![cover image](https://wikiwandv2-19431.kxcdn.com/_next/image?url=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cd/Alignment_of_thioredoxins2.png/640px-Alignment_of_thioredoxins2.png&w=640&q=50)
Aliñamento estrutural
From Wikipedia, the free encyclopedia
Un aliñamento estrutural é un tipo de aliñamento de secuencias baseado na comparación da forma de moléculas. Estes aliñamentos intentan establecer equivalencias entre dúas ou máis estruturas de polímeros baseándose na súa forma e conformación tridimensional. O proceso aplícase normalmente ás estruturas terciarias das proteínas, mais tamén pode usarse para longas moléculas de ARN. A diferenza da simple superposición estrutural, onde polo menos se coñecen algúns residuos equivalentes das dúas estruturas, o aliñamento estrutural non require un coñecemento previo de posicións equivalentes. É unha valiosa ferramenta para a comparación de proteínas que teñen baixa similitude entre as súas secuencias, onde as relacións evolutivas entre proteínas non poden ser detectadas doadamente por técnicas estándares de aliñamento de secuencias. Por tanto, o aliñamento estrutural pode utilizarse para suxerir relacións evolutivas entre proteínas que comparten unha secuencia común moi curta. Porén, o uso dos resultados como evidencia dun antepasado evolutivo común debe realizarse con precaución dados os posibles efectos de confusión coa evolución converxente, segundo a cal múltiples secuencias de aminoácidos sen relación filoxenética entre eles converxen dando unha mesma estrutura terciaria.
![Thumb image](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cd/Alignment_of_thioredoxins2.png/320px-Alignment_of_thioredoxins2.png)
Os aliñamentos estruturais poden comparar dúas ou múltiples secuencias. Como estes aliñamentos dependen da información sobre todas as conformacións tridimensionais das secuencias problema, o método só pode utilizarse para secuencias onde estas estruturas sexan coñecidas. Estas encóntranse normalmente por cristalografía de raios X ou espectroscopia de resonancia magnética nuclear. É posible realizar un aliñamento estrutural de estruturas producidas mediante métodos de predición de estrutura. Para a avaliación de tales predicións cómpre a miúdo facer un aliñamento estrutural entre o modelo e a estrutura real coñecida para avaliar a calidade do modelo. Os aliñamentos estruturais son especialmente útiles para analizar datos xurdidos dos campos da xenómica estrutural e a proteómica, e poden usarse como puntos de comparación para avaliar aliñamentos xerados por métodos bioinformáticos baseados exclusivamente en secuencias.[1]
O resultado dun aliñamento estrutural é unha superposición dos conxuntos de coordenadas atómicas, e unha distancia media cadrática mínima (ou RMSD, de Root Mean Square Deviation, ou desviación da media cadrática) entre as estruturas básicas das proteínas superpostas. A RMSD de estruturas aliñadas indica as diverxencias entre elas. O aliñamento estrutural pode complicarse pola existencia de múltiples dominios proteicos no interior dunha ou máis das estruturas de entrada (input), xa que cambios na orientación relativa dos dominios entre dúas estruturas a aliñar poden esaxerar a RMSD artificialmente.