Figlio di un ufficiale postale e di una casalinga residenti a Schio, nasce durante l'evacuazione seguita alla controffensiva austriaca sull'Altopiano di Asiago. Per sfuggire ai rischi della guerra, la madre con i 2 figli si trasferisce a Bibbona, luogo natale del marito, ove restano fino al 1919 quando lo raggiungono a Schio. La famiglia si trasferisce nel 1925 a Vicenza, dove lui va a studiare al Liceo Pigafetta; viene poi mandato al Collegio Filippin di Paderno del Grappa ove incontra insegnanti provenienti dalla Scuola normale di Pisa e viene così a contatto con le idee di Aldo Capitini e più tardi conoscerà Antonio Giuriolo di cui sarà amico fraterno. Si laurea nel 1941 a Padova, con una tesi sul concetto di poesia nella critica romantica italiana. Nel 1942 è richiamato alle armi e viene mandato in Croazia e poi a metà 1943 a Roma dove osserva lo sfascio dello stato dopo il 25 luglio.
A seguito di una ferita rientra a Vicenza nell'autunno del '43 e lì si mette subito in contatto con la Resistenza tenendo attivi i collegamenti con altri gruppi liberalsocialisti dell'Italia centrale e, in particolare, con Aldo Capitini a Perugia,[1]. Finita la guerra partecipa attivamente al Partito d'Azione[2] e poi ai liberal socialisti di Enzo Enriques Agnoletti[3]. Riprende l'insegnamento di italiano e storia dal 1954 a Vicenza, divenendo nel 1974 preside[4][5]
Partendo dalla lettura di Croce fatta durante il collegio, studia i grandi scrittori politici del Rinascimento italiano Francesco Guicciardini, Lorenzo de’ Medici, Niccolo Machiavelli, e poi dedica le sue ricerche ai minori, in particolare Francesco Vettori e Biagio Buonaccorsi e Niccolò Valori. Approfondisce successivamente gli studi sulla vita politica e culturale vicentina nel Cinquecento.
Recupera, attraverso lunghe ed approfondite ricerche nelle biblioteche fiorentine, romane e nella British Library di Londra, molti manoscritti sconosciuti o inediti di Francesco Vettori, Biagio Buonaccorsi e Niccolò Vettori. Ne cura approfondite edizioni critiche, divenute fonti essenziali per gli studiosi del Cinquecento fiorentino. Attraverso le sue pubblicazioni approfondisce la conoscenza della vita politica e sociale delle Firenze medicea e delle sue relazioni con i principali paesi europei[6][7].
Dopo la fine della guerra ha ricevuto il Brevetto Alexander[8] per la sua attività antifascista in collaborazione con le forze alleate.
Premiato nel 1959 dal ministero della Pubblica istruzione per le scienze filosofiche e la critica letteraria e artistica.
Enrico Niccolini, Cultura e societa a Vicenza nel Rinascimento, Costabissara, Angelo Colla, 2006, Accademia Olimpica.
Enrico Niccolini (a cura di), Accademia Olimpica, gli *statuti del 1650, Vicenza, Accademia Olimpica, 2003.
Biagio Buonaccorsi, Diario dall'anno 1498 all'anno 1512 e altri scritti, a cura di Enrico Niccolini, Roma, Istituto storico italiano per il Medio Evo, 1999.
Enrico Niccolini, Di un frammento machiavelliano quasi dimenticato, in Giornale storico della letteratura italiana, vol.174, n.566, 1997, pp.205-210.
Enrico Niccolini, Malinconie politiche di un ottuagenario, Vicenza, La grafica & stampa), 1993.
Enrico Niccolini (a cura di), Vita di Lorenzo de' Medici, scritta in lingua latina da Niccolo Valori resa in volgare dal figlio Filippo Valori, Vicenza, Accademia Olimpica, 1991.
Filippo Frassati (a cura di), Enrico Niccolini, in Il contributo dell'Università di Pisa e della Scuola normale superiore alla lotta antifascista ed alla guerra di Liberazione: atti del Convegno 24-25 aprile 1985, Pisa, Giardini editori e stampatori, 1989.
Enrico Niccolini, Le Accademie, in L'eta della Repubblica veneta, 1404-1797 / a cura di Franco Barbieri e Paolo Preto. Vicenza: N. Pozza [1989-1990].
Enrico Niccolini, Aldo Capitini, Firenze, Leo S. Olschki, 1988.
Enrico Niccolini, 3 luglio 1548: mezzogiorno di sangue a Vicenza, Vicenza, Accademia Olimpica, 1985, ISBN978-88-7871-067-2.
Enrico Niccolini, Per un'edizione del Diario e di altri scritti di Biagio Buonaccorsi, in Archivio storico italiano, n.516, 1983.
I primi scritti politici di Machiavelli 1499-1512, in Archivio Storico Italiano, 1977, pp.204-216.
Enrico Niccolini, Narrazione di Francesco Vettori del viaggio per lui fatto alla corte dell'imperatore mandato ambasciatore a sua maestà per la repubblica fiorentina, in Odeo olimpico, XI-XII, 1974-1976, pp.27-65.
Francesco Vettori, Scritti storico, politici di Francesco Vettori, a cura di Enrico Niccolini, Bari, Laterza, 1972.
Niccolini Enrico, Note sui «Ricordi» di Francesco Guicciardini e sul «Testament politique» di Richelieu, in Odeo olimpico, V, 1964-1965, pp.139-158.
Enrico Niccolini, Elementi di giansenismo nelle pagine critiche di Alessandro Manzoni, in Pier Lombardo, n.3/4, 1958.
Filippo Frassati (a cura di), Il Contributo dell'Università di Pisa e della Scuola normale alla lotta antifascista ed alla guerra di liberazione: atti del Convegno 24-25 aprile 1985, Pisa, Giardini, 1989, p.274.
Gianni A. Cisotto, Nella Giustizia la libertà. Il Partito d'Azione a Vicenza (1942-1947), Sommacampagna (Verona), Istituto storico della Resistenza e dell'età contemporanea della provincia di Vicenza, 2010.
Mario Mirri, Renzo Sabbatini e Luigi Imbasciati, L'impegno di una generazione. Il gruppo di Lucca dal Liceo Machiavelli alla Normale nel clima del Dopoguerra, Milano, Franco Angeli, 2014, p.349.