Contribution à l'étude des relations entre logique et linguistique, 1983
Logique et langage: essais de sémantique intensionnelle, Paris, Hermès, 1988.
La Logique du langage naturel, Paris, Hermès, 1990.
Logique, langage et réalité, Paris, Éd. universitaires, 1991.
Le langage: une approche philosophique, Paris, Bordas, 1993.
Dimanche sur la terre, précédé de Cinq fois trois fois trois; et suivi de Poèmes à Patricia, Beaumanoir, Association du Château de Beaumanoir, 1996.
Leibniz et le langage, Paris, Presses universitaires de France, 2000.
L’objet quelconque. Recherches sur l’ontologie de l’objet, Paris, Vrin, 2001.
Qu'est-ce que la métaphysique?, Paris, Gallimard, 2004.
Les propriétés des choses. Expérience et logique, Paris, Vrin, 2006.
Les êtres sociaux. Processus et virtualité, avec Pierre Livet, Paris, Hermann, 2009.
Traité d'ontologie pour les non-philosophes (et les philosophes), Gallimard, Folio, 2009.
La Force du vide. Essai de métaphysique, Le Seuil, L'Ordre philosophique, 2011.
L'Anti-Hume, De la logique des relations à la métaphysique des connexions, Vrin, 2017.
La connaissance mystique: émergences et frontières, éditions du Cerf, 2018.
Frédéric Nef, La mort n’existe pas. Mourir – être mort – ressusciter, Paris, éditions du Cerf, 2021.
Éditeur scientifique
Structures élémentaires de la signification (avec la collaboration de Jean-François Bordron, Per-Aage Brandt, Georges Combet, Joseph Courtès), Bruxelles, Éditions Complexe, 1976.
L'Analyse logique des langues naturelles: 1968-1978, anthologie, Paris, Éditions du Centre national de la recherche scientifique, 1984.
Le formalisme en question: le tournant des années trente (avec Denis Vernant), Paris, J. Vrin, 1998.
Leibniz et les puissances du langage (avec Dominique Berlioz), Paris, J. Vrin, 2005.
Dominique Demange, «Qu'est-ce que la métaphysique? de Frédéric Nef», Le Philosophoire, vol. 9, no. 3, 1999, pp.151-156, [lire en ligne].
Frédéric Tremblay, «Frédéric Nef, L'Anti-Hume: De la logique des relations à la métaphysique des connexions, Paris: Librairie philosophique J. Vrin, 2017», Revue de Métaphysique et de Morale, vol. 196, no. 2, 2020, pp.289-295.
