Il est spécialiste de phylogénie, de systématique botanique, de botanique tropicale et d'écologie évolutive. Il a surtout étudié la phylogénétique des Hymenophyllacées et leur évolution.
Il travaille actuellement a l’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité du Muséum national d'histoire naturelle[1] en collaboration avec l'université Pierre-et-Marie-Curie. Il est responsable de plusieurs enseignements dont Écosystème et groupements végétaux, Histoire des lignées chlorophylliennes.
Jean-Yves Dubuisson est le coauteur de nombreux articles dont:
avec Sabine Hennequin, Sophie Bary, Atsushi Ebihara, Élodie Boucheron-Dubuisson - Anatomical diversity and regressive evolution in trichomanoid filmy ferns (Hymenophyllaceae): A phylogenetic approach - Comptes Rendus Biologies, Volume 334, no12 - Paris : Académie des Sciences, - p.880-895
avec Timothée Le Péchon, Thomas Haevermans, Corinne Cruaud, Arnaud Couloux, Luc D B Gigord - Multiple colonizations from Madagascar and converged acquisition of dioecy in the Mascarene Dombeyoideae (Malvaceae) as inferred from chloroplast and nuclear DNA sequence analyses - Université Pierre et Marie Curie, UMR CNRS-MNHN-UPMC :Centre de Recherche sur la Paléobiodiversité et les Paléoenvironnements, Paris, France - Annals of Botany - Volume 106 no2 - Exeter :Oxford journal press, - p.343-357
avec Sabine Hennequin, Atsushi Ebihara et Harald Schneider - Chromosome number evolution in Hymenophyllum (Hymenophyllaceae), with special reference to the subgenus Hymenophyllum - Molecular Phylogenetics and Evolution - Volume 51 no1 - Londres : Department of Botany, The Natural History Museum, - p.47-59.
avec Sabine Hennequin et Harald Schneider - Epiphytism in ferns: diversity and evolution - Comptes Rendus Biologies, Volume 332 - Paris : Académie des Sciences, 2009 - p.120-128
avec Atsushi Ebihara, Joël H. Nitta et David Lorence - New records of Polyphlebium borbonicum, an African filmy fern, in the New World and Polynesia - American Fern Journal - Volume 99 - Saint Louis du Missouri, 2009 - p.200-206.
avec Timothée Le Péchon, Nathanaël Cao et Luc D B Gigord - Systematics of Dombeyoideae (Malvaceae) in the Mascarene archipelago (Indian Ocean) inferred from morphology - Taxon - Volume 58 no2 - Vienne, - p.519-531
avec Sabine Hennequin, Eric Schuettpelz, Kathleen M. Pryer et Atsushi Ebihara - Divergence times and the evolution of epiphytism in filmy ferns (Hymenophyllaceae) revisited. - International Journal of Plant Sciences, novembre/, Volume 169, No9, p.1278-1287
avec Sabine Hennequin, Atsushi Ebihara, Motomi Ito et Kunio Iwatsuki - A global molecular phylogeny of the fern genus Trichomanes (Hymenophyllaceae) with special reference to stem anatomy - Botanical Journal of the Linnean Society - Volume 155, 2007, p.1-27.
avec Sabine Hennequin, Motomi Ito, Kunio Iwatsuki et Atsushi Ebihara - New insights into the phylogeny of the genus Hymenophyllum (Hymenophyllaceae): Revealing the polyphyly of Mecodium - Systematic Botany, Volume 31 no2, 2006, p.271-284
Les Ptéridophytes - Encyclopédie Clartés. , fasc. 4045, 8 pages.
avec Germinal Rouhan, France Rakotondrainibe, Timothy J Motley, John T Mickel, Jean-Noël Labat, Robbin C Moran - Molecular phylogeny of the fern genus Elaphoglossum (Elaphoglossaceae) based on chloroplast non-coding DNA sequences: contributions of species from the Indian Ocean area - Molecular Phylogenetics and Evolution - Volume 33 no3 - Paris : Muséum National d'Histoire Naturelle, Département Systématique et Evolution, Herbier National Plantes Vasculaires, - p.745-763
avec Sabine Hennequin, Motomi Ito, Kunio Iwatsuki et Atsushi Ebihara - Phylogenetic systematics and evolution of the genus Hymenophyllum (Hymenophyllaceae: Pteridophyta) - Proceedings of the Ferns for the 21st Century Conference, Edinburgh 2004 - Fern Gazette No17, 2006, p.247-257
avec Sabine Hennequin, Kunio Iwatsuki, Peter D. Bostock, Sadamu Matsumoto, Razali Jaman, Atsushi Ebihara et Motomi Ito - Polyphyletic origin of Microtrichomanes (Prantl) Copel. (Hymenophyllaceae), with a revision of the species - Taxon, Vol.53, No4, 2004, p.935-948Résumé sur Jstor
avec Malécot V. - L'utilisation des herbiers en phylogénie moléculaire In: Les Herbiers: un outil d'avenir - tradition et modernité (Actes du colloque de Lyon 20-). Pierrel R. & Reduron J.-P. (eds), 2004 - p.53-65.
avec Sabine Hennequin, Douzery E. J. P, Cranfill R. B., Smith A. R. et Kathleen M. Pryer - rbcL phylogeny of the fern genus Trichomanes (Hymenophyllaceae), with special reference to neotropical taxa - International Journal of Plant Sciences - Volume 164, 2003 - p.753-761.
avec Sabine Hennequin, Rakotondrainibe F. et Harald Schneider (2003). Ecological diversity and adaptive tendencies in the tropical fern Trichomanes L. (Hymenophyllaceae) with special reference to epiphytic and climbing habits - Botanical Journal of the Linnean Society - Volume 142, 2003 - p.41-63.
avec Sabine Hennequin, Motomi Ito, Kunio Iwatsuki et Atsushi Ebihara - Molecular systematics of the fern genus Hymenophyllum s.l. (Hymenophyllaceae) based on chloroplastic coding and noncoding regions - Molecular Phylogenetics and Evolution - Volume 27, 2003, p.283-301
avec Racheboeuf P. et Janvier P. - Du Silurien au Dévonien: les sorties des eaux - Site web «Evolution», Dossier Sagascience, CNRS, 2003 En ligne
avec María B Raymúndez, Nereida Xena de Enrech et Joël Mathez - Coding of insertion- deletion events of the chloroplastic intergene atpB-rbcL for the phylogeny of the Valerianeae tribe (Valerianaceae) - Comptes Rendus Biologies - Volume 325, 2002 - p.131-139.
avec Kathleen M. Pryer, Alan R. Smith et Jeffrey S. Hunt - rbcL data reveal two monophyletic groups of filmy ferns (Filicopsida: Hymenophyllaceae) - American Journal of Botany - Volume 8, 2001 - p.1118-1130.
avec Jalal El Oualidi, Olivier Verneau et Suzette Puech - Utility of rDNA ITS sequences in the systematics of Teucrium section Polium (Lamiaceae) Plant Systematics and Evolution - Volume 215, 1999 - p.49-70.
avec Hébant-Mauri R. & Galtier J. (1998). Morphology and molecules: conflicts and congruence within the fern genus Trichomanes (Hymenophyllaceae) - Molecular Phylogenetics and Evolution - Volume 9, 1998 - p.390-397.
rbcL sequences: a promising tool for molecular systematics of the fern genus Trichomanes (Hymenophyllaceae)? - Molecular Phylogenetics and Evolution - Volume 8, 1997 - p.128-138.
Systematic relationships within the genus Trichomanes sensu lato (Hymenophyllaceae, Filicopsida): Cladistic analysis based on anatomical and morphological data - Botanical Journal of the Linnean Society - Volume 123, 1997 - p.265-296.
(1997). Systematics of the fern genus Trichomanes (Hymenophyllaceae): an empirical combined approach based on morphology and molecules - American Journal of Botany - Volume 84 no6 (suppl.), 1997 * p.163.
Evolutionary relationships within the genus Trichomanes sensu lato (Hymenophyllaceae) based on anatomical and morphological characters and a comparison with rbcL nucleotide sequences: preliminary results In: Pteridology in perspectives. Camus, J. M., Gibby, M. & R. J. Johns (eds.), 1996 - p.285-287. Royal Botanic Gardens, Kew.