À partir de 1905, il est second chef d'orchestre des Concerts Lamoureux. Il dirige la Société des Concerts du Conservatoire de 1908 à 1919, orchestre avec lequel il fait une tournée aux États-Unis en 1918 au cours de laquelle il donne des concerts dans cinquante villes. Il fait aussi une tournée en Argentine. Il est élu en 1926 à la Ve section (composition musicale) de l'Académie des beaux-arts, où il succède à Émile Paladilhe.
Souvenir de Bayreuth pour piano à 4 mains, en collaboration avec Gabriel Fauré. Jean-Philippe Collard & Bruno Rigutto. Dans coffret 2 CD Musique pour piano de Fauré, EMI 1983
Anthologie d'extraits d'opérettes: Véronique, La Fauvette du Temple, François les bas bleus…. Artistes et chefs divers. 1 CD Forlane, dates d'enregistrements diverses
Véronique et les autres, pots-pourris sur les musiques des œuvres lyriques. Sorties d'Artistes (ensemble instrumental). 1 CD Verres Luisants 2003
Symphonie en la, de 1875. Orchestre symphonique du Mans dirigé par José-André Gendille; complément: César Franck. 1 CD Skarbo 1992
François les bas-bleus, opéra-comique de Bernicat, achevé par Messager en 1880. Clément, Lafaye… Chœurs & Orchestre Lyrique de la RTF dirigés par Marcel Cariven. 2 CD Gaîté Lyrique 1962 (avec Les Dragons de l'Impératrice)
Scaramouche, ballet, Orchestre Symphonique de Toulon, dirigé par Guillaume Tourniaire. 1 CD Timpani 2018
Les Deux Pigeons, ballet en 2 actes. Orchestra of the Welsh National Opera, dirigé par Richard Bonynge. 1 CD Decca 1991
Les Deux Pigeons, ballet en 2 actes par l'Orchestre symphonique de Bournemouth dirigé par John Lanchbery (1983) + Isoline, extraits de la musique de ballet, par l'Orchestre de Paris dirigé par Jean-Pierre Jacquillat (1968). 2 CD EMI
Isoline, conte de fée de 1888. Micheau, Solistes, Chœurs et Orchestre Radio-Lyrique dirigés par Louis Beydts. 2 CD INA 1947
La Basoche, opéra-comique de 1890. Maurane, Sautereau, Chœurs et Orchestre Radio-Lyrique dirigés par Tony Aubin. 2 CD Gaîté Lyrique 1960
Véronique, opéra-comique de 1898. Mesplé, Dens, Concerts Lamoureux dirigés par Jean-Claude Hartemann. 2 CD EMI 1969
Les Dragons de l'Impératrice, extraits de l'opéra-comique de 1905. Clément, Linval, Chœurs et Orchestre Radio-Lyrique dirigés par Roger Ellis. 2 CD Gaîté Lyrique 1959 (avec François les bas-bleus)
Fortunio, comédie lyrique de 1907 d'après Musset. Alliot-Lugaz, Dran, Opéra de Lyon dirigés par John Eliot Gardiner. 2 CD Erato 1987
Monsieur Beaucaire, opérette romantique en 3 actes de 1919/1925. Clément, Dachary, Chœurs et Orchestre Radio-Lyrique dirigés par Jules Gressier. 2 CD Gaîté Lyrique 1958
L'Amour masqué, opérette de 1923. Raynal, Marais, orchestre non précisé, dirigés par Raymond Legrand. 1 CD Gaîté Lyrique, année d'enregistrement non précisée
Passionnément, opérette de 1926; complément: Les P'tites Michu, extraits de l'opérette de 1897. Maurane, Collart, Chœurs et Orchestre Radio-Lyrique, dirigés par Jean-Paul Kreder et Roger Ellis. 2 CD Gaîté Lyrique 1964 & 1958
Coup de roulis, opérette en 3 actes de 1929. Dachary, Collart, Rey, Chœurs et Orchestre Lyrique de l'ORTF, dirigés par Marcel Cariven. 2 CD Gaîté Lyrique 1963
La Petite Fonctionnaire, extraits, opérette en 3 actes de 1921, avec Denise Duval et l'Orchestre lyrique de la RTF, dirigés par Marcel Cariven. Concert enregistré le 19 novembre 1955, publié le 28 octobre 2013 par INA Musique {s}
le conservatoire André Messager à Montluçon inauguré en 2010.
Des monuments à André Messager se trouvent:
à l'Opéra de Paris: un buste en bronze par le sculpteur Jean Descamps inauguré en 1938;
à Montluçon: un buste en bronze par Pierre Fournier des Corats, inauguré en 1953 dans les jardins Wilson pour le centenaire de la naissance du compositeur. Restauré en 2003 à l'occasion du 150e anniversaire.
Un timbre a été émis à son effigie en France en 1983[7].