Elle soutient une thèse de doctorat en histoire en 1994 à l'Université Paris X-Nanterre, intitulée "Ab origine mundi": fra Elemosina et Paolino da Venezia: deux franciscains italiens et l'histoire universelle au XIVesiècle, sous la direction d'André Vauchez[3].
La même année, elle est nommée maître de conférences en histoire du Moyen Âge, à Paris X. En 2006, elle est habilitée à diriger des recherches à l'Université Lyon 2 en présentant un dossier intitulé Histoire et mémoire à la fin du Moyen Âge. Lectures de sources franciscaines et histoire culturelle de l’Italie (XIIIe-XIVesiècles), avec un mémoire inédit: Missions impossibles. Essai sur les franciscains et leurs martyrs (XIIIe-XIVesiècle)[4].
En 2007, elle est élue professeur d’histoire du Moyen Âge à l’Université de Reims Champagne-Ardennes (URCA). Au sein de cette université, elle dirige le Centre d’Étude et de Recherche en Histoire Culturelle (CERHiC)[5] – EA 2616 de l’Université de Reims; responsable des thématiques «Normes et pratiques religieuses» et «La Fabrique de la norme: les bibliothèques». Depuis 2009, elle codirige, avec Julie Claustre (Université Paris 1 Panthéon Sorbonne), Elisabeth Lusset (CNRS) et Falk Bretschneider (EHESS) le programme de recherche Enfermements. Histoire comparée des enfermements monastiques et carcéraux (www.enfermements.fr).
Elle exerce ou a exercé diverses fonctions éditoriales: directrice de collection Clefs concours Histoire médiévale, Éditions Atlande, Paris (1999-2009), membre du comité de rédaction de la revue Études franciscaines, membre du comité de direction de la revue Le Moyen Âge. Revue de philologie et d’Histoire, membre du comité de lecture de la Revue Mabillon, membre du conseil scientifique de la Revue internationale d’éducation, Sèvres, correspondante de la revue L’Histoire. Elle écrit aussi bien des ouvrages scientifiques[7] que d'autres grand public. Il en est de même des articles: elle publie dans des revues scientifiques mais s'exprime autant à la radio que dans des quotidiens[8].
Cultures italiennes (XIIe-XVe siècle), sous la direction d’Isabelle Heullant-Donat, Paris, Les Éditions du Cerf (Initiations au Moyen Âge), 2000, 394 p.[9],[10]
Enfermements. Le cloître et la prison (VIe-XVIIIesiècle) (co-auteurs Julie Claustre, Élisabeth Lusset), Paris, Publications de la Sorbonne, 2011 [+ introduction: «Claustrum et carcer. Pour une histoire comparée des enfermements», p. 15-35], actes du colloque international… Troyes, Bar-sur-Aube, Clairvaux, 22-24 octobre 2009 / organisé par le Centre d'études et de recherche en histoire culturelle, CERHiC et l'association Renaissance de l'abbaye de Clairvaux [lire en ligne][11]
Enfermements II. Règles et dérèglements en milieu clos (IVe-XIXesiècle) (co-auteurs Julie Claustre, Elisabeth Lusset, Falk Bretschneider), 29 octobre 2015, Publications de la Sorbonne Collection Homme et société, 460 p.
Enfermements III, Le genre enfermé - Hommes et femmes en milieux clos (XIIIe-XXesiècle) (co-auteurs Julie Claustre, Elisabeth Lusset, Falk Bretschneider), 16 février 2017, Éditions de la Sorbonne.
Deux autres Jeanne…, Une histoire pour un royaume (XIIe-XVesiècle), Actes du colloque Corpus Regni organisé en hommage à Colette Beaune, 20-22 septembre 2007, Paris, Perrin, 2010, p. 310-332 et 544-548 (en collaboration avec F. Collard).
Les villes d'Italie mi XIIe-mi XIVesiècles (avec H. Bresc, P. Chastang, M. Nicoud…), Neuilly, 2005, Atlande, 2005, 635 p.
L'exploration du monde, Une autre histoire des grandes découvertes (directeur d’ouvrage: Romain Bertrand, coordinateurs: Guillaume Calafat, Hélène Blais et Isabelle Heullant-Donat), L'Univers historique, Seuil, 2019, 528 p.[17]
L'autre histoire des Grandes découvertes, Le Seuil, Romain Bertrand, Hélène Blais, Guillaume Calafat et Isabelle Heullant-Donat[18]
Agence bibliographique de l’Enseignement supérieur, «"Ab origine mundi"», "La thèse s'attache à confronter les pratiques historiographiques de deux franciscains italiens du XIVesiècle qui écrivirent des chroniques universelles demeurées inédites.", sur theses.fr (consulté le )
Pierre Prétou, «Isabelle Heullant-Donat, Julie Claustre et Élisabeth Lusset (dir.), Enfermements: le cloître et la prison (VIe-XVIIIe siècle)», Criminocorpus. Revue d'Histoire de la justice, des crimes et des peines, (ISSN2108-6907, DOI10.4000/criminocorpus.2513, lire en ligne, consulté le )
Sara Guindani, «Falk Bretschneider, Julie Claustre, Isabelle Heullant-Donat et Élisabeth Lusset, Le cloître et la prison, les espaces de l’enfermement, webdocumentaire:», Socio. La nouvelle revue des sciences sociales, no14, , p.131–132 (ISSN2266-3134, DOI10.4000/socio.10721, lire en ligne, consulté le )
Benjamin Chapon, «Les replays de la semaine: «Le jeu de la dame» sur Netflix... Le web documentaire «Le cloître et la prison»...», 20 Minutes, (lire en ligne)
Benoît Beyer de Ryke, «Histoire culturelle et histoire médiévale en France. Quelques publications récentes sur le thème "Éducation et cultures dans l Occident chrétien, du début du XIIe au milieu du XVe siècle "», Revue belge de Philologie et d'Histoire, vol.80, no2, , p.631–639 (DOI10.3406/rbph.2002.4633, lire en ligne, consulté le )
Jacques Saint Victor, Paul-François Paoli et Sébastien Lapaque, «Prétentieuse, idéologique... Quand l’histoire globale réduit l’histoire en miettes», Le Figaro,