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Jean-Paul Montagnier appartient à une famille de notaires de Pélissanne (Bouches-du-Rhône) anoblie en 1702. Il est le petit-fils de l'écrivain Georges Montagnier (1892-1967) dont il a publié en 2011 les œuvres complètes. L'autre branche de sa famille réside depuis le XIIIesiècle dans la commune de Saint-Maurice-Crillat (Jura).
PRAG (1992-1996), puis maître de conférences (1996-2000), Jean-Paul Montagnier est, depuis le , professeur des universités à l'université Nancy 2 (dorénavant Université de Lorraine). Il fut professeur adjoint ("Adjunct Professor") à l'Université McGill de Montréal (2007-2017). Il fut encore secrétaire du programme de recherche "Musical Life in Europe, 1600-1900: Circulation, Institutions, Representation" porté par l'European Science Foundation (1998-2002), membre du comité de rédaction de Eighteenth-Century Music publié par Cambridge University Press (2002-2013), secrétaire de rédaction (1994-2004) puis rédacteur en chef (2004) de la Revue de musicologie et membre de la commission Musica Gallica (soutenue par le Ministère de la Culture et de la Communication; 2000-2017). Il est actuellement membre du comité scientifique de l'édition des Œuvres Complètes de Jean-Baptiste Lully (publiées par la maison Olms), membre du comité de rédaction de la Revue belge de musicologie, chercheur au Centre de Recherche Universitaire Lorrain d'Histoire (CRULH, EA 3945, Université de Lorraine) et chercheur associé à l'Institut de Recherche en Musicologie (IReMus, UMR 8223 du CNRS). Il a été nommé "Robert M. Trotter Visiting Distinguished Professor" à la School of Music and Dance de l'Université de l'Oregon pour l'année académique 2018-2019.
Jean-Paul Montagnier est régulièrement invité à prononcer des conférences et à enseigner dans les universités nord-américaines. Il a fondé en 1993, et dirige depuis lors, l'Ensemble vocal de la Chartreuse de Bonlieu (Jura).
La vie et l’œuvre de Louis-Claude Daquin (1694-1772). Lyon: Aléas Éditeur, 1992. (ISBN2-908016-18-4).
Un mécène-musicien: Philippe d’Orléans, Régent (1674-1723). Paris: Éditions Auguste Zurfluh, 1996. (ISBN2-87750-076-4).
Charles-Hubert Gervais: un musicien au service du Régent et de Louis XV. Paris: CNRS Éditions, 2001. (ISBN2-271-05879-1).
Henry Madin, Louis-Joseph Marchand: traités de contrepoint simple ou de chant sur le livre, textes présentés par J.-P. M. Paris: Société française de musicologie, 2004. (ISBN2-85357-014-2).
Henry Madin (1698-1748): un musicien Lorrain au service de Louis XV, préface de Davitt Moroney. Langres: Éditions Dominique Guéniot, 2008. (ISBN978-2-87825-412-9).
Nicolas Bernier: Principes de composition, fac-similé du manuscrit Rés. Vmb ms. 2 de la Bibliothèque nationale de France, présenté par J.-P.-M. Langres: Éditions Dominique Guéniot, 2009. (ISBN978-2-87825-449-5).
Georges Montagnier, Œuvres complètes, réunies et présentées par J.-P. M., Nancy. Langres: J.-P. M. et Ph. M., 2011. (ISBN978-2-87825-494-5).
Georges Montagnier (1892-1967). Un écrivain lyonnais de l'entre-deux-guerres, sous la direction de J.-P. M. Nancy: J.-P. M. et Ph. M., 2013. (ISBN978-2-9545458-0-6).
"The Problems of ‘Reduced Scores’ and Performing Forces at the Chapelle Royale of Versailles during the Tenure of Henry Madin (1738-1748)", The Journal of Musicological Research, n° 18, 1998, p. 63-93.
"Charles-Hubert Gervais’s Psiché burlesque and the Birth of the Comic Cantate française", The Journal of Musicology, n° 17/4, 1999, p. 520-545.
"Heavenly Dissonances: the Cadential 6/4 Chord in French Grands Motets and Rameau's Theory of the Accord par supposition," Journal of Music Theory, 47/2 (2003), p. 305-323.
"Chanter Dieu en la Chapelle Royale: le grand motet et ses supports littéraires", Revue de musicologie, n° 86, 2000, p. 220-263.
"La messe polyphonique imprimée en France au XVIIIe siècle: survivance et décadence d’une tradition séculaire", Acta musicologica, n° 77, 2005, p. 47-69.
"Catholic Church Music in France", in The Cambridge History of Eighteenth-Century Music, ed. Simon Keefe, Cambridge, Cambridge University Press, 2009, p. 113-126.
"'Plain-chant dégeneré' et fleuretis: quelle musique pour quelle prière?," Acta musicologica, 83, 2011, p. 223-243.
"Französische Sonderformen, 1600 bis ca. 1730," et "Französische Sonderformen, ca. 1730 bis 1800," in Enzyklopädie der Kirchenmusik, ed. Wolfgang Bretschneider, Günther Massenkeil et Matthias Schneider. Bd. 2, Geschichte der Kirchenmusik, ed. Wolfgang Hochstein et Christoph Krummacher, Laaber, Laaber-Verlag, 2012, p. 105-109, 287-291.
"Un motet, deux auteurs, un copiste: les Cantate Domino ChG.36 et HM.12 de Charles-Hubert Gervais et Henry Madin," Revue de musicologie, 97, 2011, pp. 329-360.
"France", in Mozart in Context, ed. Simon Keefe, Cambridge, Cambridge University Press, 2019, p. 114-121.
"The War of The Austrian Succession and the Masses by Henry Madin (1741-1748)," Music & Letters, 100, August 2019, pp. 391-419.
"Autour de la Pastorale maritimo de Julie Reisserová (1888-1938)," Revue belge de musicologie, 74 (2020), pp. 143-166.
"Nicolas Bernier's 'Principe de composition' and the Italian Partimento Tradition," Early Music, 49 (February 2021), pp. 87-99.
"Julie Reisserová (1888-1938): A Czech Woman Composer of Importance," in It’s a Man’s World? Künstlerinnen in Europas Musik-Metropolen des frühen 20. Jahrhunderts. Sous la direction de Kaï Hinrich Müller et Sabine Meine, coll. "Musik – Kultur – Geschichte." Würzburg: Königshausen & Neumann GmbH, 2023, pp. 157-167.
Sélection d'éditions scientifiques
Charles-Hubert Gervais, Super flumina Babilonis. Éd. J.-P. C. Montagnier. “Recent Researches in the Music of the Baroque Era” no. 84. Madison, WI: A.R. Editions, Inc., 1998.
André Campra, Messe de mort. Éd. J.-P. C. Montagnier. Londres: Ernst Eulenburg, 2002.
Pierre Tabart, Œuvres complètes. Éd. J.-P. C. Montagnier. Versailles: Centre de musique baroque de Versailles, 2002.
Henry Madin, Les Messes. Éd. J.-P. C. Montagnier. Versailles: Centre de musique baroque de Versailles, 2003.