מעמקי הים הוא כינוי כולל לטווח העומק באוקיינוס הפתוח המרוחק מהחופים הרדודים. טווח זה כולל את כל השכבות למעט השכבה האפיפלגית, כלומר כל מה שמתחת ל-200 מטר ועד ל-11,000 מטר מתחת פני הים, בשקע מריאנה שליד איי מריאנה. אזור זה הוא תוואי השטח הגדול בעולם אך הוא כמעט ולא נחקר. ידוע יותר על הירח מאשר על פני קרקעית הים של האוקיינוסים, אך כל שנה נשלחות צוללות מחקר מיוחדות החוזרות עם עוד ועוד גילויים חדשים.
אזור המעמקים הוא אזור חשוך, קר, חסר חמצן ובעל דחיסות כבדה של המים העולה ככל שמעמיקים יותר. צוללן אנושי ימות תוך רגע של שהייה במים עמוקים אך כמה בעלי חיים מצליחים לחיות בהם ולהתקיים על מזון זעום בעוד אחרים למשל הראשתן, פיל הים וצב הים הגילדי מגיעים לשם לאכול ואז עולים. ועם זאת ישנם מגוון שלם של יצורים בהם, רובם מוזרים מאוד ולא מוכרים. צמחים הזקוקים לאור שמש כלל לא נמצאים בו. במקום צמחים היצורים החיים בשכבות אלה ניזונים משלג ימי (Marine snow), שיריים המופרשים מלמעלה ושוקעים או שהם עולים אל פני המים בלילות לתזונה רגילה.
כל השכבות העמוקות באוקיינוס הם חלק מהאזור האפוטי (Aphotic zone):
השכבה המזופלגית (mesopalegic) – השכבה בעומק 200 עד 1,000 מטרים. באזור זה, בעיקר בימים הטרופיים ישנו אור שמש המגיע מלמעלה בצורה חלקית ויש בו הרבה חיים יחסית. מינים שונים הניזונים על שלג ימי חיים בו או שהם ציידים גדולים כמו דג החרב, דגי זאב, דיונון ענק ודגי סחוס כמו כרישי חול וכרישי ישנן. המרובים מביניהם הם האורנוניים והגונוסטומטיים, המהווים את המסה הגדולה ביותר של יצורים בים.
השכבה הבתיפלגית (bathypalegic) – השכבה בעומק 1,000 עד 2,000 מטרים. בשכבה זו כבר אין כלל אור גם לא בימים שעל קו המשווה הטמפרטורה בה בערך C° 4. היצורים באזור זה לעיתים כלל לא משתמשים בעיניהם אך אחרים רואים באמצעות נהורנות ביולוגית כמו אצל הלועיתיים השונים, חסחוסן צלופחי, רוב החכאים, הארגנטיניים, צלופח שקנאי, וכמה דיונונים גדולי-עיניים ונאוטילוסיים. יצורים נוספים מהאזור כוללים דיונון ערפדי ומיני מסרקניות, כמעט כולם משתמשים באורות לצידי עיניהם. אחרים עיוורים כמו חסילונים או שטצדאים. בשל מיעוט המזון הם קטנים יחסית וגופם מיועד לעמידה בלחץ רב.
השכבה האביסלית (abyssalpalegic) – השכבה בעומק 2,000 עד 4,000 מטרים. הטמפרטורה באזור זה כבר קרה ביותר ויש בה מעט בעלי חיים המסתגלים ללחץ הרב ולמחסור בחום וחמצן. רבים מיצורים אלה הם חסרי חוליות מרחפים ופלנקטון כמו מדוזות. גם כמה דגים ודיונונים מצליחים לעמוד בלחץ, למשל חוטמניים ודיסומיים. יצורים מאזור זה ימותו אם יעלו אותם אל פני המים.
השכבה ההאדלית (hadalpalegic) – השכבה בעומק 4,000 עד 11,000 מטרים. זוהי השכבה העמוקה ביותר ובדרך כלל היא קרובה לקרקעית, למעט בשקע מריאנה (הנקודה העמוקה ביותר). באזור נמצאים מינים בעלי שיטות הישרדות מיוחדות של כוכבי ים, מלפפוני ים, דגי צפע, דגי חילזון, תלת-רגליים, מיני חסילונים, צדפות וחכאים שטוחים וקטנים. יצורים המורגלים לתנאי לחץ כאלה ימותו אם יגיעו לאזורים רדודים יותר.
קרקעית הים (Benthic) - על הקרקעית ישנם מספר מועט מאוד של יצורים חיים, המצריך לחכות זמן רב למזון. כי אפילו שלג ימי לא מגיע אליו. מרבית היצורים עליה הם קווצי עור שונים, חסילונים, חלזונות ותמנונים. מעט מאוד דגים חיים בהם. בכמה אזורים ישנם נביעות געשיות בהם מתקיימות קהילות מיוחדות, בעיקר של תולעי צינור גדולות ושל מיני סרטנים מתמחים הניזונים מבקטריות. אזורים כאלה מנותקים לחלוטין מאור השמש אך לבסוף הם מפסיקים לנבוע. מתחת המצולות ישנם הרים הגבוהים מהאוורסט. לעיתים הרי געש מתפרצים גוררים את כל הקרקעית אל מחוץ למעמקים ואף יוצרים איים על פני השטח.
בשנת 2022 סקרו חוקרים אוסטרלים עומקים חדשים באוקיינוס ההודי, בסמוך לאיי קוקוס, בעומק של 5.8 ק"מ וגילו שם בעלי חיים שלא נראו מעולם. ”יצורים מופלאים חיים ב'אזור הדמדומים', עם הארה ביולוגית וניבים ענקיים, מעמקי הים הם הסביבה שאנו יודעים עליה מעט מאוד ומה שתפסנו עכשיו זה רק חלק קטנטן”, הסבירה דיאן בריי, מנהלת אוספים בכירה במוסד למחקר של מוזיאון ויקטוריה שבאוסטרליה. [1]