Président du conseil scientifique de l'Institut français d'islamologie, il est membre de l’académie Ambrosienne, de l'Associazione Internazionale di Studi sul Mediterraneo e l’Oriente et du bureau scientifique de l’Institut d’étude des religions et de la laïcité (IREL)[2]. Professeur invité dans plusieurs universités d'Amérique du Nord, d'Europe et du Proche-Orient, il est également conseiller scientifique à l'Institute of Ismaili Studies(en) (IIS) et membre du comité éditorial de plusieurs revues académiques[2].
Ouvrages
Le Guide divin dans le shi’isme originel. Aux sources de l’ésotérisme en Islam, Paris, Éditions Verdier, coll. «Islam Spirituel», 1992[3],[4].
Qu’est-ce que le shî’isme? (avec Christian Jambet), Paris, éd. Fayard, coll. «Histoire de la pensée», 2004[5].
La Religion discrète: croyances et pratiques spirituelles dans l'islam shi’ite, Paris, éd. Vrin, coll. «Textes et Traditions», 2006[6].
(en) Revelation and Falsification: The Kitâb al-Qirâ’ât of Ahmad ibn Muhammad al-Sayyârî (avec Etan Kohlberg; texte établi, traduit et commenté), Leyde, Éditions Brill, série «Texts and Studies on the Quran», 2009[7].
Le Coran silencieux et le Coran parlant. Sources scripturaires de l'islam entre histoire et ferveur, Paris, CNRS Éditions, 2011[8], (trad. italienne de C. Baffioni, Il Corano silente, il Corano parlante: Le fonti scritturali dell'Islam fra storia e fervore, Rome, Istituto per l'Oriente Carlo Alfonso Nallino(it), 2018).
La Preuve de Dieu. La mystique shi’ite à travers l’œuvre de Kulayni, IXe – Xesiècle, Paris, Éditions du Cerf, coll. «Islam, nouvelle approche», 2018[9].
Ali, le secret bien gardé. Figures du premier Maître en spiritualité shi’ite, Paris, CNRS Éditions, 2020[10],[11].
Ouvrages collectifs
Le Voyage initiatique en terre d’Islam. Ascensions célestes et itinéraires spirituels [sous la dir. de], Louvain-Paris, Peeters Publishers, 1996[12].
Lieux d’islam. Cultes et cultures de l’Afrique à Java [sous la dir. de], Paris, éd. Autrement, coll. «Monde» n° 91, 1998 et 2005.
L’Orient dans l’histoire religieuse de l’Europe. L’invention des origines (co-éditeur avec John Scheid), Turnhout, éd. Brepols, 2000.
Autour du regard. Mélanges Daniel Gimaret (co-éditeur avec Denise Aigle, Éric Chaumont et Pierre Lory), Louvain-Paris, éd. Peeters, 2003.
Henry Corbin. Philosophies et sagesses des religions du Livre (co-éditeur avec Christian Jambet et Pierre Lory), Turnhout, éd. Brepols, 2005.
Dictionnaire du Coran [sous la dir. de], Paris, éd. Robert Laffont, coll. «Bouquins», 2007[13].
Le Shi’isme imamite: 40 ans après. Hommage à Etan Kohlberg (co-éditeur avec Meir Bar-Asher et Simon Hopkins), Turnhout, éd. Brepols, 2008.
Pensée grecque et sagesse orientales. Mélanges offerts à Michel Tardieu (co-éditeur avec Jean-Daniel Dubois, Christelle Jullien et Florence Jullien), Turnhout, éd. Brepols, 2009.
Controverses sur les écritures canoniques de l'islam (co-éditeur avec Daniel De Smet), Paris, Éditions du Cerf, 2014.
La Solidarité. Enquête sur un principe juridique (ouvrage collectif), Paris, éd. Odile Jacob, coll. Travaux du Collège de France, 2015.
L’Ésotérisme shi’ite, ses racines et ses prolongements [sous la dir. de], Turnhout, éd. Brepols, 2016[14].
Pierre Lory, «Mohammad Ali Amir-Moezzi, Le Guide divin dans le shî'isme originel. Aux sources de l'ésotérisme en Islam», Revue de l'histoire des religions, , p.224-225 (lire en ligne)
Claude Gilliot, «Mohammad Ali Amir-Moezzi, "Le Guide divin dans le shî'isme originel. Aux sources de l'ésotérisme en Islam"», Revue des mondes musulmans et de la Méditerranée, vol.70, , p.134-142 (lire en ligne)
Denis Hermann, «Mohammad-Ali Amir-Moezzi, La religion discrète. Croyances et pratiques spirituelles dans l’islam shi’ite», Abstracta Iranica, vol.29, (lire en ligne)
Mohammed Hocine Benkheira, «Mohammad Ali Amir-Moezzi, Revelation and Falsification, The Kitāb al-qirā’āt of Aḥmad b. Muḥammad al-Sayyārī», Revue de l'histoire des religions, , p.112-114 (lire en ligne)
Jan M.F. Van Reeth, «Mohammad Ali Amir-Moezzi, Le Coran silencieux et le Coran parlant: nouvelles perspectives sur les origines de l’islam», Revue de l'histoire des religions, , p.385-402 (lire en ligne)
Mahnaz Shirali, «Mohammad Ali Amir-Moezzi, La preuve de Dieu. La mystique shi’ite à travers l’œuvre de Kulaynî (IXe – Xesiècle)», MIDÉO, vol.34, , p.354-358 (lire en ligne)
Christian Jambet, «Mohammad Ali Amir-Moezzi. «L’imâm dans le ciel. Ascension et initiation (Aspects de l’imâmologie duodécimaine III)», in: Le Voyage initiatique en terre d’islam, Ascensions célestes et itinéraires spirituels, sous la direction de Mohammad-Ali Amir-Moezzi, Bibliothèque de l’École des Hautes-Études, Section des sciences religieuses, vol. CIII, Peeters, Louvain-Paris, 1996, pp. 99-116.», Abstracta Iranica. Revue bibliographique pour le domaine irano-aryen, noVolume 22, (ISSN0240-8910, DOI10.4000/abstractairanica.36722, lire en ligne, consulté le )
Roberto Tottoli, «L’Ésotérisme shi‘ite, ses racines et ses prolongements / Shi‘i Esotericism: Its Roots and Developments», Revue de l'histoire des religions, no1, , p.201-203 (lire en ligne).