Les deux espèces d'Alligatorellus ont 40 vertèbres caudales, un nombre très important, considéré comme une caractéristique des Atoposauridae. Dans ce clade, Atoposaurus avec 50 (ou plus) vertèbres caudales, est le Crocodyliformes qui en possèdent le plus[4].
pour A. beaumonti, une longueur totale de 19,3 centimètres, dont 3,6 pour le crâne;
pour A. bavaricus, une longueur totale de 28,8 centimètres, dont 4,1 pour le crâne[4].
Le cladogramme ci-dessous, établi en 2016 par Tennant et ses collègues, montre la composition du petit clade des Atoposauridae et la position des espèces du genre Alligatorellus[4]:
P. Gervais. 1871. Remarques au sujet des reptiles provenant des calcaires lithographiques de Cerin, dans le Bugey, qui sont conservés au Musée de Lyon [Remarks on the subject of the reptiles from the lithographic limestones of Cerin, in the Bugey, that are conserved in the Musée de Lyon]. Description des Poissons Fossiles Provenant des Gisements Coralliens du Jura dans le Bugey, par Feu Victor Thiollière. Deuxième Partie Revue et Annotée par M. Paul Gervais. Annales de la Société d'Agriculture, Histoire Naturelle et Arts Utiles de Lyon, 4e série 5:79-85.
(en) Angela D Buscalioni et José Luis Sanz, «Phylogenetic relationships of the Atoposauridae (Archosauria, Crocodylomorpha)», Historical Biology, vol.1, no3, , p.233–250 (DOI10.1080/08912968809386477).
(en) Jonathan P. Tennant, Philip D. Mannion et Paul Upchurch, «Evolutionary relationships and systematics of Atoposauridae (Crocodylomorpha: Neosuchia): implications for the rise of Eusuchia», Zoological Journal of the Linnean Society, vol.177, no4, , p.854–936 (DOI10.1111/zoj.12400).
(en) Schwarz-Wings, D., Klein, N., Neumann, C., and Resch, U.: A new partial skeleton of Alligatorellus (Crocodyliformes) associated with echinoids from the Late Jurassic (Tithonian) lithographic limestone of Kelheim, S-Germany, Foss. Rec., 14, 195-205, https://doi.org/10.1002/mmng.201100007, 2011.