D'abord conservateur du patrimoine au musée national des arts d'Afrique et d'Océanie, où il fut commissaire de l'exposition La Mort n'en saura rien. Reliques d'Europe et d'Océanie[1] en 1999, il fut ensuite responsable de la muséographie de la section Océanie du musée du Quai Branly - Jacques-Chirac[2] avant de devenir directeur du département du patrimoine et des collections.
Il y a organisé de très nombreuses expositions, notamment l'exposition d'ouverture, D'un regard l'autre, Histoire des regards européens sur l'Afrique, l'Amérique et l'Océanie, puis Cheveux Chéris: frivolités et trophées en 2012, Picasso primitif en 2017[3],[4], Les Forêts natales en 2017, 20 ans. Les acquisitions du musée du quai Branly - Jacques Chirac en 2019[5].
Il est membre de la Commission scientifique nationale des collections depuis 2013[6].
Yves Le Fur (dir.), 20 ans. Les acquisitions du musée du quai Branly - Jacques Chirac [exposition, Paris, musée du Quai Branly - Jacques Chirac, 24 septembre 2019-26 janvier 2020], Paris, Skira; Musée du Quai Branly - Jacques-Chirac, , 352p. (ISBN978-2-35744-119-4)
Yves Le Fur (dir.), Les Forêts natales [exposition, Paris, musée du Quai Branly, 3 octobre 2017-21 janvier 2018], Paris, Actes Sud; Musée du Quai Branly - Jacques-Chirac, , 367p. (ISBN978-2-330-05705-3)
Yves Le Fur, Stéphane Breton, Gérard Wajcman, Picasso primitif [exposition, Paris, musée du Quai Branly, 28 mars 2017-23 juillet 2017], Paris, Flammarion; Musée du Quai Branly - Jacques-Chirac, , 343p. (ISBN978-2-0813-7706-6)
Yves Le Fur et Jean Seisser, Hervé Di Rosa: Foumban, 2002-2015: autour du monde, 11e étape: [exposition, galerie Louis Carré & Cie, Paris, [27 novembre 2015-9 janvier 2016], Paris, Louis Carré & Cie, , 109p. (ISBN978-2-86574-080-2)
Yves Le Fur (dir.), Une autre histoire de l'art: chefs-d’œuvre (re)découverts au XXesiècle, Paris, La Martinière, , 239p. (ISBN978-2-7324-4583-0)
Cheveux chéris: frivolités et trophées [exposition, Paris, musée du Quai Branly, 18 septembre 2012-14 juillet 2013], Paris, Actes Sud; Musée du Quai Branly, , 271p. (ISBN978-2-330-00992-2)
Musée du Quai Branly, la collection, Paris, Skira-Flammarion; Musée du Quai Branly, , 479p. (ISBN978-2-915133-83-7)
Masques: chefs-d’œuvre des collections du musée du Quai Branly, Paris, Musée du Quai Branly, , 143p. (ISBN978-2-915133-608)
Walker Evans. Photographies [exposition, Paris, Pavillon des Sessions, antenne du musée du Quai Branly au musée du Louvre, 30 octobre 2007-13 janvier 2008], Paris, Musée du Quai Branly, , 63p. (ISBN978-2-915133-65-3)
Yves Le Fur (dir.), Zéno Bianu, Monique Jeudy-Ballini, Adrienne L. Kaeppler et al., D'un regard l'autre: Histoire des regards européens sur l'Afrique, l'Amérique et l'Océanie [exposition, Paris, musée du Quai Branly, 19 septembre 2006-21 janvier 2007], Paris, Musée du Quai Branly; Réunion des musées nationaux, , 351p. (ISBN2-915133-32-8)
La Mort n'en saura rien. Reliques d'Europe et d'Océanie. [Exposition, musée des Arts africains et océaniens, 12 octobre 1999-24 janvier 2000]., Paris, Réunion des musées nationaux, , 262p. (ISBN2-7118-39-27-3)
Jean-Pierre Cordier, La reconnaissance de soi et ses limites dans l’exposition La mort n’en saura rien. In: Culture & Musées, n°6, 2005. p. 43-63 (DOI10.3406/pumus.2005.1372, www.persee.fr/doc/pumus_1766-2923_2005_num_6_1_1372)