Vanhempien veljiensä Veikon ja Osmon esimerkkiä seuraten hän halusi upseeriksi (neljäs veljeksistä Erkki oli reserviupseeri) ja kävi ilmavoimien Reserviupseerikoulun sekä Kadettikoulun ilmasotalinjan vuosina 1934–1936. Valmistuttuaan hän toimi Fokker-lentäjänä lentolaivue 24:ssä Utissa.
Sotien jälkeen hän palveli ilmavoimissa lentovarikon varapäällikkönä vuosina 1946–1949 ja kävi Sotakorkeakoulun vuosina 1948–1949. Hän yleni everstiluutnantiksi vuonna 1951, ja samana vuonna hänet nimitettiin lentorykmentti yhden komentajaksi. Sen jälkeen vuosina 1952–1955 hän toimi 2. lennoston komentajana. Tänä aikana hän lensi myös suihkukoneella. Myöhemmin Satakunnan lennostoksi nimensä muuttaneesta joukko-osastosta Karhunen jäi eläkkeelle vuonna 1955.
Eläkkeelle jäätyään Karhunen aloitti sotakirjailijan uransa ja käytti kirjailijanimenä lempinimeään Joppe. Hän kirjoitti erityisesti talvi- ja jatkosodan ilmataisteluista käyttäen hyväksi sodassa mukana olleiden henkilöiden kertomuksia. Hän ei ollut niinkään historioitsija vaan ennemminkin kirjailija, joka kunnioitti sotaveteraanien saavutuksia. Kolmessa kirjassaan Talvisodan taivas, Ujeltavat potkurit ja Siipien sirkus hän kirjoitti romaanimuodossa; tapahtumat olivat todellisia mutta henkilöiden nimet vaihdettu. Näiden kolmen kirjan kokijahahmo, luutnantti Jarmo Karhe, on tosiasiassa Karhunen itse. Selvästi tunnistettavissa myös nimellä Pekka Tuli esiintyvä kapteeni Pekka Kokko, joka yhdessä vääpeli Sesse Vitikaisen kanssa sai lentäjäkuoleman talvella 1944 Pyry-koneen maahansyöksyssä. Muiden pilottihahmojen, kuten Illu Juutin (Ilmari ”Illu” Juutilainen), Eikka Luukan (Eino ”Eikka” Luukkanen), Hans Wildin (Hans ”Hasse” Wind), jne. nimet on pidetty vielä selkeämmin tunnistettavissa kirjoitusasua vain hieman muokaten.
Historialliset komentajat, jotka eivät esiinny kirjoissa henkilökohtaisesti, kuten Siilasvuo tai Kuhlmey on pidetty sellaisenaan. Lopulta kun Karhunen sai varmistettua, että oikeitakin nimiä saisi käyttää henkilöhahmoilla, hän muutti tekstiään enemmän dokumentaariseksi.
Suomen Ilmailuliitto myönsi vuonna 1992everstiksi1967 ylennetylle Joppe Karhuselle Harmon-patsaan. Karhunen voitti upseerien sarjan mestaruuden SA hiihtomestaruuskilpailuissa 1937 ja osallistui Suomen joukkueessa sotilaspartiohiihdon MM-kisoihin Zakopanessa 1939.[1]
Karhunen, Joppe:Syöksy teräsmyrskyyn.Otava, 1972.ISBN951-1-03850-8 Suomalaisten syöksypommituslentäjien vaiheita sodan kurimuksessa
Karhunen, Joppe:Siipien alla kuolema.Otava, 1973.ISBN951-1-01120-0 Ehrnroothin laivueen vaiheita jatkosodassa
Karhunen, Joppe:Tulimyrsky taivaalla.Otava, 1974.ISBN951-1-01658-X Fiat-lentäjien vaiheita kahdessa sodassa
Karhunen, Joppe:Kuolevien kotkien laivue.Otava, 1975.ISBN951-1-01967-8 Morane-lentäjien vaiheita kahdessa sodassa
Karhunen, Joppe:Ässien iskulaivue.Otava, 1976.ISBN951-1-02295-4 Suomen ensimmäisen Messerschmitt-laivueen, Hävittäjälaivue 34:n vaiheita jatkosodan loppupuoliskolla
Karhunen, Joppe:Siivellä lensi – kuolema.Otava, 1977.ISBN951-1-04349-8 Suomalaisten sotilaslentäjien vaiheita kahdessa sodassa
Karhunen, Joppe:Pommi-iskuja itään.Otava, 1978.ISBN951-1-04861-9 Suomalaisista Blenheim-pommituslentäjistä ja heidän edeltäjistään vapaussodasta talvisodan loppuun
Karhunen, Joppe:Blenheim-pommittajat armottomalla taivaalla.Otava, 1979.ISBN951-1-05380-9 Lentorykmentti 4:n Blenheim-lentäjien vaiheita taistelussa vaikeita lentosäitä, kiivasta ilmatorjuntatulta ja alati väijyviä vihollishävittäjiä vastaan jatkosodan päivinä ja öinä
Karhunen, Joppe:Merilentäjät sodan taivaalla.Otava, 1980.ISBN951-1-05830-4 Meri-ilmailusta, suomalaisten merilentäjien vaiheista vv. 1918–39, talvi- ja jatkosodan taistelulennoista
Karhunen, Joppe:Tarunhohtoiset talvisodan fokkerit.Weilin+Göös, 1981.ISBN951-35-2571-6
Karhunen, Joppe:Magnussonin voittoisat Brewsterit.Weilin+Göös, 1982.ISBN951-35-2771-9 Eka Magnussonista ja hänen laivueensa viiteen sataan ilmavoittoon yltäneistä lentäjistä ja mekaanikoista
Karhunen, Joppe:Marskin ritarilentäjät.Otava, 1983.ISBN951-35-2962-2 Henkilö- ja muistikuvia Mannerheim-ristin ritareista taistelulentäjinä ja yksilöinä