base de données d'annotations structurales et fonctionnelles pour toutes les protéines et tous les génomes De Wikipédia, l'encyclopédie libre
SUPERFAMILY est une base de donnéesbioinformatique pour les propriétés structurelles et fonctionnelles pour les protéines et les génomes[1],[2],[3],[4],[5],[6],[7]. Elle classifie les séquences d'acides aminés en fonction de domaines structurels connus, en les rangeant notamment dans les superfamillesSCOP[8],[9]. Une superfamille est un groupe de protéines qui partagent un ensemble d'éléments appuyant l'idée d'une évolution à partir d'un ancêtre commun sans pour autant présenter nécessairement d'homologie séquentielle détectable[10].
(en) Derek Wilson, Ralph Pethica, Yiduo Zhou, Charles Talbot, Christine Vogel, Martin Madera, Cyrus Chothia et Julian Gough, «SUPERFAMILY—sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny», Nucleic Acids Research, vol.37, noSupplement 1, , D380-D386 (PMID19036790, PMCID2686452, DOI10.1093/nar/gkn762, lire en ligne)
(en) Martin Madera, Christine Vogel, Sarah K. Kummerfeld, Cyrus Chothia et Julian Gough, «The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements», Nucleic Acids Research, vol.32, noSupplement 1, , D235-D239 (PMID14681402, PMCID308851, DOI10.1093/nar/gkh117, lire en ligne)
(en) Derek Wilson, Martin Madera, Christine Vogel, Cyrus Chothia et Julian Gough, «The SUPERFAMILY database in 2007: families and functions», Nucleic Acids Research, vol.35, noSupplement 1, , D308-D313 (PMID17098927, PMCID1669749, DOI10.1093/nar/gkl910, lire en ligne)
(en) Julian Gough et Cyrus Chothia, «SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments», Nucleic Acids Research, vol.30, no1, , p.268-272 (PMID11752312, PMCID99153, DOI10.1093/nar/30.1.268, lire en ligne)
(en) David A. de Lima Morais, Hai Fang, Owen J. L. Rackham, Derek Wilson, Ralph Pethica, Cyrus Chothia et Julian Gough, «SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method», Nucleic Acids Research, vol.39, noSupplement 1, , D427-D434 (PMID21062816, PMCID3013712, DOI10.1093/nar/gkq1130, lire en ligne)
(en) Matt E. Oates, Jonathan Stahlhacke, Dimitrios V. Vavoulis, Ben Smithers, Owen J.L. Rackham, Adam J. Sardar, Jan Zaucha, Natalie Thurlby, Hai Fang et Julian Gough, «The SUPERFAMILY 1.75 database in 2014: a doubling of data», Nucleic Acids Research, vol.43, noD1, , D227-D233 (PMID25414345, PMCID4383889, DOI10.1093/nar/gku1041, lire en ligne)
(en) Tim J. P. Hubbard, Bart Ailey, Steven E. Brenner, Alexey G. Murzin et Cyrus Chothia, «SCOP: a Structural Classification of Proteins database», Nucleic Acids Research, vol.27, no1, , p.254-256 (PMID9847194, PMCID148149, DOI10.1093/nar/27.1.254, lire en ligne)
(en) Antonina Andreeva, Dave Howorth, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, Cyrus Chothia et Alexey G. Murzin, «SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data», Nucleic Acids Research, vol.32, noSupplement 1, , D226-D229 (PMID14681400, PMCID308773, DOI10.1093/nar/gkh039, lire en ligne)