En 1870-1871, il travaille à l'India Office Library à Londres. Plus tard, il devient professeur de linguistique comparée à l'Université de Heidelberg (1872) et à l'Université de Strasbourg (1875). En 1877, il retourne à son alma mater à Leipzig en tant que professeur de sanskrit et directeur de l'institut indo-européaniste. Au cours de l'année universitaire 1895/96, il est recteur. Il a alors comme élèves Friedrich Delitzsch ainsi qu'Anna Leonowens qui assiste à ses cours de sanskrit de 1897 à 1901[2]. En 1883, il est nommé membre à part entière de la Sächsische Akademie der Wissenschaften zu Leipzig (Société royale saxonne des sciences de Leipzig). Il devient membre correspondant de l'Académie bavaroise des sciences en 1905[1]. La même année, Windisch publie sa traduction de l'épopée en vieil irlandais Táin Bó Cúailnge en allemand.
En 1873, il épouse Berta Roscher, fille de l'économiste Wilhelm Roscher[1]. Le couple a cinq enfants, dont le théologien Hans Windisch (1881-1935).
Geschichte der Sanskrit-Philologie und indischen Altertumskunde, 2 vols, Leipzig 1917-1920 - Histoire de la philologie sanskrite et de l'archéologie indienne[1].
Kleine Schriften (2001) édité par Karin Steiner et Jörg Gengnagel.
Das litterarische Leipzig. Illustriertes Handbuch der Schriftsteller- und Gelehrtenwelt, der Presse und des Verlagsbuchhandels in Leipzig. Fiedler, Leipzig 1897.
Hermann Christern (Hrsg.): Deutsches Biographisches Jahrbuch. Überleitungsband 2: 1917-1920. Deutsche Verlagsanstalt, Stuttgart 1921.
Franz Neubert(de) (Hrsg.): Deutsches Zeitgenossenlexikon. Biographisches Handbuch deutscher Männer und Frauen der Gegenwart. Schulze, Leipzig 1905.
Max Förster, Eugen Hultzsch: Zum Gedächtnis Ernst Windisch. Brockhaus Verlag, Leipzig 1919 (Sonderdr. aus der Zeitschrift der Deutschen Morgenländischen Gesellschaft, Bd. 73).
Johannes Hertel(de): Nekrolog auf Ernst Windisch, Leipzig 1922 (=Berichte über die Verhandlungen der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig. Philol.-hist. Klasse, Band 73, Heft 2).
Eugen Hultzsch(de) (Hrsg.): Festschrift Ernst Windisch. Zum siebzigsten Geburtstag am 4. September 1914 dargebracht von Freunden und Schülern. Harrassowitz, Leipzig 1914.