Il est connu pour sa controverse sur les travaux de Sigmund Freud. Ayant travaillé avec Anna Freud aux archives freudiennes jusqu'à en devenir directeur, il exhume des éléments qui lui font critiquer l'abandon par Freud de la théorie de la séduction, ce qu'il expose dans Enquête aux archives Freud, des abus réels aux pseudo-fantasmes[1].
Jeffrey Masson explique lors d'une interview publiée dans le Huffington Post, en 2012, que dans l'édition française des lettres de Freud à Fliess, son introduction figurant dans la version originale en anglais a été «remplacée par une autre, qui minimise la portée de tout ce qui touche aux abus sexuels, au point de les faire plus ou moins disparaître». Il interroge: «Est-ce que cela doit nous alerter sur l'abus sexuel en France? Ou, plutôt, est-ce que cela doit nous alerter sur la position de la psychanalyse en France?»[2].
1974. "India and the Unconscious: Erik Erikson on Gandhi", International Journal of Psycho-Analysis 55: 519-26. Discussion by T. C. Sinha: 527.
1976. "Perversions-some observations", Israel Ann. Psychiat. rel. Disc., (1976b), 14, 354-61.
1976. (with Terri C. Masson) "The Navel of Neurosis: Trauma, Memory and Denial.", paper presented to the San Francisco Psychoanalytic Society[3]
1978 (with Terri C. Masson), "Buried Memories on the Acropolis. Freud's Relation to Mysticism and Anti-Semitism", International Journal of Psycho-Analysis 59: 199-208.
1984. (en) The Assault on Truth: Freud's Suppression of the Seduction Theory, Publisher: Ballantine Books, 2003,(ISBN0345452798); (fr) Le Réel escamoté - Le renoncement de Freud à la théorie de la séduction, traduction de Claude Monod, Paris, Aubier, 1992, (ISBN978-2-7007-0373-3);
The Emperors Embrace Reflections on Animal Families and Fatherhood.
The Evolution of Fatherhood: A Celebration of Animal and Human Families.
Raising the Peaceable Kingdom: What Animals Can Teach Us about the Social Origins of Tolerance and Friendship.
Lost Prince: The Unsolved Mystery of Kaspar Hauser[4].
Sex and Yoga: Psychoanalysis and the Indian Religious Experience in Vishnu on Freud's Desk: A Reader in Psychoanalysis and Hinduism, T.G. Vaidyanathan & Jeffrey J. Kripal (editors): , Oxford University Press, (ISBN0-19-565835-3), Paperback (Edition: 2003)[5]
Slipping into Paradise: Why I live in New Zealand. (ISBN0-345-46634-9)
2006. Altruistic Armadillos - Zen-Like Zebras: A Menagerie of 100 Favorite Animals. (ISBN978-0-345-47881-8) (0-345-47881-9)