Durante la sua permanenza a Cambridge ha fondato il Monteverdi Choir, con il quale ha fatto il suo debutto a Wigmore Hall in Londra nel 1966. Nel 1968, Gardiner formò la Monteverdi Orchestra come formazione complementare al coro. Nel 1978, quest'orchestra divenne gli English Baroque Soloists.
Nel 1993, Gardiner, l'orchestra ed il Monteverdi Choir si produssero nella prima esecuzione moderna nella Cattedrale Sankt Peter di Brema della Messe solennelle di Hector Berlioz, da un manoscritto perduto per oltre 150 anni e ritrovato fortuitamente l'anno precedente.
Nell'anno 2000, Gardiner intraprese il Bach Cantata Pilgrimage, interpretando, ogni settimana per le 52 settimane dell'anno, tutte le cantate bachiane nel giorno liturgico per il quale furono composte, in chiese e sale da concerto europee e statunitensi. Alla fine del 2004, Gardiner ha percorso, con il Monteverdi Choir, il Cammino di Santiago di Compostela, interpretando musica sacra estratta dal Codex Calixtinus nelle cattedrali e chiese che si trovano sul cammino stesso.
Nel 2003 dirige The Cunning Little Vixen di Leoš Janáček al Covent Garden.
Gardiner ha sposato Elizabeth Wilcock nel 1981, da cui ha divorziato nel 1997; tre figlie sono nate dalla loro unione. Nel 2001 ha sposato Isabella de Sabata, nipote del direttore d'orchestra Victor de Sabata. Gardiner opera, nel tempo libero, in una fattoria biologica nel North Dorset, creata dal suo prozio, il compositore Henry Balfour Gardiner. Suo nonno era Alan Gardiner, famoso egittologo.
Bach: Sacred Masterpieces Cantatas Archiv Produktion e Philips Classics 1980/2000 22-CD (nona posizione nella classifica Classical Albums)
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Beethoven/Mendelssohn: Conc. per vl., Mullova/Orch. Révolutionnaire et Romantique (SACD) SACD | Philips | 2002
Beethoven/Mendelssohn: Conc. per vl., Mullova/Orch. Révolutionnaire et Romantique CD | Philips | 2002
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Berlioz: Harold en Italie / Trista CD | Philips | 1996
Berlioz: Romeo e Giulietta, Orch. Révolutionnaire et Romantique CD | Decca | 1989
Berlioz: Symphonie Fantastique CD | Philips | 1993
Berlioz: Messe solennelle, Monteverdi Choir & Orchestre Révolutionnaire et Romantique | Universal International Music | 1994 Grammy Award for Best Choral Performance 1995
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Debussy: The Debussy Edition, 150º Anniversario della nascita CD | Deutsche Grammophon | 2012
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Stravinsky: Symphony of Psalms / Boulanger: Psalms 24 & 129 / Vieille Prière Bouddhique CD | Deutsche Grammophon | 2002 - Oggi pubblicata da BRILLIANT col No. Cat.: 9015
The Artist's Album CD | Deutsche Grammophon | 1998