaos, 2001, ISBN978-88-7953-101-6.
L'elenco dei confidenti della polizia politica fascista, Torino, Bollati Boringhieri, 2002.
Ernesto Rossi, Settimo non rubare. Le scorribande dei potentati economici e le connivenze politico-affaristiche nell'Italia del primo Dopoguerra, Collana Libertaria, Kaos, 2002, ISBN978-88-7953-110-8.
Seduzioni e miserie del potere. Visto da sinistra - Visto da destra. Galantara, Scalarini, Sironi, Guareschi, Mazzotta, 2003.
Ennesto Rossi - Gaetano Salvemini, Dall'esilio alla Repubblica. Lettere 1944-1957, Collana Nuova Cultura, Torino, Bollati Boringhieri, 2004, ISBN978-88-339-1534-0.
Ultime lettere di condannati a morte e di deportati della Resistenza 1943-1945, Collezione Le Scie, Milano, Mondadori, 2005, ISBN978-88-04-54378-7.
«Non mollare» (1925), Con saggi di Gaetano Salvemini, Ernesto Rossi e Piero Calamandrei, Collana Gli archi, Torino, Bollati Boringhieri, 2005, ISBN978-88-339-1627-9.
Chiesa e guerra. Dalla «benedizione delle armi» alla «Pacem in terris», a cura di M. Franzinelli e Riccardo Bottoni, Collana Percorsi, Bologna, Il Mulino, 2005, ISBN978-88-150-9757-6.
Ernesto Rossi, Epistolario 1943-1967. Dal Partito d'Azione al centro-sinistra, Collana Storia e società, Roma-Bari, Laterza, 2007, ISBN978-88-420-8177-7.
Oltre la guerra fredda. L'Italia del "Ponte" (1948-1953), Collana Storia e società, Roma-Bari, Laterza, 2010, ISBN978-88-420-7912-5.
Claretta Petacci, Verso il disastro. Mussolini in guerra. Diari 1939-1940, Prefazione di Ferdinand Petacci, Collana Saggi italiani, Milano, Rizzoli, 2011, ISBN978-88-17-04742-5.
Il riformismo alla prova. Il primo governo Moro nei documenti e nelle parole dei protagonisti (ottobre 1963-agosto 1964), a cura di M. Franzinelli e Alessandro Giacone, Collana Annali.Fondazione Giangiacomo Feltrinelli, Milano, Feltrinelli, 2012, ISBN978-88-07-99067-0.
Benito Mussolini, Giornale di guerra 1915-1917. Alto Isonzo - Carnia - Carso, a cura e con una postfazione di M. Franzinelli, Collana Biblioteca d'arte militare, Gorizia, LEG, 2016, ISBN978-88-6102-269-0.
Premio letterario Viareggio-Rèpaci, su premioletterarioviareggiorepaci.it. URL consultato il 9 agosto 2019 (archiviato dall'url originale il 19 luglio 2014).