Variant Bêta du SARS-CoV-2

Le variant Bêta^[2] du SARS-CoV-2, aussi appelé variant 501.V2 ou B.1.351 et surnommé « variant sud-africain », est un variant considéré comme hautement transmissible du SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Ce variant a été détecté en Afrique du Sud et son existence rendue publique par le département de la Santé (en) de ce pays le 18 décembre 2020^[3]. Il a par la suite été observé également en Europe, dont le Royaume-Uni^[4]^,^[5] et la France^[6].

On a observé que la prévalence de ce variant est plus élevée chez les personnes jeunes sans comorbidité et qu'elle conduit chez ces patients à des formes plus graves de la maladie que les autres variants^[7]^,^[8]. Le ministère de la Santé d'Afrique du Sud indique également que ce variant pourrait être responsable de la seconde vague de la pandémie de Covid-19 dans ce pays en raison de sa plus grande vitesse de diffusion^[3]^,^[7].

Ce variant contient plusieurs mutations qui lui permettent de se lier plus facilement aux cellules humaines, notamment en raison des trois mutations suivantes^[9] du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour receptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : une mutation N501Y^[10] (un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501), une mutation K417N^[11] (un résidu de lysine est remplacé par une asparagine en position 417) et une mutation faux sens E484K^[11] (un résidu de glutamate est remplacé par une lysine en position 484).

La mutation N501Y est également présente dans le variant variant Alpha observé fin 2020 au Royaume-Uni^[9]^,^[12]^,^[13].

Le variant Bêta possède aussi la mutation E484K, également présente chez le variant Gamma, et sans doute liée avec un échappement immunitaire^[14].

Le variant Bêta a plus muté que le variant Alpha, ce qui le rend plus inquiétant.^{[réf. nécessaire]}

Le variant sud-africain serait une souche plus contagieuse du SARS-CoV-2, ce qui le rendrait plus difficile à contrôler et pourrait causer, arithmétiquement, plus d'hospitalisations et de décès. Le variant sud-africain 501.V2 semblerait être plus contagieux que le variant anglais VOC-202012/01, ce dernier étant déjà entre 50 % et 70 % plus contagieux que la souche commune^[15]. Cette contagiosité supérieure serait due principalement à la mutation N501Y, mais aussi aux mutations K417N et E484K, présentes sur la protéine Spike.

L'inquiétude quant à la résistance au vaccin du variant 501.V2 est plus grande que pour le VOC-202012/01, qui a été confirmé sensible aux vaccins occidentaux, notamment à ARN. La modification de la protéine S détectée par le système immunitaire est problématique. Il existe en effet, selon le professeur John Bell de l'université d'Oxford, une grande inconnue quant à l'efficacité des vaccins, qui, a minima, pourrait être réduite^[15]. Des analyses de plasma de personnes précédemment infectées avaient montré que le virus déjouait l'immunité en étant « moins bien neutralisé » par les lymphocytes^[16]. On note également le cas en octobre 2020 d'une Brésilienne réinfectée par un variant porteur de la E484K, qui avait alors eu une forme plus sévère. Pfizer et Moderna ont assuré que leur vaccin neutralisait un virus porteur de la mutation N501Y, mais aucune étude n'a été faite pour la E484K^[17]. Ce variant augmenterait également le risque de réinfection.

Les scientifiques s'inquiètent de l'éventuelle accumulation de mutations dans le futur, réduisant progressivement l'efficacité des vaccins et nécessitant leur reformulation, même si à l'heure actuelle, une moitié d'entre eux reste optimiste concernant 501.V2, alors que l'autre est dubitative^[18].

Une étude provenant du Qatar publiée le 5 mai 2021 dans la revue The New Journal of Medecine portant sur 37 674 participants a démontré l'efficacité du vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) sur les variants B.1.1.7 (anglais) et B.1.351 (sud-africain). Pour un intervalle de confiance de 95%, l'étude indique que pour un minimum de 14 jours après la seconde dose, l'efficacité était de 89,5% contre les contaminations repérées par test PCR (symptomatiques ou non) pour le variant anglais contre 75% pour le variant sud africain. Le vaccin a été efficace à 100% contre les formes graves et mortelles pour les deux variants. L'étude suggère donc une réduction de l'efficacité du vaccin contre le variant sud-africain sur les formes légères et modérées qui ne remet cependant pas en question l'efficacité contre les formes graves et mortelles sur l'échantillon de population étudiée^[19]^,^[20].

Ce variant accumule un nombre de mutations plus important que d'habitude. Les mutations pourraient être apparues chez un sujet immunodéprimé, ayant de moins bonnes défenses et favorisant la multiplication du virus. D'autant que l'Afrique du Sud a un taux de prévalence au SIDA de plus de 20 % (pour les personnes âgées de 15 à 49 ans), particulièrement dans l'Est du pays^[15].

Lors d'un test RT-PCR, le variant Bêta peut être distingué notamment par la mutation E484K, également présente chez le variant Gamma^[14].

Davantage d’informations Cas par pays (mis à jour le 4 août 2021) GISAID, De campagne ...

Cas par pays (mis à jour le 4 août 2021) GISAID^[21]
De campagne	Cas confirmés	Date de collecte
Algérie	2	25 avril 2021
Angola	401	22 avril 2021
Anguilla	2	4 juin 2021
Argentine	35	24 avril 2021
Arménie	1	25 juin 2021
Aruba	4	10 avril 2021
Auckland	3	30 janvier 2021
Australie	73	28 juin 2021
Autriche	260	8 juin 2021
Azerbaïdjan	1	6 février 2021
Bahreïn	1	9 avril 2021
Bangladesh	56	16 juin 2021
Belgique	1 075	14 juin 2021
Bhoutan	1	9 avril 2021
Bosnie-Herzégovine	1	11 février 2021
Botswana	342	27 juin 2021
Brésil	6	5 avril 2021
Brunei	1	20 janvier 2021
Bulgarie	2	9 juin 2021
Burkina Faso	2	30 mai 2021
Burundi	2	14 mai 2021
Cambodge	1	31 mai 2021
Cameroun	9	1er mars 2021
Canada	860	21 juin 2021
République centrafricaine	2	29 avril 2021
Chili	4	22 mai 2021
Chine	89	4 juin 2021
Colombie	1	13 avril 2021
Costa Rica	12	4 mai 2021
Côte d'Ivoire	1	6 mars 2021
Croatie	41
République tchèque	71	10 juin 2021
DR Congo	30	20 avril 2021
Danemark	121	29 juin 2021
Djibouti	22	9 avril 2021
République dominicaine	2	21 mai 2021
Guinée équatoriale	43	1 avril 2021
Estonie	37	23 avril 2021
Eswatini	26	23 mars 2021
Îles Falkland	1	2 mars 2021
Îles Féroé	1	6 mai 2021
Finlande	1,123	21 mai 2021
France	2,149	23 juin 2021
Guyane française	2	7 avril 2021
Gabon	4	21 février 2021
Géorgie	1	23 mai 2021
Allemagne	2 231	19 juin 2021
Ghana	17	8 avril 2021
Gibraltar	1	14 mai 2021
Grenade	2	24 février 2021
Grèce	19	29 avril 2021
Guadeloupe	4	25 mai 2021
Guam	3	28 avril 2021
Guinée-Bissau	1	1 février 2021
Haiti	40	16 janvier 2021
Honduras	2	7 mars 2021
Inde	208	14 juin 2021
Indonésie	10	2 juin 2021
Iran	2	3 avril 2021
Irak	1	26 février 2021
Irlande	69	19 avril 2021
Israël	240	28 mai 2021
Italie	69	1 juin 2021
Jamaïque	1	7 juin 2021
Japon	89	13 juin 2021
Jordanie	2	18 avril 2021
Kansas	22	26 mars 2021
Kenya	178	31 mai 2021
Koweït	1	21 juin 2021
Kosovo	2	6 juillet 2021
Lettonie	9	13 mai 2021
Lesotho	14	18 janvier 2021
Libéria	2	10 juillet 2021
Lituanie	11	9 avril 2021
Luxembourg	744	22 mai 2021
Malawi	312	16 avril 2021
Malaisie	161	10 juin 2021
Malte	3	1 juin 2021
Manila	18	7 juillet 2021
Martinique	2	28 avril 2021
Mauritanie	2	5 juin 2021
Maurice	7	12 mars 2021
Mayotte	32	31 janvier 2021
Mexique	20	16 mai 2021
Mozambique	328	22 avril 2021
Namibie	9
Pays-Bas	693	27 mai 2021
Nouvelle-Zélande	31	25 juin 2021
Macédoine du Nord	1	10 mars 2021
Îles Mariannes du Nord	1	27 avril 2021
Norvège	362	11 juin 2021
Pakistan	35	5 juin 2021
Panama	2	12 janvier 2021
Philippines	1.213	8 avril 2021
Pologne	45	7 juin 2021
Portugal	99	2 juin 2021
Qatar	650	18 mai 2021
La Réunion	400	19 juin 2021
Roumanie	7	26 mai 2021
Russie	23	12 juin 2021
Rwanda	39	15 juin 2021
Arabie saoudite	3	15 avril 2021
Saint-Christophe-et-Niévès	1	28 février 2021
Les Seychelles	2	14 mars 2021
Singapour	100	25 juin 2021
Saint-Martin	1	24 mars 2021
Slovaquie	31	27 mai 2021
Slovénie	31	6 avril 2021
Somalie	1
Afrique du Sud	6 154	21 juin 2021
Corée du Sud	19	17 avril 2021
Soudan du Sud	3	24 avril 2021
Espagne	588	18 juin 2021
Sri Lanka	4	26 mars 2021
Surinam	5	31 mars 2021
Suède	2.322	17 juin 2021
Suisse	225	22 juin 2021
Taïwan	3	26 avril 2021
Thaïlande	40	25 mai 2021
Togo	2	5 février 2021
Trinité-et-Tobago	2	8 juin 2021
Tunisie	1	24 avril 2021
Turquie	912	24 mai 2021
Ouganda	13	2 avril 2021
Émirats Arabes Unis	6	27 avril 2021
Royaume-Uni	812	24 juin 2021
États-Unis	2 454	28 juin 2021
Venezuela	1	6 janvier 2021
Wallis et Futuna	1	22 février 2021
Zambie	161	28 avril 2021
Zimbabwe	331	26 février 2021
Monde (131 pays)	Total : 28 537	Total au 4 août 2021

Fermer

[1]
« GISAID - hCov19 Variants », sur gisaid.org (consulté le 21 juillet 2021).
[2]
« Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, 1^er juin 2021.
[3]
(en) Sheri Fink, « South Africa announces a new coronavirus variant. », sur nytimes.com, The New York Times, 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[4]
(en) Sarah Newey, Tom Collins et Will Brown, « Two cases of 'highly concerning' South Africa virus variant detected in UK », sur telegraph.co.uk, The Daily Telegraph, 23 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[5]
(en) Clive Cookson, David Pilling et Joseph Cotterill, « Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain », sur ft.com, Financial Times, 23 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[6]
Audrey Le Guellec, « Les variants du coronavirus progressent en France : à partir de quand faut-il s'inquiéter ? », sur LCI, 12 février 2021.
[7]
(en) Lesley Wroughton et Max Bearak, « South Africa’s second coronavirus wave is fueled by a new strain, teen ‘rage festivals’ », sur washingtonpost.com, The Washington Post, 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[8]
(en) Zwelini Mkhize, « Update on Covid-19 (18th December 2020) », sur sacoronavirus.co.za, ministère de la Santé d'Afrique du Sud (en), 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[9]
(en) Derek Lowe, « The New Mutations », sur blogs.sciencemag.org, Science, 22 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020) : « I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. You’ll note the N501Y is also in the UK strain, but the E484K is one that people are particularly watching, because that’s in a region that a number of antibodies seem to recognize. ».
[10]
(en) Salim S. Abdool Karim, « The 2^nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant », sur scribd.com, Scribd, 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[11]
(en) « Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. » [PDF], sur who.int, Organisation mondiale de la santé, 22 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[12]
(en) « Novel mutation combination in spike receptor binding site »^{(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)}, sur gisaid.org, GISAID, 21 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[13]
(en) « Implications of the Emerging SARS-CoV-2 Variant VOC 202012/01 »^{(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)}, sur cdc.gov, CDC, 22 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).
[14]
« Le point sur les variants du Coronavirus Covid19 », sur cerballiance.fr (consulté le 19 décembre 2021).
[15]
« Covid-19 : le variant sud-africain plus "toxique" que le britannique ? », sur LCI (consulté le 14 janvier 2021).
[16]
« Covid-19 : ces nouvelles mutations qui inquiètent les scientifiques », sur franceinter.fr, 14 janvier 2021 (consulté le 14 janvier 2021).
[17]
RMC, « Nom de code: « E484K »: pourquoi la mutation du Covid-19 pose question pour les vaccins », sur RMC (consulté le 14 janvier 2021).
[18]
« Sur les traces du variant sud-africain qui pourrait remettre en cause l'efficacité du vaccin », sur msn.com (consulté le 17 janvier 2021).
[19]
Laith J. Abu-Raddad, Hiam Chemaitelly et Adeel A. Butt, « Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants », New England Journal of Medicine, vol. 0, n^o 0,‎ 5 mai 2021, null (ISSN 0028-4793, DOI 10.1056/NEJMc2104974, lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)
[20]
(en) Ewen Callaway, « Pfizer COVID vaccine protects against worrying coronavirus variants », Nature,‎ 6 mai 2021 (DOI 10.1038/d41586-021-01222-5, lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)
[21]
« GISAID - hCov19 Variants », sur gisaid.org (consulté le 21 juillet 2021).

Articles connexes

Virologie
Pandémie de Covid-19
Maladie à coronavirus 2019
Coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (espèce)
SARS-CoV (coronavirus du SRAS)
Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient
Enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), porte d'entrée du virus
Test diagnostique du SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 chez les animaux non humains
Variants du SARS-CoV-2

[1] [1]
« GISAID - hCov19 Variants », sur gisaid.org (consulté le 21 juillet 2021).

[2] [2]
« Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, 1^er juin 2021.

[NYT-3] [3]
(en) Sheri Fink, « South Africa announces a new coronavirus variant. », sur nytimes.com, The New York Times, 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[DT-4] [4]
(en) Sarah Newey, Tom Collins et Will Brown, « Two cases of 'highly concerning' South Africa virus variant detected in UK », sur telegraph.co.uk, The Daily Telegraph, 23 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[FT-5] [5]
(en) Clive Cookson, David Pilling et Joseph Cotterill, « Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain », sur ft.com, Financial Times, 23 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[6] [6]
Audrey Le Guellec, « Les variants du coronavirus progressent en France : à partir de quand faut-il s'inquiéter ? », sur LCI, 12 février 2021.

[TWP-7] [7]
(en) Lesley Wroughton et Max Bearak, « South Africa’s second coronavirus wave is fueled by a new strain, teen ‘rage festivals’ », sur washingtonpost.com, The Washington Post, 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[8] [8]
(en) Zwelini Mkhize, « Update on Covid-19 (18th December 2020) », sur sacoronavirus.co.za, ministère de la Santé d'Afrique du Sud (en), 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[Pipeline-9] [9]
(en) Derek Lowe, « The New Mutations », sur blogs.sciencemag.org, Science, 22 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020) : « I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. You’ll note the N501Y is also in the UK strain, but the E484K is one that people are particularly watching, because that’s in a region that a number of antibodies seem to recognize. ».

[10] [10]
(en) Salim S. Abdool Karim, « The 2^nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant », sur scribd.com, Scribd, 18 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[WHO-11] [11]
(en) « Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. » [PDF], sur who.int, Organisation mondiale de la santé, 22 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[GISAID-12] [12]
(en) « Novel mutation combination in spike receptor binding site »^{(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)}, sur gisaid.org, GISAID, 21 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[CDC-13] [13]
(en) « Implications of the Emerging SARS-CoV-2 Variant VOC 202012/01 »^{(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)}, sur cdc.gov, CDC, 22 décembre 2020 (consulté le 24 décembre 2020).

[cerballiance-14] [14]
« Le point sur les variants du Coronavirus Covid19 », sur cerballiance.fr (consulté le 19 décembre 2021).

[:0-15] [15]
« Covid-19 : le variant sud-africain plus "toxique" que le britannique ? », sur LCI (consulté le 14 janvier 2021).

[16] [16]
« Covid-19 : ces nouvelles mutations qui inquiètent les scientifiques », sur franceinter.fr, 14 janvier 2021 (consulté le 14 janvier 2021).

[17] [17]
RMC, « Nom de code: « E484K »: pourquoi la mutation du Covid-19 pose question pour les vaccins », sur RMC (consulté le 14 janvier 2021).

[18] [18]
« Sur les traces du variant sud-africain qui pourrait remettre en cause l'efficacité du vaccin », sur msn.com (consulté le 17 janvier 2021).

[19] [19]
Laith J. Abu-Raddad, Hiam Chemaitelly et Adeel A. Butt, « Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants », New England Journal of Medicine, vol. 0, n^o 0,‎ 5 mai 2021, null (ISSN 0028-4793, DOI 10.1056/NEJMc2104974, lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)

[20] [20]
(en) Ewen Callaway, « Pfizer COVID vaccine protects against worrying coronavirus variants », Nature,‎ 6 mai 2021 (DOI 10.1038/d41586-021-01222-5, lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)

[CovLineages1Jul-21] [21]
« GISAID - hCov19 Variants », sur gisaid.org (consulté le 21 juillet 2021).

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[1]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

Articles connexes

Wikiwand in your browser!

Variant Bêta du SARS-CoV-2

Articles connexes

Wikiwand in your browser!

Mutations

Contagiosité

Résistance aux vaccins

Origine

Détection

Statistiques

Notes et références

Voir aussi