David Haussler

Données clés
Naissance	octobre 1953
Nationalité	américain
Domaines	Génomique; Informatique; Biologie moléculaire; Évolution (biologie); Cancer;
Institutions	Université de Californie à Santa Cruz
Diplôme	Ph. D.
Formation	Connecticut College (en); Université du Colorado à Boulder;
Directeur de thèse	Andrzej Ehrenfeucht
Étudiants en thèse	Yoav Freund; Adam C. Siepel (en); Jim Kent (en);
Renommé pour	Modèle de Markov caché; Projet génome humain;
Distinctions	Weldon Memorial Prize (en) (2011); Curt Stern Award (en) (2009); ISCB Senior Scientist Award (en) (2008); ISCB Fellow (en) (2009); Prix Dickson (2005); Prix Allen-Newell (2003); Prix Dan David (2015);
Site	genomics.soe.ucsc.edu/haussler; www.hhmi.org/scientists/david-haussler;

David Haussler (né en octobre 1953^[1]) est un bio-informaticien américain, connu pour son travail à la tête de l'équipe qui, dans le cadre du projet génome humain, a réalisé le premier séquençage du génome humain, et par la suite pour l'analyse comparative du génome qui permet d'approfondir la compréhension de la fonction moléculaire et l'évolution du génome^[2]^,^[3]. Il est chercheur au Howard Hughes Medical Institute, professeur de génie biomoléculaire et directeur du Center for Biomolecular Science and Engineering de l'Université de Californie à Santa Cruz, directeur du California Institute for Quantitative Biosciences (en) (QB3) sur le campus de Santa Cruz, et professeur consultant à la School of Medicine de l'Université Stanford et au Département des sciences biopharmaceutiques de l'Université de Californie à San Francisco^[4]^,^[5].

Faits en bref Naissance, Nationalité ...

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Haussler a brièvement étudié l'art à l'Academy of Art University à San Francisco en 1971, puis la psychothérapie au Immaculate Heart College (en) à Hollywood jusqu'en 1973, puis il est passé au Connecticut College (en), terminant en 1975 avec spécialisation en mathématiques et en physique. Il a obtenu une maîtrise en mathématiques appliquées de l'Université d'État polytechnique de Californie à San Luis Obispo en 1979. Haussler a obtenu son doctorat en informatique à l'Université du Colorado à Boulder en 1982 sous la direction de Andrzej Ehrenfeucht avec une thèse intitulée « Insertion and Iterated Insertion as Operations on Formal Languages »^[6].

Haussler a été professeur assistant de mathématiques et d'informatique à l'Université de Denver au Colorado de 1982 à 1986. Depuis 1986, il travaille à l'Université de Californie à Santa Cruz, d'abord dans le département d'informatique, puis en 2004 comme membre fondateur du département de génie biomoléculaire.

Durant la préparation de son doctorat en informatique théorique à l'Université du Colorado, Haussler s'est intéressé à l'analyse mathématique de l'ADN avec d'autres étudiants : Eugene Myers, Gary Stormo (en) et Manfred Warmuth (en). En 1988, il a organisé le premier atelier sur la théorie de l'apprentissage par ordinateur avec Leonard Pitt. Avec Blumer, Ehrenfeucht et Warmuth, il introduit la théorie de Vapnik-Chervonenkis dans le cadre de l'apprentissage par ordinateur, résolvant certains problèmes posés par Leslie Valiant. Dans les années 1990, il a obtenu divers résultats en théorie de l'information, processus empiriques, intelligence artificielle, réseaux neuronaux, théorie de la décision statistique et reconnaissance des formes.

Les recherches de David Haussler combinent les mathématiques, l'informatique et la biologie moléculaire^[7]. Il développe de nouvelles méthodes statistiques et algorithmiques pour explorer les fonctions moléculaires et l'évolution du génome humain, en intégrant des données génomiques comparatives et à haut débit pour étudier la structure, la fonction et la régulation des gènes^[8]^,^[9]^,^[10]^,^[11]. Il est crédité d'avoir été un pionnier dans l'utilisation de modèles de Markov cachés (MMC), de grammaires stochastiques sans contexte, et de la méthode discriminante du noyau pour analyser l'ADN, l'ARN et les séquences de protéines. Il a été le premier à appliquer ces dernières méthodes à la recherche de biomarqueurs d'expression génétique dans le cancer à l'échelle du génome.

Dans le cadre du projet génome humain, son équipe a publié sur Internet, le 7 juillet 2000 le premier assemblage de la séquence du génome humain accessible au public^[12]. Par la suite, son équipe développe le UCSC Genome Browser (en)^[13], un outil Web qui est largement utilisé dans la recherche biomédicale et qui sert de plateforme pour plusieurs projets de génomique à grande échelle. Il s'agit notamment du projet ENCODE du National Human Genome Research Institute (NHGRI) d'utiliser des approches métaomiques pour explorer la fonction de chaque base du génome humain (pour laquelle UCSC sert de centre de coordination des données), projet pour examiner les changements génomiques du cancer. de la Mammalian Gene Collection des National Institutes of Health , et de L'Atlas du génome du cancer.

Affiliations

Haussler est

membre de l'Académie nationale des sciences (depuis 2006)
et de l'Académie américaine des arts et des sciences (AAAS)^[14] (2006 également),
fellow de l'Association for the Advancement of Artificial Intelligence (AAAI)^[15] (depuis 1993),
membre de la California Academy of Sciences,
de l'American Association for the Advancement of Science
fellow depuis 2009 de l'International Society for Computational Biology (ISCB)
et depuis 2018 de la National Academy of Engineering.
membre de l'American Society of Human Genetics

Prix

2001 Scientist of the Year du journal Research and Development
2011 Weldon Memorial Prize de l’Université d'Oxford
2009 Curt Stern Award de l'American Society for Human Genetics^[16]
2008 Senior Scientist Award de l'International Society for Computational Biology (ISCB)^[17]
2005 Dickson Prize for Science de l'université Carnegie-Mellon
2003 Allen Newell Award in Artificial Intelligence de l'ACM et AAAI
2005 Classic Paper Award de l'American Association of Artificial Intelligence (AAAI)
2015 Prix Dan David avec Cyrus Chothia (en) et Michael S. Waterman^[18].

[1]
Neil C. Jones et Pavel A. Pevzner, An introduction to bioinformatics algorithms, MIT Press, août 2004, 129 illus. et 456 (ISBN 978-0-262-10106-6, présentation en ligne), p. 403.
[2]
D. Haussler, « David Haussler », Nature Biotechnology, vol. 29, n^o 3,‎ 2011, p. 243–243 (PMID 21390032, DOI 10.1038/nbt.1808)
[3]
P. Downey, « Profile of David Haussler », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 105, n^o 38,‎ 2008, p. 14251–14253 (PMID 18799747, PMCID 2567157, DOI 10.1073/pnas.0808284105, Bibcode 2008PNAS..10514251D)
[4]
J. Gitschier, « Life, the Universe, and Everything: An Interview with David Haussler », PLoS Genetics, vol. 9, n^o 1,‎ 2013, e1003282 (PMID 23382705, PMCID 3561096, DOI 10.1371/journal.pgen.1003282)
[5]
Don't throw it out: 'Junk DNA' essential in evolution, interview radiophonique par Joe Palca, National Public Radio, 19 août 2011.
[6]
(en) « David Henry Haussler », sur le site du Mathematics Genealogy Project.
[7]
David Haussler sur Google scholar.
[8]
Helen Pearson, « Junk DNA reveals vital role », Nature,‎ 2004 (DOI 10.1038/news04040503-r, lire en ligne).
[9]
David Biello, « Scientists Identify Gene Difference Between Humans and Chimps », Scientific American, 17 août 2006 (consulté le 9 octobre 2018).
[10]
« Vertebrate Evolution Occurred in Genetically Distinct Epochs », HHMI News, 19 août 2011 (consulté le 9 octobre 2018).
[11]
Carl Zimmer, « When Bats and Humans Were One and the Same », The New York Times, 7 décembre 2004 (consulté le 9 octobre 2018).
[12]
Brendan Maher, « Postcard from the party », The Scientist,‎ 17 avril 2003 (lire en ligne, consulté le 9 octobre 2018).
[13]
Nicholas Wade, « Reading the book of life ; Grad student becomes gene effort's unlikely hero », Le New York Times, 13 février 2001 (consulté le 9 octobre 2018).
[14]
Book of members.
[15]
Fellows List de l’AAAI
[16]
Anon, « 2009 ASHG Awards and Addresses », The American Journal of Human Genetics, vol. 86, n^o 3,‎ 2010, p. 309–310 (DOI 10.1016/j.ajhg.2010.02.013).
[17]
C. Sansom et B. J. Morrison Mckay, « ISCB Honors David Haussler and Aviv Regev », PLoS Computational Biology, vol. 4, n^o 7,‎ 2008, e1000101 (PMID 18795145, PMCID 2536508, DOI 10.1371/journal.pcbi.1000101, Bibcode 2008PLSCB...4E0101S).
[18]
« Wikipedia co-founder Jimmy Wales among 2015 Dan David Prize winners », Eurekalert AAAS (consulté le 13 février 2015)

Notices d'autorité :
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- Pays-Bas
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[1] [1]
Neil C. Jones et Pavel A. Pevzner, An introduction to bioinformatics algorithms, MIT Press, août 2004, 129 illus. et 456 (ISBN 978-0-262-10106-6, présentation en ligne), p. 403.

[2] [2]
D. Haussler, « David Haussler », Nature Biotechnology, vol. 29, n^o 3,‎ 2011, p. 243–243 (PMID 21390032, DOI 10.1038/nbt.1808)

[3] [3]
P. Downey, « Profile of David Haussler », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 105, n^o 38,‎ 2008, p. 14251–14253 (PMID 18799747, PMCID 2567157, DOI 10.1073/pnas.0808284105, Bibcode 2008PNAS..10514251D)

[plosgen-4] [4]
J. Gitschier, « Life, the Universe, and Everything: An Interview with David Haussler », PLoS Genetics, vol. 9, n^o 1,‎ 2013, e1003282 (PMID 23382705, PMCID 3561096, DOI 10.1371/journal.pgen.1003282)

[5] [5]
Don't throw it out: 'Junk DNA' essential in evolution, interview radiophonique par Joe Palca, National Public Radio, 19 août 2011.

[mathgene-6] [6]
(en) « David Henry Haussler », sur le site du Mathematics Genealogy Project.

[googlescholar-7] [7]
David Haussler sur Google scholar.

[8] [8]
Helen Pearson, « Junk DNA reveals vital role », Nature,‎ 2004 (DOI 10.1038/news04040503-r, lire en ligne).

[9] [9]
David Biello, « Scientists Identify Gene Difference Between Humans and Chimps », Scientific American, 17 août 2006 (consulté le 9 octobre 2018).

[10] [10]
« Vertebrate Evolution Occurred in Genetically Distinct Epochs », HHMI News, 19 août 2011 (consulté le 9 octobre 2018).

[11] [11]
Carl Zimmer, « When Bats and Humans Were One and the Same », The New York Times, 7 décembre 2004 (consulté le 9 octobre 2018).

[12] [12]
Brendan Maher, « Postcard from the party », The Scientist,‎ 17 avril 2003 (lire en ligne, consulté le 9 octobre 2018).

[13] [13]
Nicholas Wade, « Reading the book of life ; Grad student becomes gene effort's unlikely hero », Le New York Times, 13 février 2001 (consulté le 9 octobre 2018).

[14] [14]
Book of members.

[15] [15]
Fellows List de l’AAAI

[16] [16]
Anon, « 2009 ASHG Awards and Addresses », The American Journal of Human Genetics, vol. 86, n^o 3,‎ 2010, p. 309–310 (DOI 10.1016/j.ajhg.2010.02.013).

[17] [17]
C. Sansom et B. J. Morrison Mckay, « ISCB Honors David Haussler and Aviv Regev », PLoS Computational Biology, vol. 4, n^o 7,‎ 2008, e1000101 (PMID 18795145, PMCID 2536508, DOI 10.1371/journal.pcbi.1000101, Bibcode 2008PLSCB...4E0101S).

[dan-david-prize-18] [18]
« Wikipedia co-founder Jimmy Wales among 2015 Dan David Prize winners », Eurekalert AAAS (consulté le 13 février 2015)

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