Conformazioni del DNA

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Le conformazioni di DNA a doppia elica fino ad ora evidenziate sono almeno una dozzina. Tre di queste sono ritenute essere presenti in natura: A-DNA, B-DNA e Z-DNA. La forma B è quella originariamente descritta da James Dewey Watson e Francis Crick ed è ritenuta essere quella predominante nelle cellule.[1] Essa è larga 23.7 Å e si estende per 34 Å ogni 10 bp. Questa doppia elica compie un giro completo attorno all'asse ogni 10.4-10.5 paia di basi. Questa frequenza di rotazione, nota come passo dell'elica dipende largamente dalle forze di stacking che ogni base esercita su quelle adiacenti.

Voce principale: DNA.

A-, B- e Z-DNA

A-DNA e Z-DNA differiscono in modo significativo nella geometria e nelle dimensioni dal B-DNA, sebbene presentino una struttura a doppia elica. La conformazione A si presenta più frequentemente in campioni di DNA anidro, come negli esperimenti di cristallografia, e negli eteroduplex (eliche ibride da appaiamento di DNA ed RNA). La conformazione Z è invece tipica delle regioni metilate del DNA, nelle quali i filamenti si avvolgono in senso opposto attorno all'asse. Anche il DNA complessato con proteine si conforma spesso in forma Z anche se la sua presenza non è stata ancora dimostrata in vivo.

Le strutture di A-, B-, e Z-DNA.
L'asse delle eliche di A-, B-, e Z-DNA.
Ulteriori informazioni A-DNA, B-DNA ...
Caratteristiche delle principali forme di DNA
A-DNA B-DNA Z-DNA
Senso dell'elica destrorso destrorso sinistrorso
Unità ripetuta 1 bp 1 bp 2 bp
Rotazione/bp 32.7° 34.3° 60°/2bp
bp medie/giro 11 10.5 12
Inclinazione delle bp rispetto all'asse +19° -1.2° -9°
Passo/bp lungo l'asse 2.3 Å 3.32 Å 3.8 Å
Passo/giro d'elica 24.6 Å 33.2 Å 45.6 Å
Propeller twist medio +18° +16°
Diametro 23 Å (2.3 nm) 20 Å (2.0 nm) 18 Å (1.8 nm)
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Altre conformazioni

Oltre ad A-, B- e Z-DNA, sono possibili anche altre conformazioni. Sono state finora evidenziate C-DNA, D-DNA,[2] E-DNA,[3] H-DNA,[4] L-DNA[2] S-DNA e P-DNA.[5][6]

Note

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