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Selon World Register of Marine Species (21 juin 2016)[1] :
- sous-famille Hyalinoeciinae Paxton, 1986
- genre Anchinothria Paxton, 1986
- genre Hyalinoecia Malmgren, 1867
- genre Hyalospinifera Kucheruk, 1979
- genre Leptoecia Chamberlin, 1919
- genre Nothria Malmgren, 1866
- sous-famille Onuphinae
- genre Americonuphis Fauchald, 1973
- genre Aponuphis Kucheruk, 1978
- genre Australonuphis Paxton, 1979
- genre Brevibrachium Paxton, 1986
- genre Diopatra Audouin & Milne Edwards, 1833
- genre Fauchaldonuphis Paxton, 2005
- genre Hartmanonuphis Paxton, 1986
- genre Heptaceras Ehlers, 1868
- genre Hirsutonuphis Paxton, 1986
- genre Kinbergonuphis Fauchald, 1982
- genre Longibrachium Paxton, 1986
- genre Mooreonuphis Fauchald, 1982
- genre Onuphis Audouin & Milne Edwards, 1833
- genre Paradiopatra Ehlers, 1887
- genre Paxtonia Budaeva & Fauchald, 2011
- genre Protodiopatra Budaeva & Fauchald, 2011
- genre Rhamphobrachium Ehlers, 1887
- genre Dualgenys Courtinat, 1998 †
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Selon ITIS[2] :
- genre Americonuphis Fauchald, 1973
- genre Australonuphis Rozbaczylo & Castilla, 1981
- genre Diopatra Audouin & Milne-Edwards, 1833
- genre Epidiopatra Augener, 1918
- genre Hyalinoecia Malmgren, 1867
- genre Kinbergonuphis Fauchald, 1982
- genre Mooreonuphis Fauchald, 1982
- genre Nothria Malmgren, 1867
- genre Onuphis Audouin & Milne-Edwards, 1833
- genre Paradiopatra Ehlers, 1887
- genre Paranorthia Moore, 1903
- genre Paronuphis Ehlers, 1887
- genre Rhamphobrachium Ehlers, 1887
- genre Sarsonuphis Fauchald, 1982
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