Laureatosi alla Yale nel 1960, ha successivamente ottenuto un dottorato di ricerca in economia a Harvard nel 1965, è professore emerito presso l'Università del Massachusetts Amherst, dove ha tenuto corsi sulla microeconomia e sulla teoria delle istituzioni.
Attualmente è docente di economia presso l'Università di Siena e direttore del programma di ricerca in scienze comportamentali presso il Santa Fe Institute di Santa Fe (Nuovo Messico).
Nel 2006 è stato insignito del premio Leontief per il suo notevole contributo alle teorie economiche presso il Global Development and Environment Institute.
Sul suo sito Internet presso il Santa Fe Institute, Bowles descrive i suoi due principali interessi accademici come:
l'evoluzione parallela delle preferenze, delle istituzioni e del comportamento, con particolare riferimento allo studio empirico e attraverso modelli dell'evoluzione culturale, l'importanza e l'evoluzione delle motivazioni non personali nella spiegazione del comportamento e l'applicazione di questi studi alle aree di indirizzo politico, come i diritti della proprietà intellettuale, l'economia dell'educazione e le politiche dei programmi redistributivi governativi;
le cause e le conseguenze delle diseguaglianze economiche, con riferimento alla relazione tra la distribuzione non omogenea della ricchezza, i contratti imperfetti e la governance delle transazioni economiche nelle aziende, nei mercati, nelle famiglie e nelle comunità.[1]
Bowles ha spesso collaborato con il suo ex collega Herbert Gintis, un altro professore emerito dell'Università del Massaschusetts Amherst; ad entrambi Martin Luther King chiese di scrivere delle linee guida per la marcia in programma nel 1968 a Memphis, appena prima della quale venne assassinato.
Planning educational systems for economic growth - Cambridge - Harvard university press - 1969
Notes and problems in microeconomic theory, di Samuel Bowles e David Kendrick, in collaborazione con L. Taylor e M. Roberts - Chicago - Markham publishing company - 1970
Our new West: records of travel between the Mississippi river and the Pacific Ocean - New York - Arno Press - 1973
Schooling in capitalist America: educational reform and the contradictions of economic life, di Samuel Bowles e Herbert Gintis - New York - Basic Books - 1976
L'istruzione nel capitalismo maturo, di Samuel Bowles e Herbert Gintis - Bologna - Zanichelli - 1979
Notes and problems in microeconomic theory, di Peter B. Dixon, Samuel Bowles, David Kendrick, in collaborazione con Lance Taylor, Marc Roberts - Amsterdam: North-Holland - 1980
Beyond the wasteland: a democratic alternative to economic decline, di Samuel Bowles, David M. Gordon e Thomas E. Weisskopf - London - Verso - 1984
Notes and problems in microeconomic theory, di Peter B. Dixon, Samuel Bowles, David Kendrick, con la collaborazione di Lance Taylor e Marc Roberts - Amsterdam - North-Holland - 1985
Democracy and capitalism: property, community, and the contradictions of modern social thought, di Samuel Bowles e Herbert Gintis - London - Routledge & Kegan Paul - 1987
Unconventional wisdom: essays on economics in honor of John Kenneth Galbraith, di Samuel Bowles, Richard Edwards e William G. Shepherd - Boston - Houghton Mifflin - 1989
Radical political economy, di Samuel Bowles e Richard Edwards - Aldershot - Elgar - 1990
Market and democracy: participation, accountability and efficiency, di Samuel Bowles, Herbert Gintis e Bo Gustafsson - Cambridge - Cambridge university press - 1993
Understanding capitalism: competition, command, and change in the U. S. economy, di Samuel Bowles e Richard Edwards - New York - HarperCollins College Publishers - 1993
Recasting egalitarianism: new rules for communities, states and markets - London - New York - 1998
The politics and economics of power, di Samuel Bowles, Maurizio Franzini e Ugo Pagano - New York - Routledge - 1999
Meritocracy and economic inequality, di Kenneth Arrow, Samuel Bowles e Steven Durlauf - Princeton - Princeton University Press - 2000
Microeconomics: behavior, institutions, and evolution - Oxford - Princeton University press - 2004
Understanding capitalism: competition, command, and change, di Samuel Bowles, Richard Edwards, Frank Roosevelt - Oxford - Oxford university press - 2005
Unequal chances: family background and economic success, di Samuel Bowles, Herbert Gintis, and Melissa Osborne Groves - Princeton - Princeton University Press - 2005
Poverty traps, di Samuel Bowles, Steven N. Durlauf, e Karla Hoff - Oxford - Princeton University press - 2006
Globalization and egalitarian redistribution, di Pranab Bardhan, Samuel Bowles e Michael Wallerstein - Oxford - Princeton University press - 2006
Inequality, cooperation, and environmental sustainability, di Jean-Marie Baland, Pranab Bardhan e Samuel Bowles - Oxford - Princeton University Press - 2007