Embecovirus est un sous-genre de coronavirus du genre Betacoronavirus[1]. Les virus de ce sous-genre, contrairement aux autres coronavirus, ont un gène d'hémagglutinineestérase (HE)[2]. Les virus du sous-genre étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2a[3],[4].
La taxonomie ICTV de 2019 dénombre cinq espèces dans ce sous-genre. Ces coronavirus infectent rongeurs, bovins et humains.
Les virus de ce sous-genre, comme les autres coronavirus, ont une enveloppe lipidique bicouche dans laquelle sont ancrées les protéines structurales de la membrane (M), de l'enveloppe (E) et spiculaires (S)[5]. Contrairement à d'autres coronavirus, les virus de ce sous-genre ont également une protéine structurale en forme de pic plus courte supplémentaire appelée hémagglutinine estérase (HE)[2],[6].
La recombinaison génétique peut se produire lorsque deux génomes viraux ou plus sont présents dans la même cellule hôte. Le bétacoronavirus (Beta-CoV HKU23) présente une diversité génétique dans la population de dromadaires[7]. Plusieurs évènements de recombinaison se sont en effet produit dans le passé entre des bêta-CoV étroitement apparentés du sous-genre Embecovirus, contribuant à cette diversité[7].
«In all members of Betacoronavirus subgroup A, a haemagglutinin esterase (HE) gene, which encodes a glycoprotein with neuraminate O-acetyl-esterase activity and the active site FGDS, is present downstream to ORF1ab and upstream to S gene (Figure 1).»
Patrick C. Y. Woo, Ming Wang, Susanna K. P. Lau, Huifang Xu, Rosana W. S. Poon, Rongtong Guo, Beatrice H. L. Wong, Kai Gao, Hoi-wah Tsoi, Yi Huang et Kenneth S. M. Li, «Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features», Journal of Virology, vol.81, no4, , p.1574–1585 (ISSN0022-538X, PMID17121802, PMCID1797546, DOI10.1128/JVI.02182-06):
«CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Within Betacoronavirus, they can be further subclassified into lineages A, B, C and D [1]. In 2018, these four lineages were reclassified as subgenera of Betacoronavirus, and renamed as Embecovirus (previous lineage A), Sarbecovirus (previous lineage B), Merbecovirus (previous lineage C) and Nobecovirus (previous lineage D) [2]. In addition, a fifth subgenus, Hibecovirus, was also included (Figure 1) [2].»
(en) Michael M. C. Lai et David Cavanagh, The Molecular Biology of Coronaviruses; III. Structure of Virions; A. Virion Morphology, vol.48, Academic Press, , 5–6p. (lire en ligne)
«The presence of HE genes exclusively in members of Betacoronavirus subgroup A, but not members of Betacoronavirus subgroup B, C and D suggested that the recombination had probably occurred in the ancestor of members of Betacoronavirus subgroup A, after diverging from the ancestor of other subgroups of Betacoronavirus.»
Diversity of Dromedary Camel Coronavirus HKU23 in African Camels Revealed Multiple Recombination Events among Closely Related Betacoronaviruses of the Subgenus Embecovirus. So RTY, et al. J Virol. 2019. PMID31534035
(en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, «A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia», sur bioRxiv, (DOI10.1101/2021.01.26.428212), p.2021.01.26.428212
S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, «Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia.», Nature Communications, vol.12, no1, , p.972 (PMID33563978, PMCID7873279, DOI10.1038/s41467-021-21240-1)
H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, «A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein.», Current biology: CB, vol.30, no11, , p.2196-2203.e3 (PMID32416074, DOI10.1016/j.cub.2020.05.023)