Cesenate di nascita, compì i suoi studi di lettere a Bologna e quelli di filosofia a Padova.
Membro dell'Accademia della Crusca, fu tra i preferiti del papa Gregorio XIII che lo avrebbe voluto prelato; Mazzoni preferì proseguire nella carriera universitaria.
Dotato di una dottrina amplissima, che abbracciava pressoché tutta la letteratura antica, greca e latina, e quella umanistica[1], a Cesena compì ambasciate per conto della città e tenne una cattedra nello Studio locale, esponendo l'Etica di Aristotele.
Fu chiamato all'Università di Macerata, ed in seguito a Pisa, dove ebbe la cattedra di filosofia dal novembre 1588 al 1597. A Pisa conobbe Galileo Galilei, allora un giovane insegnante di matematica, con il quale instaurò ottimi rapporti. Nel 1597 fu invitato a insegnare all'Università La Sapienza di Roma. Benché avesse da poco preso questa cattedra, seguì il cardinale Pietro Aldobrandini nei suoi incarichi a Ferrara e in seguito a Venezia. Ammalatosi sulla strada del ritorno, si recò nella sua Cesena, dove morì il 10 aprile 1598.
Fu sepolto nella chiesa dei Domenicani.
Giuseppe Bezzuoli (1784-1855) dipinse Mazzoni accanto a Galileo nell'affresco Galileo Galilei esegue l'esperimento della caduta dei gravi.
Nel 1572 Mazzoni lesse il Discorso violentemente antidantesco attribuito al misterioso Ridolfo Castravilla (rimato a tutt'oggi non identificato). Grazie alla sua preparazione letteraria, Mazzoni compose in meno di un anno due vasti volumi che, oltre a rispondere alle accuse a Dante, proponevano una completa teoria letteraria fondata sul pensiero degli antichi, probabilmente il massimo lavoro complessivo di poetica della seconda metà del Cinquecento[2]. Il Discorso in difesa della Comedia del divino poeta Dante fu pubblicato nello stesso anno a Bologna con lo pseudonimo Donato Roffia e l'anno successivo con il suo vero nome a Cesena, presso Bartolomeo Raverio[3]. Nel testo Mazzoni risponde alle contestazioni sul sommo poetaDante Alighieri.
Parimenti nel libro si occupa anche di argomentazioni pertinenti alla filosofia ed alla poetica. In particolare, una delle accuse era che Dante non si sarebbe conformato alla Poetica di Aristotele. Mazzoni replica che il sommo poeta si era adeguato ai canoni di Aristotele, intendendoli in modo più libero[1].
Il successo della Difesa fu grande, soprattutto in Firenze: il Mazzoni fu ascritto all'Accademia Fiorentina e a quella della Crusca, e nell'aprile 1587 fu invitato a tenere lezioni dantesche molto apprezzate[2].
In universam Platonis et Aristotelis philosophiam praeludia
Interessato anche all'astronomia, Mazzoni espone le sue teorie in quello che risulta il suo testo più importante ovvero In universam Platonis et Aristotelis philosophiam preludia pubblicato nel 1597.
In questo libro egli sostiene il sistema geocentrico aristotelico contro la sempre più diffusa e apprezzata teoria copernicanaeliocentrica.
Questo volume è divenuto molto noto poiché Galileo Galilei, dopo averlo letto, gli inviò una lettera, datata 30 maggio 1597, nella quale difendeva Copernico e le sue teorie. Questa missiva rappresenta la più antica testimonianza dell'adesione alla teoria eliocentrica di Galileo Galilei.
De triplici hominum vita, activa nempe, contemplativa, et religiosa methodi tres, 1577
Jacopo Mazzoni, Discorso de' dittongi, Cesena, appresso Bartolomeo Raverio, 1572. URL consultato il 5 luglio 2019.
Discorso intorno alla Risposta e alle Opposizioni fattegli dal sig. Francesco Patricio, pertenente alla storia del poema Dafni, o Litiersa di Sositeo poeta della Pleiade, Cesena nel 1587, B. Raverio.
Jacopo Mazzoni, Prefazione, in Mario Rossi (a cura di), Discorso di Giacopo Mazzoni in difesa della "Commedia" del divino poeta Dante, S. Lapi, 1898, p.6. URL consultato il 16 luglio 2018.
(EN) Vincent B. Leitch (a cura di), From On the Defense of the Comedy of Dante, in The Norton Anthology of Theory and Criticism, New York, W. W. Norton and Company, 2001, pp.302–323.
(EN) Vincent B. Leitch (a cura di), Giacopo Mazzoni, in The Norton Anthology of Theory and Criticism, New York, W. W. Norton and Company, 2001, pp.299–302.
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