Perguruan tinggi negeri (国立大学, kokuritsu daigaku) di Jepang hingga 10 Februari 2011 tercatat sejumlah 86 perguruan tinggi. Universitas yang dulunya berstatus Universitas Kekaisaran Jepang ditulis dengan huruf tebal.[1]
Hokkaido (7 universitas)
- Universitas Hokkaido
- Universitas Pendidikan Hokkaido
- Institut Teknologi Muroran
- Universitas Perdagangan Otaru
- Universitas Pertanian dan Kedokteran Hewan Obihiro
- Universitas Kedokteran Asahikawa
- Institut Teknologi Kitami
Tohoku (7 universitas)
- Universitas Hirosaki
- Universitas Iwate
- Universitas Tohoku
- Universitas Pendidikan Miyagi
- Universitas Akita
- Universitas Yamagata
- Universitas Fukushima
Kanto-Koshin'etsu (14 universitas)
- Universitas Ibaraki
- Universitas Tsukuba
- Universitas Teknologi Tsukuba
- Universitas Utsunomiya
- Universitas Gunma
- Universitas Saitama
- Universitas Chiba
- Universitas Negeri Yokohama
- Universitas Niigata
- Universitas Teknologi Nagaoka
- Universitas Pendidikan Joetsu
- Universitas Yamanashi
- Universitas Shinshu
- Universitas Pascasarjana Kajian Tingkat Lanjut
Tokai-Hokuriku (12 universitas)
- Universitas Toyama
- Universitas Kanazawa
- Universitas Fukui
- Universitas Gifu
- National Shizuoka
- Universitas Sekolah Kedokteran Hamamatsu
- Universitas Nagoya
- Universitas Pendidikan Aichi
- Institut Teknologi Nagoya
- Universitas Teknologi Toyohashi
- Universitas Mie
- Institut Sains dan Teknologi Tinggi Jepang
Chugoku-Shikoku (10 universitas)
- Universitas Tottori
- Universitas Shimane
- Universitas Okayama
- Universitas Hiroshima
- Universitas Yamaguchi
- Universitas Tokushima
- Universitas Pendidikan Naruto
- Universitas Kagawa
- Universitas Ehime
- Universitas Kochi
Kyushu (11 universitas)
- Universitas Pendidikan Fukuoka
- Universitas Kyushu
- Institut Teknologi Kyushu
- Universitas Saga
- Universitas Nagasaki
- Universitas Kumamoto
- Universitas Oita
- Universitas Miyazaki
- Universitas Kagoshima
- Institut Negeri Kebugaran dan Olahraga di Kanoya
- Universitas Ryukyu