Son domaine de recherche couvre l’histoire de la franc-maçonnerie tant dans son implication politique et sociale que dans sa dimension philosophique et spirituelle. Il a ainsi travaillé sur les liens entre franc-maçonnerie et pouvoir sous le Premier Empire[4] et la Troisième République. Spécialiste de l’histoire des rites maçonniques, il s’est aussi intéressé aussi aux différents aspects de l’iconographie symbolique (marques de métier, héraldique, emblèmes et phaléristique)[5].
De 1992 à 2022, il a été rédacteur en chef de la revue d’études maçonniques et symboliques Renaissance traditionnelle[6]
. Il participe aux Chroniques d’Histoire Maçonnique, est Editor-in-chief de la revue en ligne Ritual, Secrecy, and Civil Society et contribue à Franc-maçonnerie magazine. Par ailleurs, il est le biographe et l’expert du peintre français François-Jean Garneray (1755-1837), l’un des premiers élèves de Jacques-Louis David[7].
En 2018, il est nommé par le Ministre de la culture au sein du Haut Conseil des musées de France, pour un mandat de quatre années[8]. En 2022, son mandat a été renouvelé jusqu'en 2026[9].
Sur un autre plan, il est depuis de nombreuses années un adepte du poétique et maintenant imaginaire royaume d'Araucanie et de Patagonie. En avril 2023, à la suite d'une crise interne, il est nommé régent pour une année. Son action s’est notamment concentrée sur la relance des «Études araucaniennes», par exemple sur les relations entre «le Royaume» et les milieux littéraires, de Verlaine à André Breton[10]. Il a aussi institutionnalisé un «hommage à Antoine II», franc-maçon[11], «roi et communard!» (Antoine-Hippolyte Cros) à l’automne au cimetière Montparnasse. Il est aujourd'hui secrétaire perpétuel de l'Académie des Hautes Études Araucaniennes.
Pierre Mollier, Le Régulateur du Maçon (1785 - «1801»): La fixation des grades symboliques du Rite Français: histoire et documents, Paris, A l’Orient, , 300p. (ISBN2-912591-24-4)
Pierre Mollier, La chevalerie maçonnique: Franc-maçonnerie, imaginaire chevaleresque et légende templière au siècle des Lumières, Paris, Dervy, coll.«Renaissance Traditionnelle», , 230p. (ISBN978-2-84454-398-1)
Pierre Mollier, avec Pierre-François Pinaud et préface de Charles Napoléon, L’État-major maçonnique de Napoléon: Dictionnaire biographique des dirigeants du Grand Orient de France sous le Premier Empire, Orléans, A l’Orient, , 312p. (ISBN978-2-912591-60-9)
Pierre Mollier, avec Alain Bauer, Le Grand Orient de France, Paris, Presses universitaires de France, coll.««Que-sais-Je?»», , 212p. (ISBN978-2-13-058866-5)
Pierre Mollier, 18 Documents de l’Écossisme 1743-1844: Dossier rassemblé, Paris, AMHG - Suprême Conseil Grand Collège du Rite écossais ancien accepté GODF,
Pierre Mollier, préface de Jean-Pierre Lassalle, Curiosités Maçonniques: Énigmes, intrigues et secrets dans les archives des Loges, Paris, Éditions Jean-Cyrille Godefroy, , 192p. (ISBN978-28-655-3256-8)
Pierre Mollier, préface de Philippe Guglielmi, Les hauts grades du Rite Français: Histoire et textes fondateurs, Le Régulateur des Chevaliers Maçons, Paris, Éditions Dervy, coll.«Renaissance Traditionnelle», , 428p. (ISBN979-10-242-0223-5)
Pierre Mollier, Le Régulateur du Maçon: Les grades symboliques du Rite Français, histoire et textes fondateurs, Paris, Éditions Dervy, coll.«Renaissance Traditionnelle», , 250p. (ISBN979-10-242-0279-2)
Pierre Mollier, Le Rite des Antients en France: L'ancienne maçonnerie d'York à Saint Domingue (1790-1803), une source oubliée du Rite Écossais Ancien et Accepté, histoire et textes fondateurs, Paris, Éditions Dervy, coll.«Renaissance Traditionnelle», , 298p. (ISBN979-10-242-0547-2)
(en) Pierre Mollier, Masonic Myths and Legends, Washington, Westphalia Press, , 158p. (ISBN978-1637238288)
Direction d’ouvrages collectifs
Pierre Mollier, Protestantisme et Franc-maçonnerie: De la tolérance religieuse à la religion de la tolérance?, Paris, Éditions maçonniques de France,
Pierre Mollier, Les plus belles pages de la Franc-maçonnerie française, Paris, Dervy,
Pierre Mollier, Lyon, carrefour européen de la Franc-maçonnerie, Lyon, Mémoire active,
Pierre Mollier, Images du patrimoine maçonnique, Paris, Éditions maçonniques de France,
Pierre Mollier, La Franc-maçonnerie sous l’Empire un âge d’or?, Paris, Dervy,
Pierre Mollier, Un demi-siècle en l’honneur des Arts et Lettres, vol.La Phalère, Paris, Société d'histoire des ordres et décorations (SHOD) & comité d’histoire du ministère de la Culture, coll.«Actes du colloque pour le cinquantenaire de l'Ordre des Arts et Lettres», , 112p. (ISBN978-2-9515518-5-5)
Pierre Mollier, Corto Maltese et les secrets de l’initiation: Imaginaire et franc-maçonnerie à Venise autour d’Hugo Pratt, Paris, Musée de la franc-maçonnerie, , 52p. (ISBN978-2-9541099-0-9)
Pierre Mollier, Templiers et francs-maçons: De la légende à l'histoire, Paris, Musée de la franc-maçonnerie, , 52p. (ISBN978-2-9541099-6-1)
Pierre Mollier, La franc-maçonnerie: Catalogue de l'exposition, Paris, BnF Editions, , 344p. (ISBN978-2-7177-2699-2)
Diplôme d'Études Approfondies "Anthropologie et Histoire des Religions" validé le 23 juin 1992 par Bruno Neveu, président de la section des Sciences Religieuses de l'EPHE
"Portraits secrets: les œuvres maçonniques du frère François-Jean Garneray", dans la "Revue des musées de France-Revue du Louvre", no2011-3, juin 2011, p.43-51.
