מקורותיו של הארגון הם בערב הסעודית והוא מתבסס על מספר פעילי טרור סעודיים שהצליחו לברוח מערב הסעודית, להתמקם ברחבי המזרח התיכון ולהקים התארגנויות שפועלת ברחבי האזור. מנהיגי הארגון, רובם ככולם נמנים עם רשימת המבוקשים ביותר של ערב הסעודית, התמקמו במדינות שונות באזור, תוך גיוס פעילים מקרב האוכלוסייה הסונית המקומית והחלו בהכנות האופרטיביות לביצוע פיגועי טרור ברחבי המזרח התיכון.
הארגון כולל כמה התארגנויות ("פלוגות") הפרוסות במקומות שונים. כל התארגנות שכזו קרויה על שם פעיל אחר של ארגון אל-קאעדה. אחת ההתארגנויות שפועלת ממחנות הפליטים הפלסטינים בלבנון, שבהם מצויות התארגנויות מקומיות המזהות עצמן עם אל-קאעידה והג'יהאד הסלפי. יעדן לפעול נגד ישראל משטח לבנון. הפלוגות בלבנון נקראת על שם פעיל הטרור הלבנוני זיאד אל-ג'ראח, שהיה אחד מבין 19 מבצעי מתקפת הטרור נגד מגדלי התאומים ב-11 בספטמבר 2001 בארצות הברית). התארגנות אחרת פועלת בחצי האי ערב ונקראת על שם יוסף אלעיירי, שכינויו אל-סיף אל-בתאר (החרב החדה), הוא סעודי יליד שנת 1973, שהיה אחד מהאידאולוגים ומפקדי השטח הבכירים של ארגון אלקאעדה אלעיירי, נהרג בסעודיה בשנת 2003, לאחר שנלחם באפגניסטן, צ'צ'ניה ובפיליפינים.
אף על פי שגורמים שכינו עצמם גדודי עבדאללה עזאם קיבלו אחריות על פעולות טרור גם לפני שנת 2009, רק ב-2009, הוקמו גדודי עבדאללה עזאם תחת פיקודו של הפעיל הסעודי סאלח אל-קרעאווי. כמו כן, החל משנת 2009 ניתן להבחין בקשר ברור בין גדודי עבדאללה עזאם לצמרת ארגון אל-קאעידה. הארגון מקיים קשרים הדוקים עם ארגון הטרור האסלאמי אל קאעידה בחצי האי ערב שפועל בחצי האי ערב, ומושפע אידאולוגית ומבצעית מארגון אל-קאעידה של אוסאמה בן לאדן.
מפקד הארגון הוא סאלח אל-קרעאווי (סאלח בן עבדאללה בן סאלח אל-קרעווי), הכינוי שלו באל-קאעידה הוא נג'ם אלח'יר ('כוכב החסד'), הוא סעודי, יליד שנת 1982, מוצאו מהעיר ברידה שבאזור אלקצים שבסעודיה, נשוי ואב לילדים. למרות גילו הצעיר הוא נמצא ברשימת 85 אנשי אל-קאעידה המבוקשים ביותר בסעודיה. הוא נשוי לביתו של השייח' חזיימה, הנחשב לאחד מראשי אל-קאעידה בחצי האי ערב. בין השנים 2004-2005 הוא נלחם נגד הכוחות האמריקאים בפלוג'ה שבעיראק שם גם הכיר את אבו מצעב אלזרקאוי (מפקד שלוחת אל-קאעדה בעיראק עד למותו ב-8 ביוני 2006 מהפצצת חיל האוויר האמריקאי).
פעיל נוסף בארגון הוא סאמי אל-מטירי הוא אזרח כוויתי אשר החל את דרכו כאיש שמאל, חבר בתנועה שכינתה עצמה "התווך הדמוקרטי". מאוחר יותר הפך את עורו ואימץ את האסלאם הרדיקלי. הוא הורשע ברצח אזרח אמריקאי בכווית בשנת 2002, ולאחר שישב בכלא כמה שנים שוחרר בשנת 2007 מן הכלא הכוויתי. לאחר מכן הוא הפך לאחד המפקדים הבכירים באל-קאעידה בחצי האי ערב. כמו כן, הוא ממונה על הפעילות של אל-קאעידה בשטח פלסטין נגד ישראל. כמו כן, הוא חיבר מסמך מפורט על אסטרטגיית הלחימה שעל הארגון לאמץ בפלסטין, לבנון, סוריה ועיראק. בין היתר מציע אל-מטירי להתחיל ב"מלחמת טילים" נגד ישראל משטח עזה כדי לגרום לחמאס לשבור את שתיקתו ולהתחיל להילחם נגד ישראל.
נג'ם אלברידאוי הוא בכיר בארגון
7 באוקטובר2004: סדרת פיגועים בסיני במלון הילטון בטאבה ובראס א-שטן ביום האחרון של חג סוכות, באמצעות שלוש מכוניות תופת (שאחת התפוצצה ללא נפגעים), שהכילו כל אחת 150 ק"ג חומר נפץ. באירוע נהרגו 34 בני אדם ובהם 12 ישראלים. דפוס פעולה דומה לפיגוע בבאלי. פיגוע בטריטוריה מוסלמית, נגד תיירים לא-מוסלמים, במטרה לגרשם מהאזור, ואכן מיד אחרי הפיגוע ישראליים רבים נהרו אל עבר מעברי הגבול, ונותרו בסיני תיירים ישראליים מועטים.[1]
9 בנובמבר2005: סדרת פיגועים משולבים ומתוזמנים שהתבצעו בשלושה בתי מלון בעמאן בירת בירדן. בפיגועים נהרגו כ-67 בני אדם וכ-200 נפצעו. שלושת הפיגועים התקיימו בהפרש של דקות ספורות זה מזה. שניים מהם בוצעו ככל הנראה על ידי מחבלים מתאבדים ושלישי באמצעות מכונית תופת.
19 באוגוסט2005: התקפת קטיושות משולבת על עקבה ואילת. בעקבה עגנו שתי ספינות אמריקאיות. הרקטות נורו מתוך מחסן בפרוורי עקבה, אחת הרקטות חלפה מעל ספינת קרב של הצי האמריקני ופגעה במחסן סמוך. כתוצאה מכך נהרג חייל ירדני ואחר נפצע. שתי קטיושות נוספות נורו לאותו כיוון - אחת נחתה ליד בית חולים בעקבה, והשנייה - סמוך לנמל התעופה של אילת. נהג מונית ישראלי נפצע קל מאוד באירוע.[3]
11 בספטמבר2009: הארגון לקח אחריות לירי שתים או שלוש רקטות 122 מ"מ מאזור העיירה קלילה, שבגזרה המערבית של דרום לבנון לעבר הגליל המערבי ונהריה. הרקטות נפלו בשטחים פתוחים. לא היו נפגעים ולא נגרם נזק.[4]
27 באוקטובר2009: נורתה לעבר ישראל רקטה, ככל הנראה 107 מ"מ, מהכפר השיעי חולא, בגזרה המרכזית של דרום לבנון. הנפילה זוהתה בשטח פתוח סמוך לאחד היישובים באצבע הגליל. לא היו נפגעים אולם הפיצוץ גרם לשריפה של צמחייה. בבוקר שלמחרת הירי, איתרו הכוחות הסורקים את האזור ארבע רקטות נוספות מוכנות לשיגור במיקום ממנו שוגרה הרקטה. בפורום הג'יהאד העולמי פורסמה נטילת אחריות להצבתן של חמש רקטות בסביבות כפר חולא.
28 ביולי2010: מחבל מתאבד תקף את מכלית הענק היפנית אם סטאר ליד מצרי הורמוז. המכלית, נשאה שני מיליון חביות נפט, נפגעה מסיבה לא ברורה בעת שהייתה ביציאה מהמפרץ הפרסי בדרך לטוקיו. לא נרשמה דליפת נפט, אולם למכלית הענק נגרם נזק ואחד מ-31 אנשי הצוות שלה נפצע באורח קל מאוד. על פי הודעת הארגון ביצעה את הפיגוע שלוחת הארגון בחצי האי ערב המכנה עצמה "פלוגות יוסף אלעיירי". את הפיגוע ביצע מחבל מתאבד בשם איוב אלטישאן, שנעזר בפעילים נוספים מהארגון. להודעה צורפה תמונה של המחבל, שבה הוא נראה לבוש בגלימה מסורתית לבנה ובכיסוי ראש כשהוא מצביע על צילום של המכלית במחשב נייד.[5]