Rhizaria

Classification WoRMS
Clade	Diaphoretickes
Sous-règne	Harosa

Les Rhizaires aussi appelés Rhizariens^[1] (ou Rhizaria) sont un groupe d'organismes eucaryotes, le plus souvent unicellulaires. Ils peuvent vivre dans des eaux oligotrophes en s'associant symbiotiquement à des algues^[2].

Faits en bref Clade, Sous-règne ...

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Leur biomasse a longtemps été très sous-estimée, car ils sont si fragiles que le filet à plancton les détruit. Une méthodes d'échantillonnage non destructive (par caméra immergée) a permis en 2016 de réévaluer l'importance du super-groupe des Rhizaria : ces protistes représentent 33 % de l'abondance totale du plancton animal de grande taille à l'échelle de l'océan mondial et contribuent à 5 % de la biomasse marine globale^[3].

Les Rhizaires ont une morphologie amiboïde.

Parce qu'ils ont une forme amiboïde, ils ont été historiquement classés parmi les Amoebozoa.

Leur positionnement a été hésitant puisqu'on les a également présentés comme groupe frère des Excavata^[4] puis des Straménopiles^[5] (ou plus précisément les Halvaria).

Selon ce dernier point de vue il s'agit d'une division, non plus des Chromistes, mais du sous-règne des Harosa.

Selon World Register of Marine Species (21 juillet 2017)^[6] :

Embranchement des Cercozoa
Embranchement des Foraminifera
Embranchement des Radiozoa

Phylogénie

Rhizaria est un groupe monophylétique composé de deux embranchements frères : Cercozoa et Retaria. Par la suite, Cercozoa et Retaria sont également monophylétiques^[7]^,^[8]. Le cladogramme suivant décrit les relations évolutives entre toutes les classes rhizaires et est réalisé d'après les travaux de Cavalier-Smith et al. (2018)^[9], Irwin et al. (2019)^[10] et Sierra et al. (2022)^[11] :

Rhizaria

Cercozoa

Filosa

Monadofilosa

	Imbricatea

	Thecofilosea

Sarcomonadea

Helkesea

Metromonadea

Reticulofilosa

	Granofilosea

	Chlorarachnea

Endomyxa

	Phytomyxea

	Gromiidea

Lapot gusevi

Retaria

Foraminifera

	Globothalamea

	"Monothalamea"

Tubothalamea

"Monothalamea"

Polycystinea

	Acantharea

	Sticholonchea

Halvaria

	Heterokonta

	Alveolata

Cercomonas sp. (Cercozoa : Cercomonadida
Ebria sp. (Cercozoa : Ebridea)
Rhipidodendron sp. (Cercozoa : Spongomonadea)
Euglypha sp. (Cercozoa : Euglyphida)
Phaeodarians (Cercozoa : Phaeodarea)
Clathrulina elegans (Cercozoa: Granofilosea : Desmothoracida)
Chlorarachnion sp. (Cercozoa : (Chlorarachniophyta)
Vampyrella sp. (Cercozoa : Vampyrellidae)
Gromia (Cercozoa : Gromiidea)
Powdery scab (Cercozoa : Plasmodiophorida)
Foraminiferans (Retaria : Foraminifera)
Polycystines (Retaria : Radiolaria)
Acantharians (Retaria : Radiolaria)

[1]
« Rhizariens », p. 122 dans Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Paris, Belin, 2006, 3^e éd. (1^re éd. 2001), 559 p., 1 vol. + 1 livret des arbres de la classification phylogénétique (ISBN 2-7011-4273-3)
[2]
Science et vie - Juillet 2016. voir pp 26/27
[3]
(en) David A. Caron, « Ocean science: The rise of Rhizaria », Nature,‎ 20 avril 2016 (DOI 10.1038/nature17892)
[4]
Cavalier-Smith, T. 2002. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology. 52:297–354.
[5]
Burki, F., K. Shalchian-Tabrizi, M. Minge, A. Skaeveland, S. I. Nikolaev, K. S. Jakobsen, and J. Pawlowski. 2007. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups. PLoS ONE. 8:790-795. texte en ligne
[6]
World Register of Marine Species, consulté le 21 juillet 2017
[7]
Bass D, Chao EE, Nikolaev S et al., « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised », Protist, vol. 160, n^o 1,‎ février 2009, p. 75–109 (PMID 18952499, DOI 10.1016/j.protis.2008.07.002)
[8]
Howe et al., Novel Cultured Protists Identify Deep-branching Environmental DNA Clades of Cercozoa: New Genera Tremula, Micrometopion, Minimassisteria, Nudifila, Peregrinia, vol. 162, 2011, 332–372 p. (PMID 21295519, DOI 10.1016/j.protis.2010.10.002), chap. 2
[9]
Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria », Protoplasma, vol. 255,‎ avril 2018, p. 1517-1574 (PMID 29666938, PMCID 6133090, DOI 10.1007/s00709-018-1241-1)
[10]
(en) Nicholas A.T. Irwin, Denis V. Tikhonenkov, Elisabeth Hehenberger, Alexander P. Mylnikov, Fabien Burki et Patrick J. Keeling, « Phylogenomics supports the monophyly of the Cercozoa », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 130,‎ 1^er janvier 2019, p. 416–423 (ISSN 1055-7903, PMID 30318266, DOI 10.1016/j.ympev.2018.09.004, S2CID 52982396)
[11]
Sierra R, Mauffrey F, Cruz J, Holzmann M, Gooday AJ, Maurer-Alcalá X, Thakur R, Greco M, ((Weiner AKM)), Katz LA, Pawlowski J, « Taxon-rich transcriptomics supports higher-level phylogeny and major evolutionary trends in Foraminifera », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 174,‎ 2022, p. 107546 (ISSN 1055-7903, DOI 10.1016/j.ympev.2022.107546)

Article connexe : Rhizaria (classification phylogénétique).

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(en) Référence BioLib : Rhizaria Cavalier-Smith, 2002 (consulté le 21 juillet 2017)
(fr + en) Référence ITIS : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence NCBI : Rhizaria (taxons inclus) (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence Tree of Life Web Project : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence Paleobiology Database : Rhizaria (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Référence WoRMS : Rhizaria (+ liste embranchements + liste classes) (consulté le 21 juillet 2017)

[1] [1]
« Rhizariens », p. 122 dans Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Paris, Belin, 2006, 3^e éd. (1^re éd. 2001), 559 p., 1 vol. + 1 livret des arbres de la classification phylogénétique (ISBN 2-7011-4273-3)

[2] [2]
Science et vie - Juillet 2016. voir pp 26/27

[3] [3]
(en) David A. Caron, « Ocean science: The rise of Rhizaria », Nature,‎ 20 avril 2016 (DOI 10.1038/nature17892)

[4] [4]
Cavalier-Smith, T. 2002. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology. 52:297–354.

[5] [5]
Burki, F., K. Shalchian-Tabrizi, M. Minge, A. Skaeveland, S. I. Nikolaev, K. S. Jakobsen, and J. Pawlowski. 2007. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups. PLoS ONE. 8:790-795. texte en ligne

[WRMS21_juillet_2017-6] [6]
World Register of Marine Species, consulté le 21 juillet 2017

[pmid18952499-7] [7]
Bass D, Chao EE, Nikolaev S et al., « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised », Protist, vol. 160, n^o 1,‎ février 2009, p. 75–109 (PMID 18952499, DOI 10.1016/j.protis.2008.07.002)

[Howe-8] [8]
Howe et al., Novel Cultured Protists Identify Deep-branching Environmental DNA Clades of Cercozoa: New Genera Tremula, Micrometopion, Minimassisteria, Nudifila, Peregrinia, vol. 162, 2011, 332–372 p. (PMID 21295519, DOI 10.1016/j.protis.2010.10.002), chap. 2

[RhizariaPhylo2018-9] [9]
Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria », Protoplasma, vol. 255,‎ avril 2018, p. 1517-1574 (PMID 29666938, PMCID 6133090, DOI 10.1007/s00709-018-1241-1)

[MonoCercozoa-10] [10]
(en) Nicholas A.T. Irwin, Denis V. Tikhonenkov, Elisabeth Hehenberger, Alexander P. Mylnikov, Fabien Burki et Patrick J. Keeling, « Phylogenomics supports the monophyly of the Cercozoa », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 130,‎ 1^er janvier 2019, p. 416–423 (ISSN 1055-7903, PMID 30318266, DOI 10.1016/j.ympev.2018.09.004, S2CID 52982396)

[TaxonRichForams-11] [11]
Sierra R, Mauffrey F, Cruz J, Holzmann M, Gooday AJ, Maurer-Alcalá X, Thakur R, Greco M, ((Weiner AKM)), Katz LA, Pawlowski J, « Taxon-rich transcriptomics supports higher-level phylogeny and major evolutionary trends in Foraminifera », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 174,‎ 2022, p. 107546 (ISSN 1055-7903, DOI 10.1016/j.ympev.2022.107546)

[1]

[2]

[3]

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