En 1973, il quitte Paris pour Saint-Laurent-le-Minier[7]. Lors de la réalisation de Gwen, le livre de sable en 1985, il y fonde La Fabrique, studio de production et de réalisation de films d'animation. Reconnu par la critique, Gwen ne connaît qu'un succès d'estime. Il faut attendre 1999 pour découvrir son second long métrage, Le Château des singes, puis 2004 pour L'Île de Black Mór. Son quatrième long métrage, Le Tableau, qui mélange animation et prises de vues réelles, sort en .
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Biographie sur diplomatie.gouv.fr de «Jean-François Laguionie»(version du sur Internet Archive) «[…] adoubé par Paul Grimault qui produit ses trois premiers films.»
«Rétrospective Jean-François Laguionie», sur La Cinémathèque française : «Auteur en 42 ans de neuf courts métrages et cinq longs métrages, Jean-François Laguionie est l'un des plus grands cinéastes de films d'animation en France.».
Agnès Le Morvan, «Jean-François Laguionie, réalisateur en toute liberté», sur ouest-france.fr, (consulté le ) : «[…] nouveau film en préparation […] s'appellera Slocum, du nom du navigateur, qui fin XIXe, a réalisé le premier tour du monde en solitaire sur un voilier, “et ce sera une comédie”!».
Olivier Cotte, “La Traversée de l'Atlantique à la rame” de Jean-François Laguionie dans 40 Years of Ottawa: Collected Essays on Award-Winning Animation, collectif, éditions du festival d'Ottawa, 2016
Témoignage de J.F. Laguionie sur Paul Grimault dans le livre de Jean-Pierre Pagliano: Paul Grimault, éd. Lherminier 1986, rééd. Dreamland 1996.