Cesare nacque nel 1605 a Bisceglie e più precisamente il 9 ottobre. Il padre Alessandro, era un nobile originario di Verona pittore di maniera, sposatosi con la biscegliese Elisabetta de Milazzo nel 1602. Insieme al fratello Francesco seguì il padre nei suoi spostamenti di città in città per eseguire decorazioni e da lui apprese i primi rudimenti dell'arte pittorica. Entrò poi nella bottega del Ribera a Napoli.
Il suo stile pittorico si rifaceva al Ribera, ma anche al Tintoretto, ai fratelli Carracci e a Guido Reni.
Dopo lunghi anni di preparazione artistica e di lavoro svolto a Napoli, nel 1626 tornò a Barletta.
Il 25 giugno 1626, a Barletta, Cesare Fracanzano sposa Beatrice Covelli, che si dice fosse molto bella e che spesso faceva da modello al marito per figure femminili e angeli - cosa confermata da diverse opere del pittore sopravvissute. Tra il 1633 e il 1639 la coppia visse a Barletta, dove furono battezzati alcuni dei loro figli: Margherita (27 novembre 1633), Niccolò Domenico (7 giugno 1635), Domenico Antonio (30 aprile 1637), Nicola Antonio (3 giugno 1638), Domenico Alessandro (21 agosto 1639) e Carlo Antonio (Napoli 1640?).
Operò molto nella cittadina pugliese in chiese e palazzi signorili. Si spostò dalla città natale solo per assolvere ad impegni di lavoro a Napoli, a Roma e in altre località della Puglia. Tra il 1632 e il 1635 Cesare lavorò a Barletta . La sua pittura è ora influenzata da Anton Van Dyck, nei suoi colori: rossi accesi e ocra. Nel 1637 lavorò, come altri colleghi napoletani, alle decorazioni del nuovo palazzo madrileno del re di Spagna. Il suo contributo al ciclo è Dos Luchadores (Ercole e Anteo), ora conservato al Museo del Prado . Dal 1640 il suo stile si fece più accademico, rivelando l'impatto dell'opera di Massimo Stanzione e Guido Reni.
Visse a Barletta fino alla sua morte avvenuta tra il 1651 e il 1652.
Molte opere del Fracanzano sono conservate a Barletta:
Chiesa di Santa Maria di Nazareth, quattro tele: La Sacra Famiglia, detta anche la Presentazione, San Francesco Saverio, Sant'Elena e Immacolata;
Chiesa di Sant'Andrea, una Natività;
Chiesa della Madonna del Carmine, Immacolata;
Chiesa di San Ruggero, due opere: Crocifisso, San Nicola di Bari;
Palazzo arcivescovile: Natività, Il martirio di San Sebastiano, Immacolata e Santi, Cristo apparso a San Francesco, provenienti dalla chiesa di Sant'Antonio;
Chiesa del Purgatorio: la Madonna dei suffragi e Testa dell'Eterno;
Pinacoteca di Barletta, Collezione Gabbiani, tre tele: l'Assunta, San Pietro e San Giovanni della Croce.
Coro nella chiesa di S.Maria della Sapienza Affreschi
Gli altri lavori del Fracanzano presenti in Italia sono:
a Taranto, Palazzo Carducci Artenisio, dodici dipinti ovali che rappresentano i santi a cui era devota la famiglia Carducci: Sant'Andrea, Santo Stefano, San Giovanni Battista, San Girolamo, San Pietro, San Sebastiano, San Michele Arcangelo e altri santi non meglio identificati
a Conversano, Santi Cosma e Damiano, Pala d'altare maggiore Santi Cosma e Damiano e affreschi, 1645-1650 circa
a Corigliano Calabro, Chiesa matrice di Santa Maria Maggiore, Sant'Agata in carcere;
a Gravina, Chiesa del Gesù, Santi Ignazio di Antiochia e Bibbiana , 1645–46,