Yves-Marie Bercé s'est notamment fait connaître par ses travaux sur les révoltes et les mentalités populaires de l'époque moderne[7].
Il est l'auteur de deux ouvrages consacrés aux croquants[8]. Dans Croquants et nu-pieds[9], paru en , il développe le fort antagonisme entre les «bonnes villes» et le «plat pays», à savoir entre bourgeois et monde paysan dans la France du XVIeauXIXesiècle
Troubles frumentaires et pouvoir centralisateur: l’émeute de Fermo dans les Marches (1648), extrait des Mélanges d’archéologie et d’histoire publiés par l’École française de Rome, année – 2, Paris, , II, 782.
Croquants et Nu-pieds: les soulèvements paysans en France du XVIIeauXIXesiècle, Gallimard (coll. Archives), Julliard, .
Histoire des Croquants: étude des soulèvements populaires au XVIIesiècle dans le Sud-Ouest de la France, Droz (coll. Mémoires et documents publiés par la Société de l'École des chartes), Genève/Paris, .
Fête et révolte: des mentalités populaires du XVIeauXVIIIesiècle, Hachette (coll. Le Temps et les hommes), Paris, .
La Vie quotidienne dans l'Aquitaine du XVIIesiècle, Hachette (coll. La Vie quotidienne), Paris, .
Le Chaudron et la lancette: croyances populaires et médecine préventive, 1798-1830, Presses de la Renaissance (coll. Histoire des hommes), Paris, .
Le XVIIesiècle: de la Contre-Réforme aux Lumières, Hachette (coll. Collection Hachette université. Initiation à l'histoire), Paris, .
Le Roi caché: sauveurs et imposteurs: mythes politiques populaires dans l'Europe moderne, Paris, Fayard, coll.«Nouvelles études historiques», , 483p. (ISBN2-213-01972-X).
La Naissance dramatique de l'absolutisme, Le Seuil (coll. Points Histoire), Paris, .
Complots et conjurations dans l'Europe moderne. Actes du colloque de Rome (-), École française de Rome, Rome, 1.
Les Monarchies espagnole et française du milieu du XVIesiècle à 171, collectif, CNED, Poitiers et SEDES, Paris (coll. CNED-SEDES concours), .
À la découverte des trésors cachés: du XVIesiècle à nos jours, Perrin (coll. Pour l'histoire), Paris, .
La sommossa di Fermo del 1648, Fermo, (traduction italienne de la publication de , accompagnée de la transcription des manuscrits anciens).
Les procès politiques (XIVe – XVIIesiècle), École française de Rome, Rome, 2.
Histoire du plus grand pèlerinage des Temps Modernes. Lorette aux XVIeetXVIIesiècles. Presses de la Sorbonne, Paris .
Révoltes et révolutions dans l'Europe moderne, CNRS éditions, édition revue et complétée Paris, .
La Dernière Chance. Histoire des suppliques, Paris, , Perrin.
Préface à: Esprit Fléchier, Mémoires sur les grands-jours d'Auvergne: , Mercure de France,
Esprits et démons: Histoire des phénomènes d’hystérie collective, Librairie Vuibert, .
Violences et répression dans la France moderne, CNRS éditions, .
Les secrets du vin, La Librairie Vuibert, 2018, 352 p.
La violence au village: XVIe – XIXesiècle, Passés Composés, 2022, 384 p.
Robert Bonnaud, Histoire et historiens depuis 68: le triomphe et les impasses, Paris, Kimé, coll.«Le Sens de l'histoire», , 123p. (ISBN2-84174-078-1), p.10.
Robert Muchembled (coll. "Le Temps et les Hommes", dirigée par Jean Delumeau), «Yves-Marie Bercé, Fête et Révolte. Des mentalités populaires du XVIeauXVIIIesiècle», Revue du Nord, vol.59, no234, , p.434-435 (lire en ligne, consulté le ).
Marcel Delafosse (collection «Archives» n° 55), «Bercé (Yves-Marie), Croquants et nu-pieds. Les soulèvements paysans en France du XVIeauXIXesiècle», La Gazette des archives, no87, , p.284-285 (lire en ligne, consulté le ).
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