Passionné par la Bible, il est auteur de plusieurs ouvrages. Sa Petite histoire de l'exégèse biblique, publiée en 1992, est devenue aujourd'hui un classique dans le domaine de l'exégèse.
Vers une intelligence nouvelle du Pentateuque, 1992
L'Invention de l'exégèse moderne: les «Livres de Moïse» de 1650 à 1750, Le Cerf,
Petite histoire de l'exégèse biblique: de la lecture allégorique à l'exégèse critique, Le Cerf,
Vérité historique et Esprit historien: l'historien biblique de Gédéon face à Hérodote, Le Cerf,
L'Expérience chrétienne du temps (avec Henri Bourgeois et Maurice Jourjon), Le Cerf,
Les Livres de Samuel et des Rois: de la légende à l'histoire, Le Cerf, coll. «Cahiers Évangile»,
Jean Astruc, Conjectures sur la Genèse, introduction et notes de Pierre Gibert, Paris, Noêsis, 1999— Édition critique
La Bible: Le Livre, les livres, coll. «Découvertes Gallimard / Religions» (no392), Paris: Éditions Gallimard, 2000 (ISBN978-2-07-053430-2), (traduit en portugais, en polonais, en roumain, en japonais et en coréen)
L'invention critique de la Bible: XVe – XVIIIesiècle, Gallimard,
Comment la Bible fut écrite: introduction à l'Ancien et au Nouveau Testament, Bayard Centurion,
Quand les peintres lisaient la Bible, Bayard culture, 2015(ISBN2-227-48847-6)
Bible, Mythes et Récits de commencement , Seuil, 1986
Ce que dit la Bible sur... La vérité, Nouvelle Cité, Paris, (ISBN2-8531-3784-8)
Livres en collaboration
La Théologie en questions, Le Cerf, coll. «Sciences humaines et religions»,
Quelle maison pour Dieu?, Le Cerf, coll. «Lectio Divina»,
«Ouvrir les Écritures»: mélanges offerts à Paul Beauchamp à l'occasion de ses soixante-dix ans, Le Cerf, coll. «Lectio Divina»,
La Liberté du théologien: mélanges offerts à Christian Duquoc par la Faculté de Théologie de Lyon, Le Cerf, coll. «Cogitatio Fidei»,
Ce Dieu qui vient, Le Cerf, coll. «Lectio Divina»,
Naissance de la méthode critique: colloque du centenaire de l'École biblique et archéologique française de Jérusalem, Le Cerf, coll. «Patrimoines - Christianisme»,
Michel de Certeau ou La différence chrétienne, Le Cerf, coll. «Cogitatio Fidei»,
Éthique et courants spirituels, Le Cerf, coll. «Revue d'éthique et de théologie morale»,
La Création dans l'Orient ancien, Le Cerf, coll. «Lectio Divina»,
Savoirs en rire, tome 2 (coordonné par Hugues Lethierry), De Boeck, Louvain, 1997
Pierre Gibert, «De l'élaboration historiographique: le cas du cycle de Gédéon (Livre des Juges 6-8)», Atelier national de reproduction des thèses, Paris 4, (lire en ligne, consulté le )