Il est nommé président du conseil scientifique du Mémorial du camp de Rivesaltes en [8],[9]. Il dirige par ailleurs la collection «Seconde Guerre mondiale» aux éditions du CNRS[réf.nécessaire].
En 2023, Laurent Joly reçoit le Prix Pierre Lafue pour son ouvrage La rafle du Vél d'Hiv, paru aux éditions Grasset.
Darquier de Pellepoix et l'antisémitisme français, Paris, Berg International, , 199p. (ISBN2-911289-49-8).
Vichy dans la «Solution finale»: histoire du Commissariat général aux questions juives (1941-1944), Paris, Grasset, , 1014p. (ISBN2-246-63841-0, présentation en ligne) en guise de publication de sa thèse.
L'Antisémitisme de bureau: enquête au cœur de la Préfecture de police de Paris et du Commissariat général aux questions juives (1940-1944), Paris, Grasset, , 444p. (ISBN978-2-246-73691-2, présentation en ligne).
Les collabos: treize portraits d'après les archives des services secrets de Vichy, des RG et de l'Épuration, Paris, Les Échappés, , 125p. (ISBN978-2-35766-045-8).
La délation dans la France des années noires, Editions Perrin, 2012, 384 p. (ISBN9782262034818)
Pierre Mathis, «L'historien Laurent Joly nouveau directeur du Conseil scientifique du Mémorial de Rivesaltes», L'Indépendant, (lire en ligne, consulté le ).
Monique Heddebaut, «Joly Laurent, L’État contre les juifs – Vichy, les nazis et la persécution antisémite», Tsafon. Revue d'études juives du Nord, no78, , p.188 (ISSN1149-6630, lire en ligne, consulté le )