Le 16 décembre 1743, il est nommé suffragant l’archidiocèse de Santiago de Guatemala[7]. Le 25 avril 1837, seize ans après l’indépendance du Mexique, le pape Grégoire XVI replace le diocèse du Chiapas sous la juridiction de l'archidiocèse de Mexico[8]. Il intègre la province ecclésiastique de l'archidiocèse d'Antequera le 23 juin 1891[9].
Il cède une partie de son territoire le 19 juin 1957 pour l'érection du diocèse de Tapachula[10]puis le 27 octobre 1964 pour la création du diocèse de Tuxtla Gutiérrez (aujourd'hui archidiocèse de Tuxtla Gutiérrez); le même jour le diocèse du Chiapas prend alors le nom de San Cristóbal de Las Casas[11].
Le 25 novembre 2006, il est nommé suffragant de l’archidiocèse de Tuxtla Gutiérrez[12]. Le 15 février 2016, le diocèse de San Cristóbal de Las Casas reçoit la visite pastorale du pape François[13].
Juan de Urteaga: 30 mars 1539 - 1540 (décédé)
Juan de Arteaga y Avendaño: 16 juillet 1540 nommé - 8 septembre 1540 (décédé)
(es) Antonio Ybot León, Historia de América y de los pueblos americanos: La Iglesia y los eclesiásticos españoles en la empresa de Indias: La obra y sus artifices, vol.2, Salvat, , p.53
(es) Luis Ernesto Ayala Benítez, La Iglesia y la independencia política de Centro América: El caso de El Estado de El Salvador, Editrice Pontificia Università Gregoriana, (ISBN978-88-7839-102-4), p.54
(es) Aralia López González, La espiral parece un círculo: La narrativa de Rosario Castellanos: análisis de Oficio de tinieblas y Album de familia, Universidad Autónoma Metropolitana, (ISBN9789688408926), p.53
(es) Hugo Eduardo Polanco Brito, «El Concilio provincial de Santo Domingo y ordenación de negros y de indios», Revista Española de Derecho Canónico, no25, , p.697-705 (lire en ligne, consulté le )
(es) Víctor Sanabria Martínez, Vernor Manuel Rojas, Miguel Picado Gatjens, Datos cronológicos para la historia eclesiástica de Costa Rica (1774-1821), Comisión Nacional de Evangelización de la Cultura, (ISBN9789977912196), p.112
(es) Marta Eugenia García Ugarte, Poder político y religioso: México siglo XIX, vol.I, Universidad Nacional Autónom de México, (ISBN9786074012880), p.157
(la) Sanctissimi Domini nostri Leonis papae XIII allocutiones, epistolae, constitutiones aliaque acta praecipua: «Illud in primis», vol.IV, Bruges, Desclée de Brouwer, (lire en ligne), p.232-244