L'ensemble des bâtiments, à l'exception des parties classées, fait l'objet d'une inscription au titre des monuments historiques depuis le [1].
Le nymphée, les chapelles (Grande, Notre-Dame et de la Solitude, oratoire inclus), le bassin XVIIesiècle, le passage souterrain sous la rue Minard et l'édicule Saint-Joseph, font l'objet d'un classement au titre des monuments historiques depuis le .
Le séminaire a été construit sur l'emplacement d'un château que Marguerite de Valois acheta en 1609[2] et où elle séjourna à la fin de sa vie. Elle y fit bâtir le nymphée entre 1609 et 1615[2]. La propriété passa ensuite à Antoine de Sève, aumônier du roi, prieur de Champdieu et d'Ulnon, et ami de Jean-Jacques Olier (fondateur des sulpiciens), lequel y fit des séjours à partir de 1640.
En 1655, Alexandre Le Ragois de Bretonvilliers (successeur d'Olier comme curé de Saint-Sulpice en 1653 puis comme supérieur général de la Compagnie de Saint-Sulpice en 1657) achète le domaine à Antoine de Sève et en ouvre les portes aux Sulpiciens désireux de venir s'y reposer. À sa mort en 1676, il lègue la propriété à la Compagnie de Saint-Sulpice sous deux conditions: il demande que ce lieu serve aux vacances, mais aussi aux études des futurs Sulpiciens. Sous son successeur Louis Tronson, l'endroit abrita notamment les «entretiens d'Issy» (1694-1695), réunissant Bossuet, Fénelon, le cardinal de Noailles pour examiner les écrits de Madame Guyon. Jusqu'au XIXe siècle, les personnages célèbres s'y succèdent: le cardinal de Fleury, Talleyrand, sans oublier Ernest Renan qui laissa quelques témoignages au sujet du séminaire qu'il quitta cependant[3].
Les démolitions dues à la Révolution puis à la Commune ont amené de nombreux travaux de réhabilitation et de construction, notamment une somptueuse chapelle imitée de celle de Versailles[4]. Les constructions nouvelles ont été faites avec des pierres provenant de la roche des carrières de Fleury à Clamart[5].
Ce vaste domaine est le seul grand domaine de l'Ancien Régime qui ait survécu jusqu'à nos jours dans toute son étendue. Le jardin, les façades et la toiture ont récemment été restaurés, ce qui accentue le caractère majestueux du lieu[6].
Dans la crypte de la Grande chapelle ont été transportés et reconstitués: le mur du chemin de ronde de la prison de la Roquette devant lequel ont été fusillés par la Commune de Paris les otages, le ; les cellules, avec leur ameublement, occupées par l'archevêque MgrGeorges Darboy et le séminariste Paul Seigneret avant leur exécution[4].
Dans le nymphée, une inscription rappelle que c'est en cet endroit qu'eurent lieu les conférences-débats entre Fénelon et Bossuet en 1695.
le nymphée d'inspiration italienne édifié entre 1609 et 1615,
le bassin circulaire du XVIIesiècle;
d'éléments plus récents:
le bâtiment principal du séminaire reconstruit après 1871,
la chapelle Notre-Dame-de-Toutes-Grâces construite par des séminaristes en 1808,
la grande chapelle construite entre 1898 et 1901 par l'architecte diocésain Édouard Bérard (vitraux dus à Félix Gaudin et Léon Tournel),
le bâtiment de Lorette construit en 1930, situé dans le parc et accessible par le tunnel, et qui contient la chapelle Notre-Dame-de-Lorette (à l'origine du XVIIesiècle, mais reconstituée après sa destruction en 1871),
les bâtiments de la Solitude (dont une chapelle néo-gothique) réalisés en 1842.
Vénérable Matthieu Henri Planchat, prêtre, religieux fusillé pendant la Commune, séminaire Saint-Sulpice 1850
Témoins de la foi
Amédée Benoît, mort au Vietnam en 1954, déclaré témoin de la foi le , séminaire Saint-Sulpice 1932[12]
Autres personnages illustres
Ci-après, les personnages connus non élevés sur les autels: les scientifiques, les hommes de lettres, les fondateurs, les résistants et quelques évêques.
Henri Breuil (1877-1961), prêtre, préhistorien connu sous le nom de l'«abbé Breuil» et surnommé Le pape de la Préhistoire[13], séminaire Saint-Sulpice 1895.
Personnes de lettres
Marie-Félicité Brosset, laïc, orientaliste français, spécialiste des études géorgiennes et arméniennes;
P. Henri Lacordaire, prêtre, prédicateur, journaliste et homme politique, rétablit l’Ordre dominicain en France, séminaire Saint-Sulpice 1824;
MgrFélix Dupanloup, évêque d’Orléans, éducateur théologien enseignant, journaliste, membre de l'Académie française, séminaire Saint-Sulpice 1825;
Cardinal Louis-Edouard Pie, évêque de Poitiers, chef de file des ultramontains, séminaire Saint-Sulpice de 1835 à 1839;
Émile Shoufani, archimandrite de l'Église grecque-catholique melkite de la Terre sainte, théologien et éducateur chrétien arabe, de nationalité israélienne, militant de la paix, séminaire St-Sulpice 1966.
François-Apolline comte de Guibert, Histoire de S. Jean-Baptiste de La Salle, ancien chanoine de l'église métropolitaine de Reims, fondateur de l'Institut des Frères des Écoles Chrétiennes, Ch. Poussielgue, (lire en ligne).
Josseline Bournazel-Lorblanchet, L'Abbé Amédée Lemozi: Prêtre et préhistorien(1882 - 1970), Liège, Université de Liège, coll.«Études et Recherches Archéologiques de l'Université de Liège», , 149p. (ISBN978-2-930495-11-8, présentation en ligne), p.117.