Nato in una famiglia di artisti - sia il padre Carlo che il fratello Roberto furono pittori - a sette anni entrò nel collegio dei Barnabiti, per passare poi al collegio Zambelli. Ancora giovane, dovette abbandonare gli studi a causa della morte della madre, per provvedere a sé e a due sorelle minori.
In questo periodo svolse i mestieri più umili, finché fu assunto al Corriere di Milano come correttore di bozze. Fu così che Fontana entrò in contatto col mondo del giornalismo e delle lettere.
Esponente della seconda Scapigliatura, fu uno scrittore molto versatile: oltre alle commedie e ai libretti scrisse poesie, anche in dialetto, libri di viaggi e fu un apprezzato giornalista, tra l'altro del Corriere della Sera. Tra il 1878 e il 1879 fu corrispondente da Berlino per la Gazzetta Piemontese (oggi La Stampa).
Convinto e acceso socialista, partecipò ai moti milanesi del 1898. A causa delle repressioni che ne seguirono dovette rifugiarsi in Svizzera (a Montagnola, nei pressi di Lugano, fu ospitato in una casa architettonicamente molto originale che divenne più tardi la dimora dello scrittore Hermann Hesse). Rimase in Ticino fino alla morte, riducendo drasticamente la sua attività letteraria e conducendo una vita modestissima.
Scrisse due commedie in lingua lombarda (dialetto milanese): La Pina Madamin e La Statôa del sciôr Incioda, che ottennero un notevole successo e che furono interpretate da Edoardo Ferravilla, ritenuto il più grande comico del teatro milanese.
Durante il suo periodo milanese scrisse diversi libretti, due dei quali per Alberto Franchetti, oltre a quelli già ricordati per Le Villi e Edgar di Puccini, libretti che si contraddistinguono per un fantasmagorico senso teatrale.
Il mangiadonne, traduzione del libretto di Leo Stein per l'operetta di Edmund Eysler
Testo esplicativo ad un'edizione dei primi anni del Novecento delle poesie di Carlo Porta illustrate da Salvadori, Colombi-Borde, Bertini, Amero Cagnoni, Rossi, Agazzi, Società editrice "La Milano".
Biancamaria Longoni, Vita e opere di Ferdinando Fontana, in Quaderni Puccininani 4 - 1992, a cura dell'Istituto di Studi Pucciniani.
Lettere di Ferdinando Fontana a Giacomo Puccini: 1884-1919, in Quaderni Puccininani 4 - 1992, a cura dell'Istituto di Studi Pucciniani.
Francesco Cesari, Ferdinando Fontana librettista, in Scapigliatura & Fin de Siècle. Libretti d'opera italiani dall'Unità al primo Novecento - Scritti per Mario Morini, a cura di Johannes Streicher, Sonia Teramo e Roberta Travaglini, Ismez, Roma 2007, pp.325–344 - ISBN 88-89675-02-0.