Nata nel New Jersey da famiglia di origine francese, Marguerite Courtot da piccola lavorò come modella. Nel 1912, ancora quattordicenne, andò a lavorare per la Kalem Company. Nel marzo del 1913, girò il suo primo film, The War Correspondent diretto da Robert G. Vignola. Tra il 1913 e il 1916, fece 37 film per la Kalem, incluso The Ventures of Marguerite, un serial avventuroso di cui fu protagonista.
Dopo aver lasciato la Kalem, Courtot interpretò The Dead Alive per la Gaumont. Fece numerosi film per la Famous Players Film Company di Jesse L. Lasky e per case di produzione più piccole. La maggior parte del 1918, Marguerite la passò a promuovere gli sforzi bellici degli Stati Uniti nella prima guerra mondiale. Alla fine della guerra, ritornò al cinema, alla Pathé. Ebbe dei ruoli secondari nei serial The Sky Ranger e The Yellow Arm.
Nel 1922, mentre stava lavorando a I maestri di rampone, Marguerite iniziò una relazione con un collega, l'attore Raymond McKee. I due si sposarono il 23 aprile 1923: dopo aver completato due film, Marguerite si ritirò dalle scene, dedicandosi alla famiglia[1]. Il loro matrimonio durò più di sessant'anni: Raymond morì nel 1984, Marguerite due anni dopo a Long Beach a 89 anni. Vennero sepolti insieme al Riverside National Cemetery di Riverside, in California.
Marguerite Courtot appare nel cast riportato dal catalogo AFI-The American Film Institute Catalog, Features Films 1911-1920, University of California Press 1988