Jussi T. Lappalainen puhumassa Jyväskylän kirjamessuilla 2009.
Lappalaisen tutkimustyö on käsitellyt erityisesti sotahistoriaa 1600-luvulta 1900-luvulle. Viimeksi hän on kirjoittanut puolet ja ollut päätoimittajana teoksessa Sota Suomesta. Suomen sota 1808–1809.
Itsenäisen Suomen synty; teoksen historiatoimikunta Wiljo Rommi ym. Gummerus 1967, 3. korj. painos 1977, 4. korj. painos 1985
Sotataidon historian luennot. Monisteita / Jyväskylän kasvatusopillisen korkeakoulun historian laitos 1. Jyväskylä 1967
Kaarle X Kustaan Venäjän-sota v. 1656-1658 Suomen suunnalla: 'räikkä, häikkä ja ruptuuri', Jyväskylän yliopiston väitöskirja. Studia historica Jyväskyläensia 10- Gummerus 1972
Elämää Suomen sotaväessä Kaarle X Kustaan aikana. Studia historica Jyväskyläensia 12. Jyväskylän yliopisto, Jyväskylä 1975
Punakaartin sota 1-2.; julk. Opetusministeriö. Punakaartin historiakomitea; kartat ja kuviot Raili Laurila. Punaisen Suomen historia 1918. Valtion painatuskeskus, Helsinki 1981
Fortsättningen på hakkapeliternas historia; J. V. Snellman ja Suomen sotilaallinen asema Krimin sodasta Puolan kapinaan 1854-1863. Eripainossarja / Turun yliopisto. Historian laitos. Suomen historia no 34. Turku 1982
Aseet ja taistelut: sotataidon kolme vuosituhatta. Otava 1989
Yhden kortin varassa: suomalainen vallankumous 1918; kirj. Jussi T. Lappalainen ym. Valtion painatuskeskus, Helsinki 1989
Sadan vuoden sotatie: Suomen sotilaat 1617-1721. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 823. Helsinki 2001
Haluatko historiankirjoittajaksi?. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 895. Helsinki 2002
Sota Suomesta: Suomen sota 1808-1809; kirj. Jussi T. Lappalainen, Lars Ericson Wolke, Ali Pylkkänen; teoksen tuottajat Karttakeskus, Suomalaisen Kirjallisuuden Seura. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1148. Tammi 2007
Suomen sodan historia 1808-1809; kirj. Jussi T. Lappalainen, Lars Ericson Wolke, Ali Pylkkänen. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1200. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura - Karttakeskus, Helsinki 2008
Kuninkaan viimeinen kortti: Viipurinlahden ja Ruotsinsalmen meritaistelut 1790. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1300. Helsinki 2011
Sprengtportenin Savon kartasto; toimittanut Erkki-Sakari Harju; teksti Erkki-Sakari Harju, Jussi T. Lappalainen; asiakirjatekstien käännökset Jussi T. Lappalainen, Erkki-Sakari Harju. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1322. Helsinki 2011
Kuninkaan kartasto Etelä-Suomesta 1776-1805; toimittanut Erkki-Sakari Harju; teksti Erkki-Sakari Harju, Jussi T. Lappalainen. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1373. Helsinki 2012
Kustaa III:n maasota: Savo ja Kymenlaakso 1788-1790. Historiallisia tutkimuksia 265. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Helsinki 2014
Jyväskylän maalaiskunnan kirja; toim. Jussi T. Lappalainen. JYY:n kotiseutusarja n:o 13. Jyväskylän maalaiskunta ja maaseurakunta, Jyväskylä 1977
Kasarmin aidan kahden puolen: kaksisataa vuotta suomalaista varuskuntayhteisöä. Historiallinen arkisto 101. Suomen historiallinen seura, Helsinki 1993
Saaret, ihmiset, vaiheet; toimittanut Jussi T. Lappalainen; kirjoittajat Harri Andersson ym. Kakskerta 2. Turun maakuntamuseo, Turku 1995
Turun sataman historia; toimittanut Jussi T. Lappalainen; kirjoittajat Eero Auvinen ym. Turun satama, Turku 1999
Verotushistoriaa 1; toimittanut Jussi T. Lappalainen. Turun yliopiston historian laitoksen julkaisuja 51. Turku 1999
Turun satama - Suomen portti. Turun satama, Turku 2000
Verotushistoriaa 2; toimittanut Jussi T. Lappalainen. Turun yliopiston historian laitoksen julkaisuja 58. Turku 2000
Kuninkaan tiekartasto Suomesta 1790; toimittaneet Erkki-Sakari Harju ja Jussi T. Lappalainen; asiakirjatekstien käännökset Erkki-Sakari Harju. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1296. Helsinki 2010
Henrika Tandefelt: Porvoo 1809: juhlamenoja ja tanssiaisia. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 1214. Helsinki 2009 (alkuteos Borgå 1809)
Nils Erik Villstrand: Valtakunnanosa: suurvalta ja valtakunnan hajoaminen 1560-1812; suomentaneet Jussi T. Lappalainen ja Hannes Virrankoski. Suomen ruotsalainen historia 2. Svenska litteratursällskapet i Finland, Helsinki 2012 (alkuteos Riksdelen)
