Con Jean Laplanche, sotto la direzione di Daniel Lagache, Pontalis porta a termine nel 1967 la prima edizione del Vocabulaire de la psychanalyse, sintesi scientifica e successo editoriale tradotto in diverse lingue. Nel 1964 ha intanto partecipato alla fondazione dell'Association psychanalytique de France (APF) e inizia a insegnare all'École pratique des hautes études.
Dirige presso Gallimard la collana "Connaissance de l'inconscient". Nel 1970 fonda la rivista "Nouvelle Revue de psychanalyse" (NRP) con Didier Anzieu, André Green, Jean Pouillon, Guy Rosolato, Victor Smirnoff, Jean Starobinski, François Gantheret e Masud Khan, più tardi anche con Michel Schneider, Michel Gribinski e Laurence Kahn. La rivista chiude, dopo 50 numeri, nel 1994.
A partire dal 1980 pubblica opere letterarie. È convinto che esista "un'evidente analogia tra psicoanalisi e letteratura. Vediamo compiersi, sicuramente attraverso vie diverse [...] la stessa premessa: essere, per la prima volta, sentiti, riconosciuti, [...] e nello stesso movimento, avere paura di essere assorbiti dal pensiero e dal linguaggio"[3].
Nel 1989 fonda e dirige la collana "L'Un et l'autre", ancora da Gallimard.
Le Royaume intermédiaire, J-B.Pontalis entre psychanalyse et littérature (contributi di Jacques André, Miguel de Azambuja, Pierre Bayard, Antoine Billot, Catherine Chabert, Jean Clair, David Collin, Jean-Michel Delacomptée, Colette Fellous, François Gantheret, Christian Garcin, Michèle Gazier, Sylvie Germain, Guy Goffette, Edmundo Gómez Mango, Roger Grenier, Michel Gribinski, Laurence Kahn, Chantal Lapeyre-Desmaison, Maurice Olender, Daniel Pennac, J.-B. Pontalis, Jérôme Roger, Jean-Claude Rolland, Jean Starobinski, Dominique Suchet), Paris: Gallimard, 2007
