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La formula molecolare è la formula chimica che rappresenta la costituzione atomica di una molecola in lettere (per indicare gli elementi) e cifre (per indicare il numero di atomi dello stesso elemento nella molecola).
Ad esempio il glucosio ha formula molecolare:
avendo sei atomi di carbonio legati a dodici atomi di idrogeno su sei dei quali sono legati un atomo di ossigeno ciascuno.
La formula molecolare ha diverse limitazioni: non può ad esempio fornire informazioni dettagliate circa la struttura molecolare né riesce a identificare eventuali isomeri. Questo è particolarmente scomodo in chimica organica, dove per sopperire parzialmente al problema si sono adottate diverse convenzioni per evidenziare il gruppo funzionale:
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