Figlio quartogenito di Anton Fugger e di sua moglie, la nobile Anna von Rehlingen, alla morte di suo padre nel 1560 Jacob ed i suoi fratelli presero insieme la gestione delle terre e degli affari di famiglia[1]. Nel 1573 divise coi suoi fratelli le quote della società e Jacob ottenne le signorie di Babenhausen, Wellenburg e Boos. Nel 1583, sempre coi suoi fratelli, ottenne la possibilità di accedere al collegio imperiale di Svevia con lo status di conte[2].
Nel 1570 Jacob sposò Anna Ilsung von Tratzberg. La coppia ebbe insieme i seguenti figli:
Johannes Burkhardt: Das Ehrenbuch der Fugger, Faksimile, Transkription und Kommentar, 2 Bände, Wißner Verlag, Augsburg 2004 ISBN3-89639-445-2
Christl Karnehm: Die Korrespondenz Hans Fuggers von 1566–1594. Regesten der Kopierbücher aus dem Fuggerarchiv. München 2003, ISBN3-7696-9706-5
Franz Karg: Schloss Kirchheim Kunstführer. 2. Auflage. Kunstverlag Josef Fink, Lindenberg 2001, ISBN3-931820-76-9
Georg Lill: Hans Fugger (1531–1598) und die Kunst. Ein Beitrag zur Spätrenaissance in Süddeutschland. Duncker & Humblot, Leipzig 1908 (Digitalisat als PDF[collegamento interrotto])
Johannes Burkhardt/Franz Karg (Hg): Die Welt des Hans Fugger (1531–1598) Materialien zur Geschichte der Fugger Bd. 1. Wissner, Augsburg 2007, ISBN978-3-89639-557-3
Mark Häberlein: Die Fugger. Geschichte einer Augsburger Familie (1367–1650). Kohlhammer, Stuttgart 2006, ISBN978-3-17-018472-5