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In bioinformatica, BLAST (Basic Local Alignment Search Tool, ovvero strumento di ricerca di allineamento locale) è un algoritmo usato per comparare le informazioni contenute nelle strutture biologiche primarie, come ad esempio le sequenze proteiche o le sequenze nucleotidiche delle molecole di DNA.
Una ricerca BLAST permette al ricercatore di confrontare una sequenza di interesse con un database di sequenze già conosciute, e di identificare tra queste ultime quelle che presentano delle somiglianze con la sequenza di interesse.[1][2][3] Ad esempio, in seguito alla scoperta di un gene di topo, prima sconosciuto, gli scienziati tipicamente compiono una ricerca BLAST nel genoma umano per vedere se contiene geni con sequenze somiglianti; una volta trovati i due geni "affini" si può indagare sperimentalmente la funzione di quello proveniente dal topo e ottenere così indizi sulla possibile funzione di quello umano.
È possibile suddividere l'algoritmo BLAST in 3 principali fasi:
Le sequenze che si andranno a considerare saranno solo quelle il cui score supera una certa soglia di threshold T, che verranno chiamate HSP (High-scoring Segment Pair).[2]
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