Il concetto di complementarità in biologia molecolare si riferisce a molecole di DNA o RNA a doppio filamento o ibridi temporanei tra le due. Queste infatti consistono di due filamenti complementari di nucleotidi, che non sono legati covalentemente, bensì connessi via due o tre legami idrogeno.
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Per ogni nucleotide esiste un solo nucleotide complementare, ovvero che può formare un legame idrogeno con il primo: adenina e timina (DNA) / uracile (RNA) sono complementari tra loro, così come guanina e citosina. Sfruttando queste informazioni, è possibile ricostruire la sequenza nucleotidica del filamento complementare di un filamento di DNA la cui sequenza sia nota.
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