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Ne doit pas être confondu avec Orthologie.
En biologie de l'évolution, une paralogie est un lien évolutif entre deux gènes issus d'un évènement de duplication[1].
Pour que deux gènes soient considérés comme paralogues, ils doivent être d'abord homologues, c'est-à-dire qu'ils descendent d'un même gène ancestral ; à la suite d'une duplication, les deux copies du gène divergent jusqu'à devenir deux gènes paralogues, dans une même espèce, ou dans deux espèces différentes (si la duplication est suivie par une spéciation).
La paralogie implique que les gènes ont dérivé, ce qui a induit l'apparition de fonctions différentes, sans rester de simples copies du même gène et sans perte de fonction. Tel est le cas des gènes homéotiques, ainsi que d'autres gènes ayant un rôle important dans le développement.
Des gènes paralogues existent de manière parallèle dans la même espèce, et montrent de très hauts degrés de conservation résultant la plupart du temps d'une duplication / translocation. On peut facilement identifier des paralogies via une analyse informatique (BLAST, UCSC genome browser, etc.).
Si au contraire les gènes ont divergé après un phénomène de spéciation, ils sont dits orthologues. La paralogie ne doit pas être confondue avec l'orthologie. Ces deux liens sont des types d'homologie.
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