Atteint par la limite d'âge, il se retire de ces deux charges le . Il est remplacé par le cardinal Marc Ouellet.
Polémique à la suite de l'excommunication d'une jeune brésilienne
En tant que préfet de la Congrégation pour les évêques, il confirme en l'excommunication rappelée par l'archevêque d'Olinda et Recife, José Cardoso Sobrinho, touchant la mère d'une fillette de neuf ans ayant avorté après avoir été violée par son beau-père, ainsi que les médecins ayant pratiqué l'IVG[2],[3].
Alors que la grossesse de la fillette menaçait la vie de celle-ci, il justifie l'excommunication expliquant que «le vrai problème est que les jumeaux conçus étaient deux personnes innocentes, qui avaient le droit de vivre et qui ne pouvaient pas être supprimées» et explique que le beau-père de la fillette n'est pas excommunié parce que «Le viol est moins grave que l'avortement». Le président brésilien Luiz Inácio Lula da Silva critique fortement l'excommunication «déplorant profondément en tant que chrétien et catholique qu'un évêque de l’Église catholique ait un comportement aussi conservateur»[4].
