Il est écrivain, chercheur au Fonds national suisse de la recherche scientifique, professeur de philosophie, puis collaborateur dans l’agence de communication Rochat & Partners, éditorialiste à L'Agefi après y avoir tenu une chronique quotidienne sur les affaires internationales pendant trois ans (Géoscopie). Il collabore comme chroniqueur à l’émission Grand Huit de la SSR depuis 2005.
Engagé en politique dans le parti libéral suisse, il est président du Cercle libéral de 1993 à 1995 ainsi que conseiller municipal libéral à la Ville de Genève de à .
Il a collaboré à la revue suisse de géopolitiqueL'Impact.
Durant ses recherches à Paris, New York et Harvard University, Jan Marejko en est arrivé à la conviction que la révolution scientifique du XVIIesiècle (Galilée) n’avait pas remplacé le cosmos d’Aristote par un autre, mais avait supprimé les conditions de possibilité de tout cosmos. On peut définir la modernité comme un effort pour faire face au défi de cette suppression. Notre univers est désormais un espace infini, homogène, isotrope, et la question se pose de savoir comment y vivre. Les conséquences de cette révolution ont en effet été énormes. Mais nous n’en avons guère conscience, surtout sur le plan de la réflexion économique. La plupart des écrits de Jan Marejko tentent de mieux cerner ce défi à partir, entre autres, des penseurs du libéralisme qui l’ont entrevu sans toutefois parvenir à le relever.
Avec Éric Werner, De la misère intellectuelle et morale en Suisse romande, Lausanne: L'Âge d'Homme, 1981
«Le Territoire Métaphysique contemporain» in Où en est la philosophie?, Louvain-La-Neuve, Edifie, 1993. Introduction de Jean Ladrière, avec Kostas Axelos, Marc Richir, Jean-Jacques Wunenberger, Raymond Lepee, etc.
«Réflexions sur l'action humanitaire» in L'an 2000, l'humanitaire et les valeurs, Institut Henri Dunant, Département de sociologie, Université de Genève, Colloque,
Il n’y a pas de suicides heureux, L’Âge d’Homme, Lausanne, 1999.
«A quelles conditions le concept de développement durable serait-il crédible?» in Le développement durable: un développement multisectoriel provisoire, Genève: Georg éditeur, 2004.
«La vision romande de l’État en question», avec le «Think Tank» Avenir Suisse, publié par Schweizer Monatshefte, Tiré à part, .
«La Romandie sous l’effet Sarkozy", Schweizermonatshefte (avec Avenir Suisse)
Je voulais vous dire, éditions Bibracte, 2017.
Romans
Des inconnus dans les couloirs, roman, Genève: Slatkine, 2012.
Articles dans des revues académiques
«World Order or World Control», The Review of Politics, 1984, n° 14, p. 588-610.
«Les conséquences philosophiques de la formulation du principe d'inertie», Diogène, 1983, n° 1123, p. 1-30. Traduit en anglais, espagnol et arabe.
«Légitimité et modernité», Diogène, 1986, n° 1134, p. 83-100. Traduit en anglais, espagnol et japonais.