Il commence de bonne heure à étudier la philosophie et devient bientôt l'un des meilleurs connaisseurs de Kant. Il fait ses études au gymnase de Dessau, au gymnase Saint-Matthias de Breslau et au séminaire théologique juif de Breslau, puis aux universités de Breslau, de Berlin et de Halle. En 1873, il devient assistant à la faculté de philosophie de l'université de Marburg, la thèse avec laquelle il obtient son venia legendi étant Die systematischen Begriffe in Kant's vorkritischen Schriften nach ihrem Verhältniss zum kritischen Idealismus. En 1875, il est élu professeur extraordinaire et l’année suivante professeur ordinaire à Marbourg.
Il est un des fondateurs de la Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaft des Judenthums, qui tient sa première réunion à Berlin en .
Hermann Cohen est le fondateur du néokantisme de Marbourg (opposé au néokantisme de Heidelberg, dont le fondateur est au même moment Wilhelm Windelband). Sa philosophie, comme celle de Kant, recouvre les trois domaines traditionnels:
une philosophie de la connaissance, ou plus précisément une logique de la connaissance (Logik der reinen Erkenntnis, partiellement traduit par M. de Launay dans Néoakantismes et théorie de la connaissance, Paris, Vrin) qui prétend dépasser et achever la critique de la connaissance de Kant (Critique de la raison pure). Les deux livres de Cohen consacrés à la Critique de la raison pure de Kant sont La théorie kantienne de l'expérience et Commentaire de la Critique de la raison pure.
une philosophie éthique qui prétend dépasser et achever la morale kantienne: c'est le livre Ethik des reinen Willens, en somme le Critique de la raison pratique de Cohen
une esthétique: c'est l'ouvrage Ästhetik des reinen Gefühls, où Cohen prétend dépasser et achever la première partie de la Critique de la faculté de juger de Kant (Critique de la faculté de juger esthétique).
Hermann Cohen: l'idéalisme critique aux prises avec le matérialisme (numéro spécial de la Revue de métaphysique et de morale), dirigé par Myriam Bienenstock, Paris, PUF, 2011, (ISBN978-2-13-058738-5).
Hans Martin Dober, Matthias Morgenstern(de) (Hrsg.): Religion aus den Quellen der Vernunft. Hermann Cohen und das evangelische Christentum. (= Religion in Philosophy and Theology, 65) Mohr Siebeck, Tübingen 2012 (ISBN978-3-16-151951-2).
Geert Edel: Von der Vernunftkritik zur Erkenntnislogik. Die Entwicklung der theoretischen Philosophie Hermann Cohens. Alber, Freiburg 1988. 2. Aufl. Gorz, Waldkirch 2010 (ISBN978-3-938095-13-3)
Wilhelm Jerusalem(de): Meine Wege und Ziele. In Raymund Schmidt (Hrsg.): Die deutsche Philosophie der Gegenwart in Selbstdarstellungen, Band 3. Meiner, Leipzig 1922
Ulrich Sieg: Aufstieg und Niedergang des Marburger Neukantianismus. Die Geschichte einer philosophischen Schulgemeinschaft.Königshausen & Neumann, Würzburg 1994
Bruno Strauss(de): Hermann Cohens jüdische Schriften. 1924
Sebastian Wogenstein: Horizonte der Moderne: Tragödie und Judentum von Cohen bis Lévinas. Winter, Heidelberg 2011 (ISBN978-3-8253-5851-8).
Hartwig Wiedebach: Hermann Cohens Kindheit, in Kalonymos(de) 21, 1, 2018, S. 1–9, mehrere Abb., auch online
Sophie Nordmann, Philosophie et judaïsme : H. Cohen, F. Rosenzweig, E. Levinas, Presses Universitaires de France, coll. « Philosophie », 2008/2011, 154 p. (ISBN : 978-2-130567-68-4)
Sophie Nordmann: Du singulier à l’universel. Essai sur la philosophie religieuse de H. Cohen, Paris, Vrin, coll. «Histoire de la philosophie», 2007, 253 p. (ISBN: 978-2-130567-68-4)