Baudouin Decharneux est l'auteur ou le co-auteur de nombreux ouvrages et articles, "il est reconnu comme un spécialiste du judaïsme hellénisé, du christianisme des origines et des Pères de l’Église. Il a également développé des recherches en philosophie de la religion sur des notions clés comme le mythe, le symbole, le rite"[4]. Ses recherches le conduisent à s'engager pour la création d'un cours neutre de citoyenneté (comprenant un enseignement de la philosophie et de l'histoire des religions), qui est mis en place progressivement dans l'enseignement scolaire belge à partir de car, déclare-t-il dans une interview au journal La Libre Belgique, "le meilleur antidote contre l'intolérance est la connaissance. Voilà pourquoi je prône un enseignement sur l'ensemble des religions pour tous qui offre le bagage de connaître l'autre en finesse, pas de le caricaturer au gré de lectures ou films fantaisistes[9]." L'ouvrage Neutre et engagé. Gestion de la diversité culturelle et des convictions au sein de l'enseignement public belge francophone[10], dont il est co-auteur, reçoit en 2012 le Prix de l'enseignement et de l'éducation permanente du Parlement de la Communauté française de Belgique[11].
En République Démocratique du Congo, la commune de Kimbanseke, proche de la capitale Kinshasa, inaugure le collège Baudouin Decharneux qui est entré en fonction dès l'année scolaire 2019-2020[12].
Ouvrages (comme auteur ou co-auteur)
Baudouin Decharneux, L’Ange, le devin et le prophète: Chemins de la Parole dans l’œuvre de Philon d’Alexandrie dit «le Juif», Bruxelles, Éd. de l’Université de Bruxelles, , 159p. (ISBN2-8004-1094-9).
Baudouin Decharneux et Luc Nefontaine, Le symbole, Paris, P.U.F., , 127p. (ISBN2-13-053232-2)
Baudouin Decharneux et Michèle Broze et al., Oralité et écriture dans la pratique du mythe, Paris, Civilisations Tome 46,
Baudouin Decharneux et Luc Nefontaine, L'initiation: Splendeurs et misères, Bruxelles, Labor, (ISBN978-2-8040-1445-2)
Baudouin Decharneux et Luc Nefontaine, La Franc-maçonnerie: En pleine lumière et à contre-jour, Bruxelles, Labor, (ISBN978-2-8040-2356-0)
Baudouin Decharneux et Guy Haarscher et al., L'entreprise sous surveillance: L’éthique, la responsabilité sociale, le marché, la concurrence, les nouveaux acteurs, Bruxelles, Bruylant,
Baudouin Decharneux et Fabien Nobilio et al., Figures de l’étrangeté dans l’évangile de Jean.: Etudes socio-historiques et littéraires, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-930481-02-9)
Baudouin Decharneux et Michèle Broze et al., "Mais raconte-moi en détail...": Mélanges de philosophie et philologie offerts à Lambros Couloubaritsis, Paris, Ousia-Vrin, (ISBN978-2-930342-97-9)
Baudouin Decharneux et Anne Staquet et al., Fictions et politiques, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-87060-141-9)
Baudouin Decharneux, Meurtre en Kabbale: Roman, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-930481-98-2 et 2-930481-98-6)
Baudouin Decharneux et Willy Szafran, Lacan et le théologique: Cahiers du CEPsyA, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-930481-80-7)
Baudouin Decharneux et Willy Szafran et al., Rêver aujourd’hui: Cahiers du CEPsyA, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-930481-91-3)
Baudouin Decharneux et Willy Szafran et al., Jung et les sciences: Cahiers du CEPsyA, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-87525-003-2)
Baudouin Decharneux et Eric de Beukelaer, Une cuillère d'eau bénite et un zeste de soufre: Joute en 65 mots-clés, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-930481-75-3)
Baudouin Decharneux et Emilie Granjon et al., Esotérisme et initiation: Études d’épistémologie et d’histoire des religions, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-8066-0038-7)
Baudouin Decharneux et Jacques Chopineau et al., Bible(s): Une introduction critique, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-87525-031-5)
Baudouin Decharneux et José-Luis Wolf et al., Neutre et engagé: Gestion de la diversité culturelle et des convictions au sein de l’enseignement public belge francophone, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-87525-032-2)
(en) Baudouin Decharneux et Sabrina Inowlocki et al., Philon d'Alexandrie: Un penseur à l'intersection des cultures gréco-romaine, orientale, juive et chrétienne, Tournai, Brepols, , 526p. (ISBN978-2-503-52885-4)
Baudouin Decharneux et Catherine Maignant et al., Esthétique et spiritualité I: Enjeux identitaires, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-8066-0283-1)
Baudouin Decharneux et Catherine Maignant et al., Esthétique et spiritualité II: Circulation des modèles en Europe, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-8066-0299-2)
Baudouin Decharneux, La religion existe-t-elle?: Essai sur une idée prétendument universelle, Bruxelles, L'Académie en poche, (ISBN978-2-8031-0321-8)
Baudouin Decharneux, Introduction à la philosophie de la religion: L'Antiquité: du Pythagorisme à la fermeture de l'Ecole d'Athènes, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), (ISBN978-2-8066-0243-5)
Baudouin Decharneux, Lire la Bible et le Coran: repères philosophiques, Bruxelles, L'Académie en poche, , 139p. (ISBN978-2-8031-0371-3)
Baudouin Decharneux, Socrate l'athénien ou de l'invention du religieux, Bruxelles, L'Académie en poche, (ISBN978-2-8031-0515-1)
Baudouin Decharneux et Eric de Beukelaer, L'urgence humaniste: Plaidoyer pour une renaissance, Bruxelles, Renaissance du Livre, (ISBN978-2-507-05445-8)
Baudouin Decharneux, Narcisse entre le visible et l'invisible, Louvain-la-Neuve, Presses Universitaires de Louvain, (ISBN978-2-87558-801-2)
Baudouin Decharneux, La franc-maçonnerie, une religion parmi d'autres?, Louvain-la-Neuve, Presses Universitaires de Louvain, (ISBN978-2-87558-886-9)[13].
Baudouin Decharneux, L'Apocalypse, approche philosophique d'une pensée énigmatique, Bruxelles, Académie royale de Belgique, (ISBN978-2-8031-0788-9)
Articles (dans des revues avec comité de lecture)
Pour la liste des articles dans des revues avec comité de lecture, voir son CV
Articles (dans des actes de conférences)
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Baudouin Decharneux et José-Luis Wolf et al., Neutre et engagé: Gestion de la diversité culturelle et des convictions au sein de l’enseignement public belge francophone, Bruxelles-Fernelmont, Editions Modulaires Européennes (E.M.E.), 2010 (ISBN978-2-87525-032-2)