Il est connu pour la règle qui porte son nom, qui calcule la date prévue de l'accouchement, et pour la forme antérieure de l'asynclitisme (« obliquité de Naegele »).
Son fils, Hermann Franz (1801-1851), était également obstétricien[1].
(de) Beytrag zu einer naturgeschichtlichen Darstellung der krankhaften Erscheinung am thierischen Körper, welche man Entzündung nennt, und ihre Folgen. Dänzer, Düsseldorf 1804. Numérisation à l'université de Düsseldorf
(de) Erfahrungen und Abhandlungen aus dem Gebiethe der Krankheiten des weiblichen Geschlechtes, Mannheim, Tobias Loeffler, (lire en ligne)
(de) Das Weibliche Becken: betrachtet in Beziehung auf seine Stellung und die Richtung seiner Höhle: nebst Beyträgen zur Geschichte der Lehre von den Beckenaxen, Nabu Press, (1reéd. 1825) (ISBN1145403093 et 978-1145403093, lire en ligne)
(de) Katechismus der Hebammenkunst: als Anhang zu seinem Lehrbuche der Geburtshülfe für die Hebammen: für Lehrende und Lernende, Nabu Press (1reéd. J.C.B. Mohr, 1836) (ISBN1279966394 et 978-1279966396, lire en ligne)
(de) Das schräg verengte Becken; nebst einem Anhange über die wichtigsten Fehler des weiblichen Beckens, (1839)
(de) «Ein Briefwechsel zwischen Joseph Alexis Stoltz und Franz Carl Naegele der XIII.: Versammlung der deutschen Gesellschaft für Gynäkologie 2.-5. Juni 1909 zum Empfang gewidmet von der Universitätsfrauenklinik Straßburg I. Els», J.H. Heitz, 1909
Heinrich Schipperges(de): Ärzte in Heidelberg. Eine Chronik vom „Homo Heidelbergensis“ bis zur „Medizin in Bewegung“, Edition Braus Heidelberg 1995, S. 146+147. Schipperges: Ärzte in Heidelberg.
Joseph Alexis Stoltz und Franz Carl Naegele: Ein Briefwechsel. Der XIII Versammlung der Deutschen Gesellschaft für Gynäkologie 1909 gewidmet von der Univ. Frauenklinik Strassburg i. Els., Heitz Strassburg 1909. Briefwechsel Stoltz und Naegele.
Wigand's Conversations-Lexikon, S. 684, Digitalisat
KlinikTicker, das Online-Mitarbeitermagazin des Universitätsklinikums Heidelberg: „Ein Zimmer, 21 1/2 Schuh lang und 18 Schuh breit.“ Ein Streifzug durch die 250-jährige Geschichte der Hebammenschule in Heidelberg, 16. Dezember 2016, Streifzug 250 Jahre Hebammenschule, abgerufen am 29. Dezember 2016.