Jarmil Burghauser a étudié la composition (1933-1949) avec Jaroslav Křička et Jeremíaš et la direction d'orchestre (1940-1946) avec Václav Talich et Pavel Dědeček au Conservatoire de Prague[1]. Il étudie également la musicologie et la psychologie à l'université de Prague (1945-1948). De 1946 à 1950, il est chef de chœur au Théâtre national de Prague.
C'est en 1950, qu'il change son nom de Mokty en celui de Burghauser, nom de jeune fille de sa mère, peintre distinguée divorcée de son père. À partir de ce moment là, il se dévoue exclusivement à la composition et à la musicologie. Il a même été employé un certain temps par les studios cinématographiques d'État. Il est devenu membre des comités éditoriaux de Dvořák, Fibich et Janacek. Après le Printemps de Prague, il s'attire la défaveur du régime communiste de son pays et adopte le pseudonyme de Michal Hájků.
Sa musique est imprégnée de l'héritage de Dvořák comme on peut l'entendre dans son ballet Honza a Ĉert (Johnny et le diable) en 1954.Cependant on peut discerner l'influence conjointe de Novak et Martinu dans d'autres œuvres postérieures. Il est de même sensible au néoclassicisme de Prokofiev.
En 1957, il obtient son plus grand succès avec Arlequin serviteur de deux maitres d'après Goldoni. Dans les années 60, le style de Burghauser évolue vers la technique sérielle sous le nom de sérialisme harmonique .Celui-ci a influencé son opéra Le Pont monté en 1967.
Sur la fin de sa vie, il consacre de plus en plus de temps à la musicologie et à l'écriture. Il publie le catalogue thématique des œuvres de Janacek et la deuxième édition de celui de Dvořák paraît le lendemain de sa mort.
Les œuvres d'Antonín Dvořák sont aujourd'hui communément référencées par les numéros du Catalogue Burghauser (qui remplacent les numéros d'opus très souvent confus ou absents). Le Catalogue Burghauser fait aujourd'hui autorité et donne la liste dans l'ordre chronologique des œuvres de Dvořák. Les morceaux écrits par Dvořák n'ont pas été publiés dans l'ordre de leur composition, et l'éditeur a donné à ces œuvres des numéros d'opus correspondant à leur date de publication. Burghauser a de manière essentielle permis de mettre de l'ordre dans toute cette confusion.